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- PDB-5sv3: RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sv3
タイトルRTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8
要素
  • Anti-Ricin A-chain Single Domain Antibody (sdAb) A3C8
  • Ricin
キーワードTOXIN / Ricin / A-chain / RVEC / sdAb / antibody / RTA1-33/44-198
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily ...Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Compton, J.R. / Legler, P.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)CBCALL12-LS6-2-0036 米国
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2017
タイトル: Stability of isolated antibody-antigen complexes as a predictive tool for selecting toxin neutralizing antibodies.
著者: Legler, P.M. / Compton, J.R. / Hale, M.L. / Anderson, G.P. / Olson, M.A. / Millard, C.B. / Goldman, E.R.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Ricin A-chain Single Domain Antibody (sdAb) A3C8
B: Ricin
C: Anti-Ricin A-chain Single Domain Antibody (sdAb) A3C8
D: Ricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4306
ポリマ－73,2384
非ポリマー1922
水1,40578
1
A: Anti-Ricin A-chain Single Domain Antibody (sdAb) A3C8
B: Ricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7153
ポリマ－36,6192
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Anti-Ricin A-chain Single Domain Antibody (sdAb) A3C8
D: Ricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7153
ポリマ－36,6192
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.759, 130.432, 35.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 Anti-Ricin A-chain Single Domain Antibody (sdAb) A3C8


分子量: 15080.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Ricin


分子量: 21538.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→65.22 Å / Num. obs: 15475 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.97 % / Rsym value: 0.1871 / Net I/σ(I): 11.91
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / 冗長度: 14.19 % / Rmerge(I) obs: 0.4543 / Mean I/σ(I) obs: 4.52 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LC9

3lc9


解像度: 2.73→65.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2667 783 5.1 %RANDOM
Rwork0.22634 ---
obs0.22838 14603 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.777 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.73→65.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4535 0 10 78 4623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.9426302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.83139755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1365579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10523.48227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55815704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9851538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2182.632334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2182.6292333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2693.9332907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2693.9352908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8272.7072299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8272.72292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6334.0023384
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.71520.3254944
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.71520.3224939
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.801 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 51 -
Rwork0.285 1077 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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