PDB-5sv8: Crystal Structure of the catalytic nucleophile and surface cystei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sv8

タイトル

Crystal Structure of the catalytic nucleophile and surface cysteine mutant of VvEG16 in complex with a xyloglucan oligosaccharide

要素

probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 19

キーワード

HYDROLASE / cell wall / dietary fiber / mixed-linkage glucan / xyloglucan / beta-glucan / glycoside hydrolase / endo-glucanase / grapes / plants / protein structure / GH16 / beta-jelly roll / phylogeny / oligosaccharide / cellotetraose

機能・相同性

機能・相同性情報

licheninase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Vitis vinifera (ブドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.588 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Tung, C.C. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2017
タイトル: Crystallographic insight into the evolutionary origins of xyloglucan endotransglycosylases and endohydrolases.
著者: McGregor, N. / Yin, V. / Tung, C.C. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2016年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sv8.cif.gz	95.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sv8.ent.gz	71.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sv8_validation.pdf.gz	769.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sv8_full_validation.pdf.gz	769.5 KB	表示
XML形式データ	5sv8_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	5sv8_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dzeSC 5dzfC 5dzgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fy4-d 2nw0-2 1ntg-4 4nq5-d 1pq8-d 6ewe-d 3kns-1 1pq7-d 4nq6-d 5boa-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6)

登録構造単位

A: probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 19

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.249, 51.867, 82.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 19

分子量: 23322.844 Da / 分子数: 1 / 断片: endo-glucanase / 変異: C22S, C188S, V151Del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: VIT_15s0048g01850 / プラスミド: pET24 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Hi-control / 参照: UniProt: F6I323

#2: 多糖

alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 930.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-f1_c4-d1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 % 解説: Needle cluster, structure solved from excised piece.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 5 mM DTT, 5 mM XXXG, 1 mM EDTA, 0.1 M Bicine, 30% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium silicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射	モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.588→27.54 Å / Num. obs: 27417 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.588→1.62 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.699 / CC_1/2: 0.772 / % possible all: 91.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データスケーリング
XSCALE	1.9-1692	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DZE

5dze

解像度: 1.588→26.487 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1788	1382	5 %	Random Selection
R_work	0.1525	-	-	-
obs	0.1538	27364	99.53 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 44.38 Å² / B_iso mean: 11.4327 Å² / B_iso min: 2.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.588→26.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1538	0	63	227	1828

LS精密化シェル

解像度: 1.588→1.645 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	150	5 %
R_work	0.2203	2435	-
obs	-	-	96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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