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- PDB-5suu: X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5suu
タイトルX-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived from A-beta 17-36. X-ray diffractometer data set. (ORN)CVFFCED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V.
要素16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / amyloid (アミロイド) / oligomer (オリゴマー) / Alzheimer's (アルツハイマー病) / trimer / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性IODIDE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.032 Å
データ登録者Kreutzer, A.G. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2017
タイトル: Stabilization, Assembly, and Toxicity of Trimers Derived from A beta.
著者: Kreutzer, A.G. / Yoo, S. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8397
ポリマ－3,5702
非ポリマー2695
水18010
1
A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,51721
ポリマ－10,7116
非ポリマー80615
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_445x-1/3,y-2/3,z+1/31
crystal symmetry operation8_555-y+2/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation9_455-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/31
Buried area4770 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
2
A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子
x 6
B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,03442
ポリマ－21,42212
非ポリマー1,61230
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation7_445x-1/3,y-2/3,z+1/31
crystal symmetry operation8_555-y+2/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation9_455-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation16_445y-2/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_545-x+1/3,-x+y-1/3,-z+2/31
Buried area11190 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area12050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.236, 50.236, 64.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

CL

21A-201-

HOH

31B-201-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-PHE-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-SAR-LEU-ORN-VAL


分子量: 1785.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16mer peptide derived from A-beta 17-36 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES buffer at pH 6.5, 32% Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.032→25.12 Å / Num. obs: 2159 / % possible obs: 98.01 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05975 / Net I/σ(I): 33.18
反射 シェル解像度: 2.032→2.096 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1306 / Mean I/σ(I) obs: 12.05 / % possible all: 90.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.032→25.118 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 344 8.94 %
Rwork0.2163 --
obs0.2184 3847 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.032→25.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数246 0 5 10 261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.236332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.721124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.032-2.55970.26751710.21771716X-RAY DIFFRACTION95
2.5597-25.11990.22741730.21571787X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.82650.24143.98326.4682-0.37578.7407-0.7721-0.36980.74140.43480.24990.1762-0.3336-0.26190.47940.23030.0432-0.01180.2075-0.05370.1429-2.45515.9066.9049
24.8230.6912-0.99262.1167-0.19691.99160.04390.0613-0.308-0.2062-0.039-0.1650.07750.03990.21980.0727-0.01210.03130.1026-0.13650.0918-0.3422.58673.5208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 15 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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