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- PDB-5swj: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swj
タイトルCrystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47
要素Probable ATP synthase SpaL/MxiB
キーワードHYDROLASE / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain ...ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Morales, Y. / Johnson, S.J. / Burgess, J.L. / Burgess, R.A. / Dickenson, N.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1K22AI099086-01A1 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Spa47 Provides Mechanistic Insight into Type III Secretion System ATPase Activation and Shigella Virulence Regulation.
著者: Burgess, J.L. / Burgess, R.A. / Morales, Y. / Bouvang, J.M. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4414
ポリマ－78,2492
非ポリマー1922
水3,765209
1
A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2212
ポリマ－39,1241
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2212
ポリマ－39,1241
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.964, 153.923, 54.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 83 - 430 / Label seq-ID: 5 - 352

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP synthase SpaL/MxiB / SPA47


分子量: 39124.457 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 80-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 2457T / 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 26525 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 37.19 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/av σ(I): 8.208 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.496.71.671.20.4199.7
2.49-2.596.91.3570.549199.6
2.59-2.76.91.0380.656199.5
2.7-2.856.90.7640.794199.6
2.85-3.026.90.5530.864199.7
3.02-3.2670.3480.934199.7
3.26-3.5870.2450.966199.4
3.58-4.170.1830.973199.6
4.1-5.177.10.1380.985199.4
5.17-507.50.1110.994199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DPY

2dpy


解像度: 2.401→35.074 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1320 4.98 %
Rwork0.1957 --
obs0.1978 26490 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.18 Å2 / Biso mean: 49.707 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→35.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5274 0 10 209 5493
Biso mean--89.32 45.96 -
残基数----675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8877246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.841996
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2980X-RAY DIFFRACTION6.664TORSIONAL
12B2980X-RAY DIFFRACTION6.664TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4008-2.49690.34311520.29852769292199
2.4969-2.61050.30781440.281428292973100
2.6105-2.74810.36311470.25942783293099
2.7481-2.92020.28931360.258227762912100
2.9202-3.14550.28081490.228928082957100
3.1455-3.46180.24931450.20172771291699
3.4618-3.96210.2251570.17382800295799
3.9621-4.98960.18061410.14462805294699
4.9896-35.0780.17531490.156928292978100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7441 Å / Origin y: 7.5384 Å / Origin z: -53.1871 Å
111213212223313233
T0.1597 Å20.0033 Å20.0039 Å2-0.2825 Å20.0468 Å2--0.2298 Å2
L0.3938 °2-0.0018 °20.0103 °2-1.4519 °2-0.5095 °2--0.6324 °2
S0.0027 Å °-0.0085 Å °0.0158 Å °0.0057 Å °-0.0635 Å °-0.0013 Å °-0.0224 Å °0.0498 Å °0.0442 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA83 - 430
2X-RAY DIFFRACTION1allB83 - 430
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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