+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ym9 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Deamidase from Legionella pneumophila | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Deamidase / CIF | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Zhu, Z.L. / Zhu, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Deamidase from Legionella pneumophila Authors: Zhu, Z.L. / Zhu, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ym9.cif.gz | 168.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ym9.ent.gz | 132.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ym9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ym9_validation.pdf.gz | 434.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ym9_full_validation.pdf.gz | 445.5 KB | Display | |
Data in XML | 5ym9_validation.xml.gz | 31.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ym9_validation.cif.gz | 43.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5ym9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5ym9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44044.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg2148 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5ZTL3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.55 % / Mosaicity: 1.065 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation / Details: pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→100 Å / Num. obs: 37412 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 59.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.371 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 238747 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.5→46.809 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.66
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.69 Å2 / Biso mean: 70.8825 Å2 / Biso min: 42.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→46.809 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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