PDB-5suj: Crystal structure of uncharacterized protein LPG2148 from Legione...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5suj

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein LPG2148 from Legionella pneumophila

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology

機能・相同性

: / MvcA insertion domain / MvcA insertion domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.356 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Discovery of Ubiquitin Deamidases in the Pathogenic Arsenal of Legionella pneumophila.
著者: Valleau, D. / Quaile, A.T. / Cui, H. / Xu, X. / Evdokimova, E. / Chang, C. / Cuff, M.E. / Urbanus, M.L. / Houliston, S. / Arrowsmith, C.H. / Ensminger, A.W. / Savchenko, A.

履歴

登録	2016年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5suj.cif.gz	317.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5suj.ent.gz	269.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5suj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5suj_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5suj_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	5suj_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	5suj_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mfd-1 6k11-2 2ex8-d 6k11-1 4mxm-d 5ym9-1 1mkm-d 3csb-d 6mca-d 4bkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC108143

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.884, 135.889, 64.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 46349.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2148 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5ZTL3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium formate, 20% PEG3350, 4% Sucrose

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 44965 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 28.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.897 / Net I/av σ(I): 26.737 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 363605

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	5.5	0.778	2177	0.836	0.336	0.852	0.911	97.4
2.39-2.43	6.3	0.808	2176	0.85	0.331	0.876	0.909	99.2
2.43-2.48	7.5	0.729	2212	0.922	0.276	0.781	0.902	99.5
2.48-2.53	8	0.675	2209	0.945	0.247	0.72	0.919	99.6
2.53-2.59	8.3	0.601	2214	0.955	0.217	0.64	0.927	99.8
2.59-2.65	8.4	0.532	2249	0.957	0.191	0.566	0.906	99.8
2.65-2.71	8.4	0.455	2195	0.974	0.163	0.484	0.925	99.7
2.71-2.79	8.4	0.365	2243	0.977	0.131	0.388	0.908	99.9
2.79-2.87	8.5	0.28	2200	0.984	0.1	0.298	0.925	99.9
2.87-2.96	8.4	0.212	2237	0.991	0.076	0.225	0.917	100
2.96-3.07	8.5	0.162	2243	0.994	0.058	0.172	0.892	99.9
3.07-3.19	8.6	0.121	2241	0.996	0.043	0.129	0.886	100
3.19-3.33	8.6	0.092	2250	0.997	0.033	0.098	0.861	100
3.33-3.51	8.6	0.067	2251	0.998	0.024	0.071	0.841	100
3.51-3.73	8.5	0.054	2265	0.998	0.019	0.057	0.804	100
3.73-4.02	8.5	0.047	2245	0.998	0.017	0.05	0.793	100
4.02-4.42	8.5	0.046	2284	0.998	0.017	0.049	0.936	100
4.42-5.06	8.4	0.051	2293	0.998	0.019	0.055	1.218	100
5.06-6.37	8.1	0.047	2324	0.997	0.017	0.05	0.969	100
6.37-50	7.8	0.026	2457	0.999	0.01	0.028	0.608	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2386	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.356→43.573 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	3651	5.05 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1809	42078	84.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.62 Å² / B_iso mean: 40.2227 Å² / B_iso min: 7.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.356→43.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6064	0	0	246	6310
B_iso mean	-	-	-	36.27	-
残基数	-	-	-	-	757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6206
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	8366
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	909
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.708	3802

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3558-2.3868	0.302	57	0.236	936	993	30
2.3868-2.4195	0.3052	61	0.227	1223	1284	39
2.4195-2.4541	0.2379	73	0.2365	1394	1467	44
2.4541-2.4907	0.2763	93	0.2267	1649	1742	54
2.4907-2.5296	0.28	90	0.2291	1887	1977	60
2.5296-2.5711	0.2433	117	0.2238	2074	2191	66
2.5711-2.6154	0.3143	116	0.2317	2255	2371	72
2.6154-2.663	0.2778	122	0.2169	2406	2528	77
2.663-2.7142	0.2752	132	0.2248	2537	2669	82
2.7142-2.7696	0.2954	149	0.2199	2747	2896	87
2.7696-2.8298	0.2616	150	0.2301	2845	2995	92
2.8298-2.8956	0.2802	177	0.2213	2979	3156	96
2.8956-2.968	0.2945	143	0.2159	3072	3215	99
2.968-3.0483	0.2347	157	0.2206	3124	3281	99
3.0483-3.1379	0.2424	178	0.2144	3108	3286	100
3.1379-3.2392	0.2503	183	0.2085	3141	3324	100
3.2392-3.3549	0.2477	159	0.1851	3123	3282	100
3.3549-3.4892	0.2519	169	0.1735	3111	3280	100
3.4892-3.6479	0.2004	188	0.1597	3115	3303	100
3.6479-3.8401	0.1965	150	0.1496	3155	3305	100
3.8401-4.0806	0.2068	186	0.1369	3084	3270	100
4.0806-4.3953	0.1558	164	0.1258	3144	3308	100
4.3953-4.8372	0.1756	141	0.1199	3148	3289	100
4.8372-5.5359	0.1643	163	0.1424	3149	3312	100
5.5359-6.97	0.203	177	0.1978	3107	3284	100
6.97-43.5809	0.2013	156	0.1852	3107	3263	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6776	-0.1248	-0.226	1.0166	0.1736	1.7411	-0.1387	0.287	-0.3481	-0.1119	0.1807	-0.0207	0.2513	-0.0119	-0.0484	0.2059	-0.0633	0.0092	0.1478	-0.0743	0.272	111.8871	-20.4986	43.2292
2	1.6486	-1.4006	0.8292	2.3236	-1.2155	0.7633	0.0856	-0.2253	-0.2906	0.0867	0.0395	-0.1677	0.0963	0.0455	-0.0704	0.24	-0.0155	-0.0447	0.3437	0.0286	0.2517	117.3891	-34.3286	66.3203
3	0.6446	-0.6971	0.4529	1.2892	-0.1902	0.2878	0.0041	-0.7083	-0.3943	0.3821	0.1862	0.0677	-0.093	0.0843	0.0777	0.2278	0.0579	-0.086	0.52	0.3064	0.3845	115.6729	-39.2734	72.7205
4	3.6524	0.4439	0.2794	1.2827	-0.4855	1.5289	-0.1034	-0.4621	0.0733	0.1049	0.0608	0.051	-0.0309	-0.2874	0.0164	0.1694	-0.0106	0.0352	0.1302	-0.0561	0.0953	106.0738	-16.5885	57.1947
5	2.7907	0.0466	-0.0345	1.5876	0.0524	1.8691	-0.0572	-0.017	-0.0665	-0.0756	0.1546	0.3414	0.0081	-0.265	-0.1003	0.1663	-0.015	-0.0226	0.1901	0.0124	0.3108	78.4386	-18.0019	42.437
6	0.4431	1.4406	0.2754	4.497	1.3273	-0.2283	0.0046	-0.1114	-0.1253	0.1371	0.029	-0.4126	-0.0727	0.1894	-0.0548	0.2495	0.0166	-0.0931	0.2967	-0.0907	0.2978	74.5143	-47.311	28.4108
7	3.2979	0.1258	0.4682	1.4102	0.3097	2.0124	-0.1043	0.2205	0.0501	-0.2115	0.1462	0.1587	-0.1705	0.0073	-0.0388	0.1546	-0.0405	-0.0143	0.1239	0.0291	0.1255	85.9013	-17.4673	38.174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 77 )	A	13 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 217 )	A	78 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 218 through 250 )	A	218 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 395 )	A	251 - 395
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 131 )	B	13 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 132 through 250 )	B	132 - 250
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 251 through 395 )	B	251 - 395

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)