PDB-5sv5: 1.0 Angstrom Crystal Structure of pre-Peptidase C-terminal Domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sv5

タイトル

1.0 Angstrom Crystal Structure of pre-Peptidase C-terminal Domain of Collagenase from Bacillus anthracis.

要素

Microbial collagenase

キーワード

HYDROLASE / Collagenase Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

microbial collagenase / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.0 Angstrom Crystal Structure of pre-Peptidase C-terminal Domain of Collagenase from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sv5.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sv5.ent.gz	55.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sv5_validation.pdf.gz	418.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sv5_full_validation.pdf.gz	419.8 KB	表示
XML形式データ	5sv5_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	5sv5_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nxq-2 1w4m-d 3vub-d 4kuo-d 1o4f-d 2n06-d 5zkt-d 1zub-d 3lmo-d 1nu0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02298

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Microbial collagenase

ヘテロ分子

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.533, 37.764, 42.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Microbial collagenase / Putative microbial collagenase 分子量: 11831.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: colA, GBAA_0555, BASH2_05262 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic 参照: UniProt: Q81YS7, UniProt: A0A6L8PLB2*PLUS, microbial collagenase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 16.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen: Classics II (C9), 1.1M Sodium malonate, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.5% (v/v) Jeffamine ED-2001; Cryo: 4M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月2日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→30 Å / Num. obs: 55101 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 7.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 44.5
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC_1/2: 0.818 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1→29.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.564 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14813	2804	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13255	-	-	-
obs	0.13335	52260	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1→29.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	829	0	3	150	982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.938	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	3	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.951	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.303	26.167	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.359	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	1.569	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.668	36.47	565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.673	36.801	563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.841		736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.842		737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.763		566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.761		565
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.993		826
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.385		1131
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.924		1100
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.201	3	976
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.466	5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.304	5	979

LS精密化シェル

解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	203	-
R_work	0.325	3778	-
obs	-	-	97.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3512	-0.5899	1.8071	1.0285	-3.1367	9.6848	0.0267	0.0604	-0.0009	0.001	-0.0882	-0.0058	-0.0149	0.3552	0.0616	0.065	-0.0027	-0.0111	0.0688	0.0236	0.045	7.6348	3.6011	21.0376
2	0.1094	-0.267	-0.0091	0.6686	0.2543	3.3922	-0.022	0.0124	-0.0111	0.0531	-0.0211	0.0246	0.0538	0.0654	0.0431	0.0576	-0.0096	0.0015	0.0222	-0.0137	0.0802	-0.5491	5.2022	4.2001
3	2.883	-0.274	-3.0156	0.2219	0.5214	3.7717	-0.0005	0.0365	-0.0944	0.0195	-0.0047	-0.018	-0.0244	-0.0359	0.0052	0.0272	-0.0004	-0.0034	0.0019	0.0022	0.0343	2.3948	8.6458	12.0083
4	0.6587	-0.0661	-0.0397	0.4223	0.1501	0.6771	0.0287	-0.0369	0.0227	-0.0197	-0.0012	-0.0482	-0.0172	0.0505	-0.0274	0.0092	-0.0016	-0.0037	0.0063	0.0003	0.0469	3.6757	16.5255	8.1432
5	3.4697	-0.5733	-1.404	0.6606	-0.2118	2.1413	0.006	0.0206	0.0388	-0.0584	0.0209	-0.0027	0.0024	-0.0566	-0.0269	0.026	0.0017	-0.0028	0.0024	0.0013	0.0336	-2.4038	21.2062	4.637
6	2.9007	-0.8063	-2.6231	0.6328	1.0338	3.2948	0.0223	-0.0337	-0.0581	0.0164	0.0233	-0.052	-0.0271	0.094	-0.0456	0.0073	-0.0022	-0.0088	0.0057	-0.0011	0.0389	7.74	12.4445	8.686
7	1.2541	-0.1386	-1.0743	1.5493	0.7122	2.9804	-0.0597	-0.018	-0.0582	-0.0091	0.0243	-0.0146	-0.0329	-0.042	0.0353	0.0154	0.0032	-0.0114	0.003	0.0014	0.0446	-5.1721	13.1566	12.0776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	861 - 868
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	869 - 878
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	879 - 895
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	896 - 927
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	928 - 940
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	941 - 952
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	953 - 965

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