PDB-5sbc: Tubulin-maytansinoid-5a-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sbc

タイトル

Tubulin-maytansinoid-5a-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Marzullo, P. / Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Alvarez-Bernad, B. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. ...

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Maytansinol Derivatives: Side Reactions as a Chance for New Tubulin Binders.
著者: Marzullo, P. / Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Alvarez-Bernad, B. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Altmann, K.H. / Prota, A.E. / Diaz, J.F. / Pieraccini, S. / Passarella, D.

履歴

登録	2021年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns Item: _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sbc.cif.gz	917.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sbc.ent.gz	755.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5sbc_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sbc_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5sbc_validation.xml.gz	89.4 KB	表示
CIF形式データ	5sbc_validation.cif.gz	121.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbc	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002215 (7エントリ) 5sb8 5sb9 5sba 5sbb 5sbc 5sbd 5sbe
タイトル	T2R-TTL-maytansinoid structures
解説	Crystal structures of Tubulin-maytansinoid complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5p-d 5s5f-d 5s5g-d 5sbe-d 5mf4-d 5xkf-d 7jfr-d 7ce6-d 5xaf-d 5s63-d 6d88-d 7cek-d 6bs2-d 5s50-d 7daf-d 5s4o-d 7cno-d 5zxh-d 5s5h-d 5yl2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.911, 157.908, 181.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 10種, 770分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#11: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#12: 化合物	ChemComp-5JS / (1S,2R,3S,5S,6S,16E,18E,20R)-11-chloro-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-8,23-dioxo-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1~10,14~.0~3,5~]hexacosa-10(26),11,13,16,18,21-hexaen-6-yl phenylacetate 分子量: 665.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₁ClN₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→48.02 Å / Num. obs: 130943 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.709 % / B_iso Wilson estimate: 51.82 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.183 / R_rim(I) all: 0.19 / Χ²: 0.764 / Net I/σ(I): 12.81 / Num. measured all: 1795135 / Scaling rejects: 394

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.32-2.38	14.263	3.207	0.85	136594	9578	9577	0.357	3.326	100
2.38-2.45	14.231	2.587	1.06	133000	9349	9346	0.454	2.684	100
2.45-2.52	14.191	2.074	1.36	128015	9024	9021	0.573	2.152	100
2.52-2.59	14.048	1.686	1.69	124453	8863	8859	0.66	1.75	100
2.59-2.68	13.891	1.37	2.1	118629	8547	8540	0.736	1.423	99.9
2.68-2.77	13.746	1.112	2.57	113868	8289	8284	0.799	1.154	99.9
2.77-2.88	13.093	0.803	3.5	104545	7986	7985	0.887	0.836	100
2.88-3	12.975	0.614	4.52	99922	7702	7701	0.927	0.639	100
3-3.13	14.004	0.443	6.53	103642	7401	7401	0.964	0.459	100
3.13-3.28	13.569	0.328	8.6	96435	7108	7107	0.979	0.341	100
3.28-3.46	12.825	0.231	11.73	86030	6708	6708	0.989	0.24	100
3.46-3.67	14.285	0.167	16.88	91455	6403	6402	0.995	0.173	100
3.67-3.92	14.131	0.118	22.82	85128	6025	6024	0.997	0.123	100
3.92-4.24	13.974	0.088	28.84	78532	5620	5620	0.998	0.091	100
4.24-4.64	13.671	0.065	36.46	70884	5185	5185	0.999	0.068	100
4.64-5.19	12.845	0.06	37.99	60603	4718	4718	0.999	0.063	100
5.19-5.99	13.191	0.069	34.96	55060	4174	4174	0.999	0.072	100
5.99-7.34	12.861	0.063	37.65	45952	3573	3573	0.999	0.066	100
7.34-10.38	14.045	0.036	60.67	39495	2812	2812	1	0.038	100
10.38-48.02	12.661	0.029	69.39	20410	1633	1612	1	0.031	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.32→48.02 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	6547	5 %
R_work	0.1857	124377	-
obs	0.1878	130924	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.01 Å² / B_iso mean: 67.5893 Å² / B_iso min: 29.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.32→48.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17327	0	243	752	18322
B_iso mean	-	-	67.99	58.7	-
残基数	-	-	-	-	2189

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.32-2.34	0.3983	217	0.3652	4106	4323	99
2.34-2.37	0.386	214	0.3406	4070	4284	100
2.37-2.4	0.3786	216	0.3287	4107	4323	100
2.4-2.43	0.3467	218	0.3088	4140	4358	100
2.43-2.46	0.3424	215	0.2973	4084	4299	100
2.46-2.5	0.3203	217	0.2706	4119	4336	100
2.5-2.53	0.3208	214	0.2713	4065	4279	100
2.53-2.57	0.3003	216	0.2556	4118	4334	100
2.57-2.61	0.288	216	0.2462	4088	4304	100
2.61-2.65	0.3267	217	0.2511	4131	4348	100
2.65-2.7	0.3128	216	0.252	4113	4329	100
2.7-2.75	0.3025	218	0.2368	4140	4358	100
2.75-2.8	0.2782	216	0.2328	4095	4311	100
2.8-2.86	0.2826	217	0.2369	4123	4340	100
2.86-2.92	0.2956	218	0.2448	4134	4352	100
2.92-2.99	0.31	217	0.2446	4123	4340	100
2.99-3.06	0.2644	216	0.2039	4115	4331	100
3.06-3.15	0.2429	217	0.1936	4117	4334	100
3.15-3.24	0.2448	218	0.1948	4151	4369	100
3.24-3.34	0.2486	218	0.1882	4134	4352	100
3.34-3.46	0.2126	218	0.181	4139	4357	100
3.46-3.6	0.2316	219	0.1746	4171	4390	100
3.6-3.77	0.228	219	0.1683	4149	4368	100
3.77-3.96	0.2059	219	0.1499	4172	4391	100
3.96-4.21	0.2008	220	0.1447	4185	4405	100
4.21-4.54	0.1434	220	0.1295	4174	4394	100
4.54-4.99	0.1527	221	0.1274	4204	4425	100
4.99-5.71	0.1988	222	0.1606	4210	4432	100
5.71-7.2	0.2267	225	0.1798	4267	4492	100
7.2-48.02	0.1848	233	0.1679	4433	4666	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9839	-0.1031	0.0909	3.0788	1.4834	2.7779	0.0017	0.0927	0.0564	-0.3226	0.2835	-0.2851	-0.596	0.4146	0.0014	0.5774	-0.1017	0.0875	0.5762	-0.1498	0.5186	28.7277	86.1889	54.0529
2	1.746	0.7527	-0.2952	3.1008	0.8388	2.9227	0.0692	-0.2309	0.0837	0.4434	-0.0266	-0.0105	-0.0622	0.0301	-0.0001	0.5769	0.0137	0.0744	0.4876	-0.147	0.533	18.3878	85.3887	71.8141
3	0.4923	-0.1742	-0.085	2.8734	2.0071	2.7864	0.0141	-0.1115	0.0172	0.6254	0.1176	0.0009	0.2609	0.2235	0	0.5533	-0.0011	0.03	0.5393	-0.1159	0.5279	22.9718	77.1733	70.0086
4	0.8336	-0.3432	-0.4477	0.6827	-0.4145	0.8969	-0.2071	0.0526	0.3679	-0.3062	0.238	0.2569	-0.5054	-0.0341	0	0.5012	0.0446	0.0514	0.5049	-0.0464	0.6245	16.0638	65.2295	22.0629
5	0.46	0.1524	0.1196	0.3153	0.1522	0.0808	0.1697	0.1935	0.9084	-0.2709	-0.1966	-0.1597	-1.029	-0.0854	-0	1.0349	0.1143	0.0257	0.5739	-0.0553	0.8087	15.2375	78.663	22.2599
6	0.8691	-0.412	-0.6685	0.9379	0.3692	1.3647	0.1529	0.3804	0.2844	-0.6485	-0.0103	-0.0938	-0.5024	0.0524	0	0.5843	0.0033	0.0204	0.6293	-0.0555	0.5813	24.6004	58.9224	13.2617
7	0.8511	-0.0944	-0.3374	2.7893	1.3673	3.2059	-0.0136	-0.0724	0.1289	0.0662	-0.0745	0.1604	-0.155	-0.0832	-0.0251	0.3195	0.0117	0.0258	0.4373	-0.1014	0.5114	17.5955	56.1384	28.4576
8	0.3767	0.3278	-0.5207	1.1843	-0.0408	1.3828	0.0156	-0.1747	-0.4928	-0.0158	-0.1297	0.5671	0.0436	-0.73	-0.0042	0.4353	0.0741	-0.0334	0.7114	-0.3061	0.5913	5.349	59.2365	38.4852
9	0.9768	-0.3056	0.326	0.2507	0.213	0.7744	-0.2022	-0.4202	0.0528	0.4502	0.0192	0.4098	0.1353	-1.1253	-0.0135	0.6143	0.0898	0.0726	0.8482	-0.199	0.6638	5.1269	60.0927	44.7829
10	0.8603	-0.3551	0.476	1.0709	1.0242	1.6813	-0.0651	-0.1757	0.095	0.3344	-0.1549	0.1848	0.2284	-0.3949	-0.0001	0.4575	-0.0424	0.0782	0.5921	-0.1013	0.5382	11.9399	52.5041	39.1299
11	0.2933	-0.0014	0.1099	1.1953	0.569	1.1439	-0.0428	-0.174	-0.1691	0.8113	0.036	-0.2027	0.7326	0.6413	0.0116	0.5754	0.0185	-0.0167	0.5862	-0.0621	0.549	25.6631	38.0777	30.5044
12	1.0795	-0.4088	-0.0238	2.7891	0.4891	1.846	-0.024	0.2216	0.0789	-0.3396	0.0489	-0.0247	-0.1894	0.1475	0	0.3772	-0.0897	0.0368	0.4779	-0.0317	0.4354	20.2293	33.1555	-11.9235
13	1.424	-0.4984	0.3596	1.2396	0.9522	2.6698	0.0366	-0.0053	0.0823	0.0165	-0.1982	0.2708	0.0911	-0.4335	-0.0007	0.3528	-0.0621	0.0304	0.4687	-0.0541	0.5195	2.567	30.257	2.6194
14	0.9063	-0.4285	0.0384	2.0719	1.0415	1.2029	-0.0318	-0.0405	0.0328	-0.0251	-0.0766	0.0899	0.1287	-0.1839	0	0.4048	-0.0654	0.0461	0.4178	-0.0479	0.4807	7.1978	25.7063	4.9555
15	1.1795	0.2078	0.3836	1.1904	0.2021	0.2965	-0.1375	-0.1018	-0.1133	0.5711	0.3082	-0.328	0.778	0.5097	0.0027	0.4643	0.0786	-0.029	0.4247	-0.0842	0.5253	25.1866	11.7184	2.5435
16	2.2302	0.1908	0.2166	1.2114	-0.7212	2.3688	-0.1609	0.684	0.0592	-0.723	0.2432	-0.2149	0.1083	0.0042	-0	0.9217	-0.1624	0.1051	1.0007	-0.1489	0.5401	22.2376	6.3121	-43.8886
17	1.5928	-0.51	-0.5144	1.6721	0.6011	2.2696	-0.1866	0.3446	-0.2971	-0.2599	0.1086	0.0401	0.5017	-0.1638	-0.001	0.7626	-0.1172	0.0615	0.6364	-0.1783	0.5751	16.3236	-5.1404	-26.7982
18	0.7692	0.3128	0.3133	0.3606	0.3857	0.4146	-0.1942	-0.028	-0.0308	0.719	0.1928	-0.4392	0.5203	0.7092	0.0001	1.1359	-0.0236	0.0149	0.749	-0.1777	0.7314	27.5078	92.7817	82.1889
19	0.323	-0.2078	-0.4365	0.0624	0.1771	0.732	0.02	-0.0678	-0.0441	0.4606	0.4245	-0.5695	0.647	0.6	0.0112	0.5518	0.1017	0.0425	0.8776	-0.2892	0.8069	42.7737	28.8132	5.1373
20	0.8887	0.2673	-0.8908	0.6893	0.0831	1.0814	-0.2285	0.4548	-0.5177	0.1331	0.0389	-0.0952	0.9898	-0.4318	0	1.1435	-0.1329	0.1171	0.7587	-0.1353	0.8232	6.0596	55.0613	69.7893
21	0.2929	0.2073	-0.1014	0.1868	-0.1673	0.2524	0.1213	-0.5345	0.2437	0.3861	-0.1072	-0.6317	0.1957	0.953	-0	1.0862	0.1104	-0.0058	1.1368	0.0425	0.8679	14.1757	65.0962	98.5606
22	0.1982	0.1003	-0.021	0.1741	-0.0334	0.042	-0.1261	-0.5667	0.0148	0.3824	-0.958	-0.7009	0.2746	1.1941	-0.0001	1.2864	0.0396	-0.2508	1.7601	0.2335	1.1074	18.2364	56.9882	111.4819
23	0.1875	0.1123	0.0176	0.879	0.8119	1.0176	-0.0919	-0.4053	-0.6974	0.6152	0.0516	-0.5183	1.0289	1.3008	0.0104	1.328	0.2609	0.0996	1.1994	0.2444	1.0767	8.3848	51.4993	104.3859
24	1.5395	1.1178	-0.9528	1.3118	-0.0266	1.4199	-0.4304	-0.0994	-0.8456	0.3882	0.1325	-0.2966	0.9522	-0.0169	-0.018	1.4007	0.1297	0.2739	0.6526	0.1268	1.0259	-2.109	50.1382	99.5332
25	1.645	-0.3602	-0.8563	0.3265	0.5264	1.1536	-0.1911	0.1245	-0.4128	0.1949	0.3092	0.1361	0.5994	-0.3053	0	0.9988	-0.0481	0.1137	0.6481	-0.0117	0.7485	-0.8299	59.3441	85.6659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 243 )	A	1 - 243
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 244 through 311 )	A	244 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 438 )	A	312 - 438
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 27 )	B	1 - 27
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 64 )	B	28 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 65 through 127 )	B	65 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 259 )	B	128 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 296 )	B	260 - 296
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 297 through 338 )	B	297 - 338
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 339 through 401 )	B	339 - 401
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 402 through 437 )	B	402 - 437
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 199 )	C	1 - 199
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 200 through 338 )	C	200 - 338
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 339 through 401 )	C	339 - 401
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 402 through 440 )	C	402 - 440
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 127 )	D	1 - 127
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 128 through 441 )	D	128 - 441
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 47 through 141 )	E	47 - 141
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 67 through 127 )	F	67 - 127
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 128 through 165 )	F	128 - 165
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 166 through 207 )	F	166 - 207
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 298 through 380 )	F	298 - 380

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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