PDB-5sjp: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sjp

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH N1(CCC1)C(=O)c2c(n(nc2)C)C(=O)Nc3cc(nc(c3)C)NC(NC(OCC)=O)=S, micromolar IC50=0.402697

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sjp.cif.gz	275.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sjp.ent.gz	222.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjp	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.300, 135.300, 234.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K6O / ethyl [(4-{[4-(azetidine-1-carbonyl)-1-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl]amino}-6-methylpyridin-2-yl)carbamothioyl]carbamate 分子量: 445.495 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₇O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99991 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→43.52 Å / Num. obs: 75744 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.365 % / B_iso Wilson estimate: 53.567 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.859 / Net I/σ(I): 14.57 / Num. measured all: 330640 / Scaling rejects: 53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	4.138	1.334	1.07	22844	5584	5521	0.468	1.532	98.9
2.31-2.37	4.248	0.865	1.55	23481	5552	5527	0.602	0.989	99.5
2.37-2.44	4.406	0.672	2	23270	5301	5282	0.73	0.763	99.6
2.44-2.52	4.411	0.642	2.28	22851	5209	5180	0.756	0.73	99.4
2.52-2.6	4.493	0.452	3.13	22446	5010	4996	0.858	0.512	99.7
2.6-2.69	4.435	0.335	4.09	21483	4854	4844	0.913	0.38	99.8
2.69-2.79	4.302	0.286	4.74	20017	4664	4653	0.928	0.326	99.8
2.79-2.9	4.226	0.214	6.19	19113	4540	4523	0.961	0.245	99.6
2.9-3.03	4.447	0.166	8.11	18977	4275	4267	0.975	0.189	99.8
3.03-3.18	4.54	0.125	10.76	18736	4136	4127	0.988	0.142	99.8
3.18-3.35	4.389	0.099	14.17	17214	3944	3922	0.991	0.112	99.4
3.35-3.56	4.409	0.063	20.88	16459	3742	3733	0.996	0.071	99.8
3.56-3.8	4.202	0.049	25.77	14497	3459	3450	0.997	0.057	99.7
3.8-4.11	4.446	0.038	33.53	14467	3259	3254	0.998	0.043	99.8
4.11-4.5	4.521	0.032	39.53	13468	2981	2979	0.999	0.036	99.9
4.5-5.03	4.403	0.028	43.71	11997	2733	2725	0.999	0.032	99.7
5.03-5.81	4.111	0.029	40.49	9759	2380	2374	0.999	0.033	99.7
5.81-7.12	4.576	0.028	44.13	9180	2009	2006	0.999	0.031	99.9
7.12-10.06	4.297	0.019	59.1	6643	1553	1546	1	0.021	99.5
10.06-43.52	4.477	0.015	69.61	3738	847	835	1	0.017	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.25→43.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 8.093 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: entire ligand is visible in density only in molecule B; ethoxycarbonyl moiety rather flexible as it points into solvent; position of S atoms clear from density;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2344	3598	5 %	RANDOM
R_work	0.1733	-	-	-
obs	0.1763	68857	95.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.04 Å² / B_iso mean: 48.057 Å² / B_iso min: 24.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	-0.26 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→43.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	132	455	10739
B_iso mean	-	-	72.53	46.07	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	10572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.658	14317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.428	1.581	22483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.382	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.563	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.838	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.412	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.753	4.898	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.736	4.897	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.182	7.331	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.427	229	-
R_work	0.387	4402	-
all	-	4631	-
obs	-	-	83.04 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)