PDB-5sg2: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sg2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH n1c(N)n(c3c1c2c(nccc2)cc3)C, micromolar IC50=32.68161

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of receptor guanylyl cyclase signaling pathway / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sg2.cif.gz	270.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sg2.ent.gz	217.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sg2_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sg2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5sg2_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	5sg2_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sg2	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.819, 134.819, 234.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GIQ / 3-METHYL-3H-IMIDAZO[4,5-F]QUINOLIN-2-AMINE / 2-AMINO-3-METHYLIMIDAZO[4,5-F]QUINOLINE 分子量: 198.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→43.46 Å / Num. obs: 65177 / % possible obs: 75.5 % / 冗長度: 2.119 % / B_iso Wilson estimate: 50.637 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.876 / Net I/σ(I): 12.41 / Num. measured all: 138117 / Scaling rejects: 40

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	2.029	0.837	1.23	10132	6468	4993	0.46	1.093	77.2
2.21-2.27	2.052	0.762	1.41	9870	6182	4811	0.514	0.995	77.8
2.27-2.33	2.06	0.581	1.78	9605	6062	4662	0.638	0.757	76.9
2.33-2.4	2.062	0.468	2.18	9300	5849	4510	0.736	0.609	77.1
2.4-2.48	2.082	0.397	2.69	9160	5713	4399	0.79	0.516	77
2.48-2.57	2.081	0.299	3.51	8878	5522	4267	0.874	0.388	77.3
2.57-2.67	2.103	0.219	4.65	8511	5290	4048	0.916	0.283	76.5
2.67-2.78	2.106	0.175	5.65	8257	5114	3920	0.943	0.226	76.7
2.78-2.9	2.115	0.138	7.22	7944	4955	3756	0.968	0.178	75.8
2.9-3.04	2.135	0.101	9.61	7546	4655	3534	0.98	0.13	75.9
3.04-3.21	2.129	0.071	12.81	7150	4459	3359	0.991	0.091	75.3
3.21-3.4	2.14	0.048	17.5	6852	4221	3202	0.995	0.062	75.9
3.4-3.63	2.163	0.035	23.73	6432	3969	2974	0.997	0.045	74.9
3.63-3.93	2.164	0.028	29.05	5919	3689	2735	0.998	0.035	74.1
3.93-4.3	2.191	0.022	34.35	5486	3387	2504	0.999	0.028	73.9
4.3-4.81	2.209	0.02	38.57	4900	3076	2218	0.999	0.026	72.1
4.81-5.55	2.244	0.02	39.53	4364	2708	1945	0.999	0.025	71.8
5.55-6.8	2.284	0.019	39.38	3662	2280	1603	0.999	0.024	70.3
6.8-9.62	2.37	0.014	49.07	2823	1777	1191	0.999	0.018	67
9.62-41.37	2.429	0.013	54.05	1326	964	546	0.999	0.016	56.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.15→41.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 7.542 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ligand not occupied in mols C and D; ligand may have 2 conformations in mol B; best pose of ligand in mol A;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	3057	5 %	RANDOM
R_work	0.1851	-	-	-
obs	0.188	57887	70.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.36 Å² / B_iso mean: 45.32 Å² / B_iso min: 19.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	-0.27 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→41.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	53	397	10602
B_iso mean	-	-	50.92	43	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.647	14156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.263	1.568	22175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.854	5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.862	22.601	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.513	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.597	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.729	4.746	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.726	4.744	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.94	7.112	6243

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	225	-
R_work	0.345	3973	-
all	-	4198	-
obs	-	-	65.04 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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