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- PDB-5suo: Crystal structure of N-glycan transport solute binding protein (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5suo
タイトルCrystal structure of N-glycan transport solute binding protein (NgtS) from Streptococcus pneumoniae
要素Extracellular solute-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / Solute binding protein / alpha/beta domain
機能・相同性IODIDE ION / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Robb, M. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 130305 カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Molecular Characterization of N-glycan Degradation and Transport in Streptococcus pneumoniae and Its Contribution to Virulence.
著者: Robb, M. / Hobbs, J.K. / Woodiga, S.A. / Shapiro-Ward, S. / Suits, M.D. / McGregor, N. / Brumer, H. / Yesilkaya, H. / King, S.J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,33722
ポリマ－50,6721
非ポリマー2,66521
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.910, 40.200, 93.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein


分子量: 50671.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS020541_01426, ERS558328_01721 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0T7JX40
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 29 % PEG 1500, 11 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→92.79 Å / Num. obs: 25262 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 25.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→92.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 5.504 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.215 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 1339 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.2136 25262 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.09 Å2 / Biso mean: 19.711 Å2 / Biso min: 4.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→92.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 21 227 3734
Biso mean--39.3 19.25 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9614834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9595451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72626.312160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.30215605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.699156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1011.9631804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8652.9362252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2682.0211757
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 114 -
Rwork0.242 1783 -
all-1897 -
obs--99.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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