PDB-5s5x: Tubulin-Z45705015-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5x

タイトル

Tubulin-Z45705015-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5x.cif.gz	915.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5x.ent.gz	751.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5x_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5x_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5s5x_validation.xml.gz	83.9 KB	表示
CIF形式データ	5s5x_validation.cif.gz	112 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5x	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s56-d 5s4q-d 5s52-d 5s62-d 5yl2-d 5ylj-d 5s5a-d 5s4w-d 5s5k-d 5s61-d 6lsm-d 5z4p-d 5s5q-d 5xkg-d 6brf-d 5s5p-d 6y4n-d 5s50-d 5s4o-d 5s5f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.960, 159.130, 178.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 398分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-S9S / ~{N}-[2-(4-fluorophenyl)ethyl]methanesulfonamide 分子量: 217.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂FNO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→63.41 Å / Num. obs: 128879 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.792 % / B_iso Wilson estimate: 63.824 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 10.35 / Num. measured all: 875360 / Scaling rejects: 155

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.32-2.38	7.052	2.412	0.77	66955	9526	9494	0.349	2.605	99.7
2.38-2.45	6.994	1.912	0.98	64629	9260	9241	0.454	2.066	99.8
2.45-2.52	6.907	1.493	1.26	62090	9004	8989	0.578	1.615	99.8
2.52-2.59	6.782	1.187	1.59	58997	8715	8699	0.682	1.286	99.8
2.59-2.68	6.442	0.951	1.93	54747	8511	8498	0.731	1.035	99.8
2.68-2.77	6.631	0.769	2.45	54579	8236	8231	0.791	0.835	99.9
2.77-2.88	7.061	0.552	3.44	55820	7911	7905	0.902	0.596	99.9
2.88-3	7.04	0.414	4.53	54117	7693	7687	0.934	0.448	99.9
3-3.13	6.968	0.291	6.28	50883	7311	7302	0.967	0.314	99.9
3.13-3.28	6.899	0.214	8.3	48512	7042	7032	0.983	0.231	99.9
3.28-3.46	6.501	0.153	10.9	43417	6680	6678	0.989	0.166	100
3.46-3.67	6.468	0.119	13.59	38161	6341	5900	0.993	0.13	93
3.67-3.92	6.986	0.09	17.95	40116	5987	5742	0.996	0.097	95.9
3.92-4.24	6.962	0.067	23.02	38862	5584	5582	0.997	0.073	100
4.24-4.64	6.787	0.054	27.74	34819	5134	5130	0.998	0.058	99.9
4.64-5.19	6.302	0.049	28.58	29538	4688	4687	0.998	0.053	100
5.19-5.99	6.638	0.052	28.3	27576	4154	4154	0.998	0.057	100
5.99-7.34	6.839	0.046	31.49	24143	3530	3530	0.999	0.05	100
7.34-10.38	6.198	0.032	42.22	17292	2794	2790	0.999	0.035	99.9
10.38-63.41	6.285	0.027	51.6	10107	1620	1608	0.999	0.029	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.32→63.41 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	6540	5.08 %
R_work	0.2072	122320	-
obs	0.2091	128860	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.65 Å² / B_iso mean: 74.1696 Å² / B_iso min: 36.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.32→63.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17453	0	198	382	18033
B_iso mean	-	-	70.61	60.51	-
残基数	-	-	-	-	2206

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.32-2.35	0.3891	195	0.3679	4071	4266	100
2.35-2.37	0.3555	213	0.3546	4042	4255	100
2.37-2.4	0.386	218	0.341	4041	4259	100
2.4-2.43	0.3303	200	0.3156	4096	4296	100
2.43-2.47	0.3328	214	0.3088	4063	4277	100
2.47-2.5	0.3953	219	0.3171	4053	4272	100
2.5-2.53	0.3516	211	0.3052	4056	4267	100
2.53-2.57	0.3366	195	0.2984	4064	4259	100
2.57-2.61	0.3013	196	0.2849	4101	4297	100
2.61-2.66	0.3437	211	0.292	4076	4287	100
2.66-2.7	0.3374	234	0.2812	4046	4280	100
2.7-2.75	0.3243	225	0.2725	4068	4293	100
2.75-2.8	0.3277	190	0.2697	4069	4259	100
2.8-2.86	0.3056	214	0.265	4056	4270	100
2.86-2.92	0.3076	225	0.2633	4123	4348	100
2.92-2.99	0.273	196	0.2524	4083	4279	100
2.99-3.07	0.2693	242	0.2471	4075	4317	100
3.07-3.15	0.2881	253	0.2318	4018	4271	100
3.15-3.24	0.2705	226	0.2333	4107	4333	100
3.24-3.35	0.2719	200	0.2263	4101	4301	100
3.35-3.47	0.2498	207	0.2144	4106	4313	100
3.47-3.6	0.2534	211	0.2076	4102	4313	100
3.6-3.77	0.2404	188	0.2043	3478	3666	84
3.77-3.97	0.2283	214	0.1922	4113	4327	100
3.97-4.22	0.2271	239	0.1787	4118	4357	100
4.22-4.54	0.2094	242	0.1609	4122	4364	100
4.54-5	0.1939	255	0.1498	4129	4384	100
5-5.72	0.2042	242	0.1749	4140	4382	100
5.72-7.2	0.2216	217	0.1942	4232	4449	100
7.21-63.41	0.1887	248	0.1618	4371	4619	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0686	-0.0229	-0.0097	5.8896	0.5855	2.9575	0.0039	0.0944	0.2323	-0.4946	0.2065	-0.2902	-0.7669	0.1697	-0.2141	0.5787	-0.0748	0.1038	0.4709	-0.1003	0.4287	32.2145	90.3164	50.2802
2	2.7417	-0.6132	-2.7323	6.0796	-0.6701	3.516	0.1326	-0.3232	-0.2047	0.3867	-0.1221	-0.2067	0.1378	0.304	0.0481	0.4572	0.0456	-0.0549	0.4903	-0.1142	0.3911	30.2178	74.9201	58.6266
3	2.0252	-0.3607	0.0297	4.9668	0.6319	5.347	0.0171	-0.0826	0.156	0.2606	0.0053	0.3261	-0.2771	-0.3005	-0.0303	0.395	0.0511	0.0512	0.369	-0.0876	0.4337	17.2512	85.2976	66.3947
4	1.244	-0.5235	0.1693	6.7539	1.5757	3.1231	-0.0681	-0.2025	0.1793	0.7374	0.1503	0.2958	-0.1743	-0.1156	-0.08	0.4477	0.0119	0.09	0.5475	-0.0708	0.4488	19.2105	84.0969	72.8427
5	1.671	0.3667	1.1118	5.8137	4.1054	6.1606	0.015	-0.2331	-0.0567	0.702	0.2813	-0.2542	0.9455	0.444	-0.3045	0.5193	0.1234	-0.0436	0.4751	-0.0502	0.6063	32.7193	63.0022	61.2833
6	5.8103	-2.7846	-1.5792	8.716	0.6331	4.5653	0.255	0.1511	0.6357	-0.4056	-0.1428	0.3108	-1.1151	-0.1227	-0.0429	0.6161	0.035	-0.029	0.4176	-0.0062	0.4697	15.8968	70.4126	18.9227
7	2.5986	0.1996	0.1749	2.6427	1.4814	3.8288	0.0343	-0.0576	0.1766	-0.0118	-0.0498	0.1443	-0.3467	-0.0342	-0.0161	0.3826	0.0068	0.0219	0.4126	-0.0845	0.4347	20.3076	56.5936	25.1634
8	5.3911	-3.1151	1.9967	4.3908	-1.0641	3.9539	-0.2652	-0.2585	-0.0562	0.2522	-0.0004	0.5873	-0.2835	-1.3154	0.2649	0.6088	0.0435	0.0763	0.7941	-0.168	0.5728	5.8626	60.5728	42.1802
9	0.6266	-1.5654	-1.099	4.9229	3.2053	5.2863	-0.0166	-0.1949	-0.0741	0.6965	0.0619	0.0715	0.6609	0.2666	-0.0309	0.3938	-0.0931	-0.0096	0.4817	-0.0465	0.5083	20.8729	41.8331	30.7977
10	1.5583	-0.6269	0.0827	3.1659	0.1879	1.8502	-0.0232	0.1844	0.0913	-0.2488	0.0644	-0.0253	-0.1698	0.0803	-0.0375	0.3954	-0.0694	0.0301	0.4464	-0.0413	0.4074	20.2991	33.3602	-12.0694
11	1.4046	-0.6041	-0.0071	1.8396	1.0065	1.8991	-0.016	-0.0179	0.0706	0.1436	-0.0441	0.0871	-0.0209	-0.2053	0.0597	0.3054	-0.0532	0.0361	0.384	-0.0225	0.3853	7.9706	26.3369	3.14
12	4.3103	-2.4873	0.5165	6.9588	-0.0531	1.4767	-0.0933	0.6357	0.1443	-0.6613	0.2001	-0.0459	-0.0484	-0.0191	-0.1105	0.6426	-0.145	0.0767	0.8882	-0.0056	0.3936	17.3143	10.1425	-44.0522
13	1.7454	0.1072	-0.1355	1.8549	-0.0568	2.5796	-0.0347	0.4551	-0.2298	-0.3332	0.1526	-0.281	0.2825	0.1945	-0.113	0.564	-0.0351	0.0639	0.6667	-0.1984	0.4926	22.8885	-1.9085	-34.3248
14	2.8347	-1.7986	-0.9544	6.4408	2.0748	3.271	0.1701	0.4928	-0.6818	-0.4329	-0.3222	0.8435	0.4829	-0.8921	0.0773	0.6288	-0.1456	-0.007	0.8228	-0.1775	0.6561	1.4487	-5.7218	-25.3755
15	2.8864	-0.8394	-0.4026	2.3697	0.3434	2.997	-0.2271	0.2557	-0.3131	0.0571	0.1399	0.3078	0.2374	-0.3843	0.0901	0.5427	-0.141	0.0204	0.4852	-0.1051	0.5111	8.7868	-1.3542	-20.9564
16	4.3536	0.3244	-2.1457	1.4901	-1.0675	2.9835	-0.3339	0.1359	-0.8397	0.1549	-0.002	-0.1098	0.7283	0.2645	0.1421	0.8331	0.0725	-0.0334	0.6297	-0.2702	0.8755	30.4657	-16.787	-24.7204
17	4.2692	-2.9193	0.417	5.6613	1.2485	2.1618	-0.1772	-0.3301	0.3391	0.7618	0.5404	-0.6599	-0.1648	0.1762	-0.3851	0.9433	-0.062	-0.0793	0.7041	-0.1625	0.6461	27.9872	93.8069	81.208
18	0.0763	-0.2845	-0.4582	5.2204	5.4407	6.2166	-0.1641	-0.0086	-0.0964	0.6344	0.7663	-0.5656	0.7743	1.1401	-0.729	0.5399	0.0842	0.0276	0.8678	-0.2318	0.8296	43.1848	28.4905	3.9037
19	4.0696	1.0418	-1.5981	6.7539	0.856	4.9485	-0.498	0.5935	-0.58	-0.176	0.242	-0.1261	1.5867	-0.4065	0.1815	1.0681	-0.1871	0.1406	0.7424	-0.1527	0.6272	6.6334	55.5243	69.4014
20	5.1843	1.8675	2.2496	2.5949	-1.9044	6.1829	-0.0173	-0.892	0.1042	0.5058	-0.2806	-0.5699	-0.2773	2.0263	0.2992	0.8024	0.0719	-0.1044	1.2444	-0.0224	0.7392	16.6149	65.0884	102.3381
21	3.7591	0.7487	2.4119	3.8442	-0.6498	5.9578	0.1958	-0.3548	-0.6078	0.701	-0.1612	-0.732	0.9626	1.7696	-0.0134	1.0733	0.354	-0.0036	1.1002	0.1455	0.8883	11.8014	53.0594	105.1256
22	3.0139	0.8605	-1.0446	3.302	-0.6981	2.4842	-0.502	0.073	-0.7678	0.4098	0.282	-0.2575	1.2407	-0.0196	0.1341	1.2608	0.0725	0.2057	0.5861	0.0368	0.8825	-2.1478	50.8243	99.0644
23	3.6297	0.0825	-1.9599	1.4745	1.3688	5.6073	-0.3194	0.2305	-0.649	-0.0593	0.3094	-0.1773	1.0526	-0.0178	-0.0646	0.9225	-0.077	0.0486	0.5151	-0.0047	0.6544	1.1811	59.1188	87.2763
24	5.8426	-4.257	-4.0407	4.7824	1.824	9.1955	-0.0022	0.7531	-0.0191	-0.2893	0.278	0.6442	-0.8164	-1.4006	-0.2324	0.6231	-0.0864	0.025	0.8371	-0.0045	0.7688	-8.041	64.0204	78.9464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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