PDB-5syp: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 K165A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5syp

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 K165A

要素

Probable ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

HYDROLASE / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Morales, Y. / Johnson, S.J. / Burgess, J.L. / Burgess, R.A. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Spa47 Provides Mechanistic Insight into Type III Secretion System ATPase Activation and Shigella Virulence Regulation.
著者: Burgess, J.L. / Burgess, R.A. / Morales, Y. / Bouvang, J.M. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2016年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5syp.cif.gz	290.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5syp.ent.gz	236.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5syp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5syp_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5syp_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	5syp_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	5syp_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5syp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5syp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5swjSC 5swlC 5syrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n70-1 6n6l-1 5ybi-2 6n6l-2 5swj-1 6rae-d 6yjj-d 6n6m-1 2roq-d 5swj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.401, 154.064, 54.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable ATP synthase SpaL/MxiB / SPA47 分子量: 39066.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 80-430 / 変異: K165A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: K165A 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 株: 2457T / 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月1日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 37584 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 32.06 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/av σ(I): 15.059 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.23	4.3	1.103	0.481	1	100
2.23-2.32	4.7	0.981	0.59	1	100
2.32-2.42	4.9	0.767	0.713	1	100
2.42-2.55	5	0.591	0.812	1	100
2.55-2.71	5	0.418	0.903	1	100
2.71-2.92	5.1	0.274	0.958	1	100
2.92-3.21	5.2	0.158	0.985	1	100
3.21-3.68	5.3	0.09	0.995	1	100
3.68-4.63	5.4	0.051	0.998	1	100
4.63-50	5.3	0.043	0.998	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 2.15→42.831 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	1874	4.99 %
R_work	0.1941	-	-
obs	0.196	37547	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 207.17 Å² / B_iso mean: 42.7445 Å² / B_iso min: 15.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→42.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5308	0	10	374	5692
B_iso mean	-	-	72.98	44.08	-
残基数	-	-	-	-	681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5417
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.714	7319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	837
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.642	2010

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1494-2.2075	0.312	149	0.263	2763	2912	99
2.2075-2.2724	0.272	136	0.2535	2695	2831	100
2.2724-2.3458	0.3067	150	0.2461	2751	2901	100
2.3458-2.4296	0.2729	143	0.2354	2715	2858	100
2.4296-2.5269	0.2453	135	0.2287	2745	2880	100
2.5269-2.6419	0.295	142	0.2303	2768	2910	100
2.6419-2.7811	0.2985	150	0.2254	2741	2891	100
2.7811-2.9553	0.2841	143	0.2217	2720	2863	100
2.9553-3.1835	0.2673	144	0.2144	2753	2897	100
3.1835-3.5037	0.2375	142	0.2001	2741	2883	100
3.5037-4.0104	0.2123	151	0.1701	2746	2897	100
4.0104-5.0513	0.1825	145	0.145	2749	2894	100
5.0513-42.839	0.1658	144	0.1601	2786	2930	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 60.1205 Å / Origin y: 8.5555 Å / Origin z: -27.382 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.139 Å²	-0.0147 Å²	-0.0011 Å²	-	0.236 Å²	0.0366 Å²	-	-	0.1905 Å²
L	0.3917 °²	-0.0179 °²	0.0217 °²	-	0.8908 °²	-0.1572 °²	-	-	0.5662 °²
S	-0.0395 Å °	-0.0174 Å °	-0.0187 Å °	-0.0296 Å °	0.0082 Å °	-0.052 Å °	0.007 Å °	-0.0468 Å °	0.0177 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	82 - 430
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	82 - 430
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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