PDB-5si8: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5si8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c1(cn(nc1C(=O)Nc3cc2nc(cn2cc3C#N)c4ccccc4)C)C(=O)N5CCOCC5, micromolar IC50=0.060125

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Peters, J. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5si8.cif.gz	273.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5si8.ent.gz	220.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5si8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5si8_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5si8_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5si8_validation.xml.gz	58.1 KB	表示
CIF形式データ	5si8_validation.cif.gz	74.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si8	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.160, 135.160, 234.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JMU / N-[(4R)-6-cyano-2-phenylimidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]-1-methyl-4-(morpholine-4-carbonyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide 分子量: 455.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₁N₇O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→41.51 Å / Num. obs: 69123 / % possible obs: 73.6 % / 冗長度: 2.123 % / B_iso Wilson estimate: 44.53 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.901 / Net I/σ(I): 9.65 / Num. measured all: 146753 / Scaling rejects: 375

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	2.074	1.036	1.2	10835	6961	5223	0.426	1.271	75
2.15-2.21	2.067	0.77	1.61	10581	6836	5118	0.531	0.945	74.9
2.21-2.28	2.006	0.762	2.18	8988	6530	4480	0.709	0.939	68.6
2.28-2.35	2.079	0.487	2.45	10150	6364	4882	0.788	0.594	76.7
2.35-2.42	2.085	0.388	2.99	9962	6238	4777	0.858	0.474	76.6
2.42-2.51	2.096	0.31	3.56	9564	5982	4562	0.905	0.378	76.3
2.51-2.6	2.108	0.245	4.62	9302	5791	4413	0.931	0.298	76.2
2.6-2.71	2.061	0.207	5.73	8496	5552	4123	0.949	0.252	74.3
2.71-2.83	2.133	0.159	6.77	8641	5320	4051	0.971	0.193	76.1
2.83-2.97	2.138	0.117	8.53	8218	5083	3843	0.982	0.141	75.6
2.97-3.13	2.138	0.091	10.61	7870	4883	3681	0.989	0.11	75.4
3.13-3.32	2.148	0.069	13.55	7363	4573	3428	0.994	0.083	75
3.32-3.55	2.12	0.05	17.8	6611	4304	3119	0.996	0.06	72.5
3.55-3.83	2.128	0.041	21.03	6102	4013	2868	0.997	0.05	71.5
3.83-4.2	2.16	0.034	24.79	5595	3665	2590	0.997	0.041	70.7
4.2-4.7	2.218	0.027	26.91	5312	3345	2395	0.998	0.033	71.6
4.7-5.42	2.27	0.027	28.03	4726	2967	2082	0.999	0.033	70.2
5.42-6.64	2.348	0.026	28.27	3973	2463	1692	0.998	0.031	68.7
6.64-9.39	2.438	0.02	32.61	3062	1931	1256	0.999	0.024	65
9.39-33.88	2.596	0.02	35.55	1402	1053	540	0.999	0.024	51.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.1→33.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.388 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: PR3+ not modeled;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2457	3542	5 %	RANDOM
R_work	0.1957	-	-	-
obs	0.1981	67524	76.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.73 Å² / B_iso mean: 42.518 Å² / B_iso min: 23.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0.11 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→33.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	144	417	10713
B_iso mean	-	-	48.24	42.38	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.661	14347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.255	1.569	22270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.831	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.954	22.477	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.035	15	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.504	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.517	4.429	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.518	4.427	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.526	6.634	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	225	-
R_work	0.294	4507	-
all	-	4732	-
obs	-	-	68.52 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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