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- PDB-5svh: Crystal structure of the KIX domain of CBP in complex with a MLL/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5svh
タイトルCrystal structure of the KIX domain of CBP in complex with a MLL/c-Myb chimera
要素
  • CREB-binding protein
  • MLL/c-Myb chimera
キーワードTRANSCRIPTION / CBP / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes ...protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / T-helper 2 cell differentiation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / definitive hemopoiesis / MRF binding / histone H3K4 methyltransferase activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / embryonic hemopoiesis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / anterior/posterior pattern specification / exploration behavior / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / histone methyltransferase complex / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / protein acetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / membrane depolarization / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Attenuation phase / cellular response to nutrient levels / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / canonical NF-kappaB signal transduction / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to heat / negative regulation of fibroblast proliferation / spleen development / histone acetyltransferase / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / homeostasis of number of cells within a tissue / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / CD209 (DC-SIGN) signaling / post-embryonic development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / lysine-acetylated histone binding / protein destabilization / circadian regulation of gene expression / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / protein modification process / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / Evasion by RSV of host interferon responses / PKMTs methylate histone lysines / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / transcription coactivator binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 ...Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Myb domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Homeobox-like domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator Myb / Histone-lysine N-methyltransferase 2A / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Langelaan, D.N. / Smith, S.P. / Allingham, J.A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of a nanomolar affinity ligand to the KIX domain of CBP
著者: Langelaan, D.N. / Smith, S.P.
履歴
登録2016年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / Item: _entity.pdbx_fragment
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: MLL/c-Myb chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,16911
ポリマ－16,7372
非ポリマー4329
水1,802100
1
A: CREB-binding protein
ヘテロ分子

B: MLL/c-Myb chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,16911
ポリマ－16,7372
非ポリマー4329
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
Buried area2270 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
2
A: CREB-binding protein
B: MLL/c-Myb chimera
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,01666
ポリマ－100,42212
非ポリマー2,59454
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area35400 Å2
ΔGint-404 kcal/mol
Surface area34990 Å2
手法PISA
3
A: CREB-binding protein
B: MLL/c-Myb chimera
ヘテロ分子

A: CREB-binding protein
B: MLL/c-Myb chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,33922
ポリマ－33,4744
非ポリマー86518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
Buried area10340 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.820, 119.820, 50.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

CL

21A-805-

HOH

31A-827-

HOH

41B-204-

HOH

51B-220-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 10353.856 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 587-673 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 MLL/c-Myb chimera / Lysine N-methyltransferase 2A / ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Myeloid/lymphoid or mixed- ...Lysine N-methyltransferase 2A / ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 1 / Trithorax-like protein / Zinc finger protein HRX / Proto-oncogene c-Myb


分子量: 6383.193 Da / 分子数: 1
断片: UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315,UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
遺伝子: KMT2A, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, MLL, MLL1, TRX1, MYB
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03164, UniProt: P01103, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 % / 解説: Large hexagonal prism
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M potassium sulfate 2.3M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→59.9 Å / Num. obs: 13648 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 27.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 24.7 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / CC1/2: 0.871 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2agh

2agh


解像度: 2.05→59.9 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 693 5.08 %
Rwork0.2063 --
obs0.2082 13646 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→59.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 0 19 100 1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.971463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.338443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.20830.28541260.24362503X-RAY DIFFRACTION97
2.2083-2.43060.26811210.23442542X-RAY DIFFRACTION98
2.4306-2.78230.30191520.23722550X-RAY DIFFRACTION99
2.7823-3.50530.27091330.21582611X-RAY DIFFRACTION99
3.5053-59.93560.20811610.1862747X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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