PDB-5sig: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sig

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH C1(NC(=Nc2c1cccc2)CN(C(=O)Nc3ccccc3)Cc4ccc(OC)cc4)=O, micromolar IC50=0.024784

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sig.cif.gz	274.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sig.ent.gz	221.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sig_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sig_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5sig_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	5sig_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sig	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.988, 134.988, 235.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JP0 / N-[(4-methoxyphenyl)methyl]-N-[(4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)methyl]-N'-phenylurea 分子量: 414.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₂N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.03→43.42 Å / Num. obs: 102905 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.167 % / B_iso Wilson estimate: 46.141 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.859 / Net I/σ(I): 10.12 / Num. measured all: 531659 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.03-2.08	5.349	1.372	1.13	40971	7707	7659	0.385	1.519	99.4
2.08-2.14	5.295	1.137	1.37	39107	7430	7385	0.487	1.261	99.4
2.14-2.2	5.164	0.808	1.94	37065	7218	7178	0.663	0.899	99.4
2.2-2.27	5.002	0.682	2.28	34967	7019	6991	0.725	0.762	99.6
2.27-2.34	5.261	0.497	3.19	35690	6808	6784	0.83	0.552	99.6
2.34-2.43	5.413	0.384	4.08	35647	6609	6585	0.9	0.425	99.6
2.43-2.52	5.336	0.33	4.81	33752	6338	6325	0.922	0.366	99.8
2.52-2.62	5.244	0.244	6.35	32076	6133	6117	0.949	0.271	99.7
2.62-2.74	5.005	0.197	7.63	29221	5846	5838	0.96	0.22	99.9
2.74-2.87	5.194	0.159	9.45	29264	5642	5634	0.98	0.177	99.9
2.87-3.03	5.363	0.127	12.02	28441	5313	5303	0.986	0.141	99.8
3.03-3.21	5.282	0.1	14.84	26631	5053	5042	0.991	0.111	99.8
3.21-3.43	5.044	0.079	18.34	23976	4754	4753	0.993	0.089	100
3.43-3.71	4.758	0.064	21.44	20895	4399	4392	0.995	0.072	99.8
3.71-4.06	5.176	0.056	25.16	21083	4076	4073	0.996	0.062	99.9
4.06-4.54	4.999	0.051	26.91	18236	3656	3648	0.996	0.057	99.8
4.54-5.24	4.677	0.049	26.93	15075	3240	3223	0.996	0.056	99.5
5.24-6.42	4.975	0.049	27.26	13583	2735	2730	0.996	0.055	99.8
6.42-9.08	4.964	0.043	28.97	10469	2117	2109	0.998	0.048	99.6
9.08-43.42	4.85	0.04	30.3	5510	1157	1136	0.997	0.045	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.03→43.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.415 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Gln726 has no H-bonds with ligand;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	5004	5 %	RANDOM
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1885	94993	96.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.72 Å² / B_iso mean: 42.34 Å² / B_iso min: 23.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→43.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	132	482	10766
B_iso mean	-	-	58.93	42.79	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10576
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.326	1.658	14317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.48	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.801	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.627	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.331	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.498	4.338	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.495	4.336	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.576	6.496	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.083 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.425	331	-
R_work	0.361	6602	-
all	-	6933	-
obs	-	-	90.27 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)