PDB-5scs: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5scs

タイトル

Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-781

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-781
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5scs.cif.gz	87 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5scs.ent.gz	63.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5scs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5scs_validation.pdf.gz	1019.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5scs_full_validation.pdf.gz	1023.3 KB	表示
XML形式データ	5scs_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	5scs_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scs	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002223 (26エントリ) 5scm 5scn 5sco 5scp 5scq 5scr 5scs 5sct 5scu 5scv
タイトル	DHFR structures, SSGCID
タイプ	ground state
解説	human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	5scp-2 5scm-d 5scn-d 5sd5-d 5sco-d 5scr-d 5scz-d 5scu-d 5scv-2 4wp3-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.140, 66.000, 78.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is a monomer, the same as asu

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GYI / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)-N-(propane-2-sulfonyl)propanamide 分子量: 465.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₁N₅O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG1 D4: 20% PEG3350, 200mM Sodium Thiocyanate pH6.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: FR-E+ Superbright / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: Saturn 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 22688 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 21.571 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 26.66 / Num. measured all: 318414

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59		0.887	0.388	3.81	8459	1712	1567	0.427	91.5
1.59-1.63		0.948	0.352	5.57	14463	1606	1515	0.371	94.3
1.63-1.68		0.96	0.33	6.17	16194	1653	1567	0.347	94.8
1.68-1.73		0.973	0.274	7.47	16137	1546	1531	0.288	99
1.73-1.79		0.983	0.228	9.13	16311	1521	1462	0.239	96.1
1.79-1.85		0.99	0.191	10.53	16635	1461	1457	0.199	99.7
1.85-1.92		0.99	0.143	17.66	15427	1408	1386	0.15	98.4
1.92-2		0.995	0.141	17.58	15065	1400	1255	0.147	89.6
2-2.09		0.997	0.102	21.08	17113	1305	1305	0.106	100
2.09-2.19		0.998	0.091	23.45	17029	1273	1270	0.094	99.8
2.19-2.31		0.993	0.098	32.87	13206	1199	1156	0.103	96.4
2.31-2.45		0.999	0.078	32.82	17978	1128	1096	0.08	97.2
2.45-2.62		0.999	0.059	42.34	19241	1085	1084	0.061	99.9
2.62-2.83		0.999	0.057	45.58	19067	1010	1009	0.058	99.9
2.83-3.1		0.999	0.048	52.45	19271	937	937	0.05	100
3.1-3.47		1	0.045	64.53	21095	847	847	0.046	100
3.47-4		0.999	0.049	72.44	18418	761	759	0.05	99.7
4-4.9		1	0.035	78.11	16891	659	653	0.036	99.1
4.9-6.93		1	0.041	73.64	13274	516	516	0.042	100
	6.93	0.998	0.039	73.47	7140	317	316	0.04	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2219	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→39.005 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.76 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	1938	8.54 %
R_work	0.2077	20748	-
obs	0.211	22686	97.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.78 Å² / B_iso mean: 19.2378 Å² / B_iso min: 5.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1289	0	80	178	1547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	1925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.997	788

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.5887	0.2256	128	0.2105	1380	1508	92
1.5887-1.6317	0.2407	134	0.1932	1385	1519	94
1.6317-1.6797	0.2715	126	0.1982	1441	1567	95
1.6797-1.7339	0.2415	137	0.2	1474	1611	99
1.7339-1.7959	0.2498	136	0.2022	1443	1579	96
1.7959-1.8678	0.2821	140	0.2271	1503	1643	99
1.8678-1.9528	0.3146	135	0.299	1447	1582	97
1.9528-2.0558	0.298	134	0.25	1419	1553	94
2.0558-2.1846	0.244	142	0.2082	1508	1650	100
2.1846-2.3532	0.3905	138	0.3204	1471	1609	96
2.3532-2.59	0.2726	142	0.2026	1513	1655	100
2.59-2.9646	0.2337	145	0.1962	1542	1687	100
2.9646-3.7347	0.2058	146	0.171	1570	1716	100
3.7347-39.0173	0.1681	155	0.1513	1652	1807	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8779	-0.351	-0.4554	2.0377	0.588	0.3089	0.002	0.0989	-0.1304	-0.0639	-0.1992	-0.0664	0.1557	-0.1236	0.1893	0.1045	0.0362	0.0218	0.1239	-0.0118	0.0976	-10.0363	-11.8467	6.3133
2	1.0474	-0.3228	-0.9666	0.7295	-0.0654	1.2013	0.0163	-0.0195	0.1622	0.2185	-0.1375	-0.2635	-0.3207	0.5146	-0.1198	0.074	-0.0167	-0.0261	0.2724	0.032	0.1544	-4.3795	-1.601	18.409
3	5.8037	-2.0191	0.228	4.4249	-0.0305	2.6475	0.0475	-0.1609	0.2557	0.1607	-0.0516	-0.2701	-0.2712	0.3166	-0.0193	0.1136	-0.0367	0.0031	0.1501	0.0268	0.0517	-3.2632	2.695	5.8719
4	8.0644	-2.5202	0.2614	6.023	-0.3178	4.0414	-0.0112	0.092	0.43	0.0839	0.0348	-0.044	-0.5471	0.1229	-0.0344	0.1612	-0.0044	0.0172	0.1452	0.018	0.0766	-8.9131	7.4131	-0.8563
5	1.2316	1.1155	-0.9698	3.1708	-0.698	1.2197	-0.0131	0.1799	0.0107	-0.1216	0.0815	0.0942	0.0105	-0.0399	-0.0658	0.0967	0.033	-0.0112	0.1209	0.0069	0.0806	-13.7723	-3.7315	2.6224
6	3.1776	1.1665	2.4583	3.0311	2.6429	6.8154	0.0722	-0.0873	-0.0498	0.3915	0.0138	0.0257	0.1842	0.0232	-0.1251	0.0887	-0.0171	-0.018	0.0749	-0.0028	0.0643	-10.2609	-10.6681	15.7476
7	3.345	-0.8653	2.0515	0.8638	-0.4894	3.4148	-0.1234	-0.2618	0.3368	0.3398	-0.0267	-0.0373	-0.3429	-0.2511	0.1062	0.224	0.0251	0.0203	0.2013	-0.0429	0.126	-14.7144	3.3869	26.4738
8	1.2978	1.6414	0.2954	4.1629	1.289	2.0029	0.0641	-0.3164	-0.1296	0.2686	-0.0227	0.3961	0.1099	-0.2317	0.0374	0.0925	-0.0566	0.0045	0.1639	0.0316	0.1315	-17.5403	-12.2336	16.6709
9	2.6977	1.1396	1.0607	1.6795	0.231	0.6291	0.1361	0.0154	-0.1371	0.183	-0.0242	-0.1313	0.206	0.2828	-0.0455	0.1245	-0.0087	-0.0227	0.1363	0.0098	0.1033	-5.466	-11.3697	23.5556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 9 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 35 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 60 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 76 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 106 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 115 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 125 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 139 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 159 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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