+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5sv1 | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of the ExbB/ExbD complex from E. coli at pH 4.5 | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ExbB / membrane proteins / pore / channel | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / protein transport ...energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Escherichia coli DH1 (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Celia, H. / Botos, I. / Lloubes, R. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, France, 5items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2016 Title: Structural insight into the role of the Ton complex in energy transduction. Authors: Celia, H. / Noinaj, N. / Zakharov, S.D. / Bordignon, E. / Botos, I. / Santamaria, M. / Barnard, T.J. / Cramer, W.A. / Lloubes, R. / Buchanan, S.K. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5sv1.cif.gz | 863.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5sv1.ent.gz | 729.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5sv1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5sv1_validation.pdf.gz | 542.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5sv1_full_validation.pdf.gz | 580.9 KB | Display | |
Data in XML | 5sv1_validation.xml.gz | 77 KB | Display | |
Data in CIF | 5sv1_validation.cif.gz | 102.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5sv0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26339.367 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli DH1 (bacteria) / Gene: exbB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0ABU8, UniProt: P0ABU7*PLUS #2: Protein | Mass: 6420.452 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-49 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli DH1 (bacteria) / Gene: exbD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0ABV4, UniProt: P0ABV2*PLUS #3: Chemical | ChemComp-HG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM Na-acetate, pH 4.5, 100 mM MgCl2, and 25% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1.007 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.007 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→49 Å / Num. obs: 55966 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.2 % / Rsym value: 0.24 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.63 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5SV0 Resolution: 3.5→49 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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