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万見
- PDB-5syb: Crystal structure of human PHF5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5syb
タイトルCrystal structure of human PHF5A
要素PHD finger-like domain-containing protein 5A
キーワードTRANSCRIPTION / Core component / SF3B complex / human spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


U12-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / stem cell differentiation / spliceosomal complex / nuclear matrix ...U12-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / stem cell differentiation / spliceosomal complex / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PHF5-like / PHF5-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger-like domain-containing protein 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Tsai, J.H.C. / Teng, T. / Zhu, P. / Fekkes, P. / Larsen, N.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Splicing modulators act at the branch point adenosine binding pocket defined by the PHF5A-SF3b complex.
著者: Teng, T. / Tsai, J.H. / Puyang, X. / Seiler, M. / Peng, S. / Prajapati, S. / Aird, D. / Buonamici, S. / Caleb, B. / Chan, B. / Corson, L. / Feala, J. / Fekkes, P. / Gerard, B. / Karr, C. / ...著者: Teng, T. / Tsai, J.H. / Puyang, X. / Seiler, M. / Peng, S. / Prajapati, S. / Aird, D. / Buonamici, S. / Caleb, B. / Chan, B. / Corson, L. / Feala, J. / Fekkes, P. / Gerard, B. / Karr, C. / Korpal, M. / Liu, X. / T Lowe, J. / Mizui, Y. / Palacino, J. / Park, E. / Smith, P.G. / Subramanian, V. / Wu, Z.J. / Zou, J. / Yu, L. / Chicas, A. / Warmuth, M. / Larsen, N. / Zhu, P.
履歴
登録2016年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Structure summary
改定 1.22017年6月7日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger-like domain-containing protein 5A
B: PHD finger-like domain-containing protein 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,96812
ポリマ－25,3272
非ポリマー64110
水1,74797
1
A: PHD finger-like domain-containing protein 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9846
ポリマ－12,6641
非ポリマー3205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHD finger-like domain-containing protein 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9846
ポリマ－12,6641
非ポリマー3205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.116, 82.116, 82.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-349-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b / P14b / ...PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b / P14b / Rds3 homolog


分子量: 12663.710 Da / 分子数: 2 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF5A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: Q7RTV0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM CHES pH9.5 0.8mM Sodium Citrate 0.5% beta-OG

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→58.1 Å / Num. obs: 318806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→58.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.77 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20289 876 5.2 %RANDOM
Rwork0.16798 ---
obs0.16979 16010 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→58.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1364 0 22 97 1483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9811.9761872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18333060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4285178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71123.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37915242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2532.973718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2492.969717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6564.42894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6564.428895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1553.738680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1523.738680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9485.373979
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.67225.5611643
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.66925.5661644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.818→1.865 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 76 -
Rwork0.245 1139 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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