PDB-5s5c: Tubulin-Z44592329-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5c

タイトル

Tubulin-Z44592329-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5c.cif.gz	914.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5c.ent.gz	751.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5c_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5c_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5s5c_validation.xml.gz	83.3 KB	表示
CIF形式データ	5s5c_validation.cif.gz	111.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5c	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s57-d 5s5b-d 5s5r-d 5xiw-d 5s5z-d 5s59-d 6bry-d 5s5d-d 4o2a-d 5xkh-d 7dad-d 5s4v-d 5s4l-d 5s5w-d 5s5t-d 5s5i-d 5s4x-d 5c8y-d 5s5u-d 5s4w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.220, 159.900, 177.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 349分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-K0G / N-phenyl-N'-pyridin-3-ylurea / 1-(3-ピリジル)-3-フェニル尿素分子量: 213.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→67.93 Å / Num. obs: 117490 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.791 % / B_iso Wilson estimate: 67.489 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 10.22 / Num. measured all: 797912 / Scaling rejects: 237

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	6.99	2.277	0.82	60144	8624	8604	0.383	2.46	99.8
2.46-2.53	6.897	1.898	0.98	57479	8361	8334	0.468	2.052	99.7
2.53-2.6	6.768	1.462	1.29	55058	8157	8135	0.621	1.584	99.7
2.6-2.68	6.443	1.219	1.54	51173	7960	7943	0.643	1.327	99.8
2.68-2.77	6.632	0.962	2	51143	7724	7711	0.745	1.044	99.8
2.77-2.87	7.075	0.713	2.81	52661	7457	7443	0.85	0.77	99.8
2.87-2.98	7.049	0.551	3.57	50527	7180	7168	0.903	0.595	99.8
2.98-3.1	7	0.388	4.94	48692	6966	6956	0.947	0.42	99.9
3.1-3.24	6.951	0.287	6.54	46089	6640	6631	0.968	0.311	99.9
3.24-3.39	6.716	0.209	8.49	42999	6411	6402	0.982	0.227	99.9
3.39-3.58	6.47	0.152	11.02	39201	6068	6059	0.99	0.166	99.9
3.58-3.79	6.814	0.124	13.74	39071	5740	5734	0.993	0.134	99.9
3.79-4.06	7.043	0.09	18.3	38271	5437	5434	0.996	0.097	99.9
4.06-4.38	6.923	0.071	22.09	34922	5046	5044	0.997	0.077	100
4.38-4.8	6.712	0.056	26.63	31398	4680	4678	0.998	0.061	100
4.8-5.37	6.242	0.055	25.84	26453	4238	4238	0.998	0.06	100
5.37-6.2	6.822	0.059	26.14	25795	3782	3781	0.998	0.063	100
6.2-7.59	6.831	0.048	30.62	21921	3210	3209	0.998	0.052	100
7.59-10.73	6.18	0.032	41.9	15611	2530	2526	0.999	0.035	99.8
10.73-67.93	6.373	0.027	51.45	9304	1474	1460	0.999	0.029	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.4→67.93 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	5813	4.95 %
R_work	0.2073	111649	-
obs	0.2091	117462	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 196.41 Å² / B_iso mean: 78.208 Å² / B_iso min: 40.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→67.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17458	0	226	332	18016
B_iso mean	-	-	70.84	63.34	-
残基数	-	-	-	-	2207

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3658	180	0.3624	3663	3843	100
2.43-2.46	0.3914	191	0.3662	3707	3898	100
2.46-2.49	0.4071	183	0.352	3664	3847	100
2.49-2.52	0.384	205	0.3508	3657	3862	100
2.52-2.55	0.3284	192	0.3341	3688	3880	100
2.55-2.59	0.3684	209	0.3209	3678	3887	100
2.59-2.62	0.3698	189	0.3027	3693	3882	100
2.62-2.66	0.3612	200	0.3105	3633	3833	100
2.66-2.7	0.3444	202	0.2993	3701	3903	100
2.7-2.75	0.3393	200	0.2913	3661	3861	100
2.75-2.79	0.3149	195	0.278	3678	3873	100
2.79-2.85	0.3204	176	0.2678	3744	3920	100
2.85-2.9	0.2753	201	0.2686	3691	3892	100
2.9-2.96	0.3046	202	0.2655	3657	3859	100
2.96-3.02	0.2802	180	0.256	3719	3899	100
3.02-3.09	0.269	197	0.2449	3718	3915	100
3.09-3.17	0.2687	181	0.2443	3706	3887	100
3.17-3.26	0.2846	169	0.2417	3726	3895	100
3.26-3.35	0.3043	191	0.2339	3728	3919	100
3.35-3.46	0.2747	182	0.2202	3717	3899	100
3.46-3.58	0.2511	190	0.2147	3728	3918	100
3.58-3.73	0.2742	192	0.2177	3725	3917	100
3.73-3.9	0.2111	205	0.1932	3754	3959	100
3.9-4.1	0.2162	198	0.18	3710	3908	100
4.1-4.36	0.1984	218	0.1722	3743	3961	100
4.36-4.7	0.1896	181	0.1548	3778	3959	100
4.7-5.17	0.1997	197	0.1623	3773	3970	100
5.17-5.92	0.2401	194	0.1842	3805	3999	100
5.92-7.45	0.2205	217	0.192	3823	4040	100
7.45-67.93	0.1918	196	0.155	3981	4177	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5564	-0.0098	-0.1091	4.4542	0.4571	2.9617	-0.0367	0.106	0.1853	-0.3861	0.2556	-0.3449	-0.6857	0.2585	-0.2302	0.6942	-0.0822	0.1049	0.5954	-0.1406	0.5477	32.3893	90.7124	50.1229
2	2.8522	-0.6689	-2.4214	4.3283	-0.6191	2.7495	0.0733	-0.2205	0.0399	0.3732	-0.1347	0.1667	0.0865	0.253	0.0667	0.6091	0.0492	-0.0436	0.5582	-0.1454	0.5265	30.2532	75.3638	58.4683
3	1.9949	0.4275	0.3173	3.9345	0.394	5.4169	0.117	-0.0204	0.1332	0.2346	-0.0441	0.3658	-0.2933	-0.2991	-0.0634	0.492	0.0743	0.0529	0.4558	-0.1153	0.5591	17.3742	85.8549	66.2153
4	0.7197	-0.7501	0.0298	6.2697	1.0561	2.4598	-0.0714	-0.0996	0.0925	0.8231	0.1599	0.3543	-0.0379	-0.0446	-0.0927	0.546	0.0234	0.1275	0.6317	-0.1099	0.6141	19.3014	84.6858	72.6936
5	2.4575	0.3788	1.1236	5.3162	3.3622	2.5774	-0.0487	-0.3301	-0.1303	0.8043	0.307	-0.2222	0.7239	0.6215	-0.2429	0.595	0.0989	-0.0058	0.5328	-0.0768	0.6552	32.6606	63.4275	61.1755
6	6.5017	-2.563	-2.1503	9.2993	0.8567	5.303	0.3479	0.2904	0.6755	-0.264	-0.1806	0.4475	-0.887	-0.2072	-0.1352	0.5085	0.0179	-0.0309	0.4528	0.0051	0.5125	16.0747	70.7066	18.6265
7	2.1053	-0.1287	0.0763	2.3388	1.2831	3.7528	0.0426	0.0542	0.1189	0.0087	-0.0604	0.1105	-0.2081	0.038	0.0159	0.3784	0.0087	0.0125	0.4356	-0.0902	0.4425	20.3913	56.6829	24.7801
8	5.7801	-2.7861	1.718	4.8421	-0.7801	3.5639	-0.1591	-0.2176	-0.0825	0.1429	-0.0614	0.7369	-0.1955	-1.2961	0.2387	0.5841	0.0658	0.0542	0.8446	-0.2026	0.616	5.9465	61.0436	41.9664
9	0.8867	-1.6437	-1.0655	5.1992	2.8586	5.2431	-0.1162	-0.1653	-0.0647	0.6859	0.1038	0.0717	0.57	0.4505	-0.0183	0.4445	-0.0537	-0.0121	0.5527	-0.0616	0.5291	21.1887	42.135	31.045
10	1.4645	-0.3793	-0.0658	2.9221	0.3745	1.8232	-0.0484	0.186	0.0938	-0.2894	0.1431	-0.072	-0.1648	0.1393	-0.0921	0.4648	-0.0697	0.0325	0.552	-0.0541	0.4787	20.2038	33.6699	-12.086
11	1.3797	-0.7135	-0.1158	1.6879	1.0613	2.0085	-0.0218	0.0177	-0.0256	0.0988	-0.0688	0.1396	0.0127	-0.2099	0.0845	0.4034	-0.0603	0.0448	0.4699	-0.034	0.4413	7.9389	26.5343	3.1147
12	4.8246	-2.3088	0.3128	6.9995	0.0052	2.7089	-0.1355	0.7539	0.1163	-0.7214	0.2584	-0.0216	-0.0866	-0.0724	-0.1358	0.5916	-0.1205	0.0727	0.8612	-0.0675	0.406	17.345	10.3658	-44.1764
13	2.1953	0.2979	0.0775	1.9753	0.2575	2.3242	-0.0253	0.3881	-0.1833	-0.3172	0.1625	-0.3003	0.2625	0.1708	-0.1302	0.6384	-0.0137	0.0677	0.7687	-0.2274	0.5636	22.9159	-1.6716	-34.4079
14	2.3621	-2.7013	-2.693	7.1485	1.8093	3.4783	0.2404	0.7772	-0.7641	-0.5388	-0.4127	0.957	0.2205	-0.6729	0.1128	0.7468	-0.0839	0.0124	0.8966	-0.2228	0.7473	0.7927	-5.2938	-25.911
15	2.9307	-0.3929	-0.3609	2.1479	0.1342	2.6879	-0.086	0.2929	-0.218	-0.1341	0.1086	0.136	0.2638	-0.3202	-0.004	0.583	-0.1139	0.0273	0.5679	-0.1454	0.4906	8.8472	-1.11	-21.0237
16	4.8765	0.313	-3.4243	2.568	-0.3494	5.375	-0.1594	0.0499	-0.8439	0.0161	0.0359	-0.2388	0.4905	0.6278	0.0211	0.8124	0.1699	-0.061	0.7427	-0.3002	0.9067	30.5362	-16.5261	-24.8268
17	2.8413	-0.4633	-0.3908	2.77	0.8261	3.1797	0.0998	-0.3487	0.1247	0.6341	0.3064	-0.1284	-0.1336	0.651	-0.4023	0.9805	-0.1092	-0.0374	0.8398	-0.2396	0.7319	28.1155	94.1947	81.1456
18	0.0019	-0.1169	-0.358	6.0705	6.4974	7.2559	-0.0122	0.0294	-0.0989	0.5976	0.6658	-0.7108	0.7546	0.881	-0.7484	0.5838	0.1096	-0.0031	0.9208	-0.2365	0.8	43.1555	28.7673	3.7767
19	3.8668	0.803	-1.6345	5.7372	0.496	4.6996	-0.4851	0.6569	-0.5311	-0.3762	0.329	0.177	1.4318	-0.3674	0.1575	1.1595	-0.1885	0.1382	0.782	-0.1748	0.7022	6.6158	56.0564	69.1607
20	8.2806	1.4155	3.3207	4.6569	-2.0531	6.1281	0.0817	-1.0575	-0.2077	0.3664	-0.358	-0.7096	0.0398	1.5124	0.2434	0.8023	0.0981	-0.0475	1.0943	0.014	0.8279	16.4905	65.6871	102.1319
21	3.7371	1.0354	2.127	3.6832	-1.0284	5.3683	0.0268	-0.4339	-0.7085	0.5586	-0.1356	-0.6468	0.857	1.2329	0.1434	1.118	0.3538	0.0696	0.996	0.1587	0.9248	11.6365	53.6188	104.9138
22	3.1316	1.1648	-1.4397	2.9998	-0.3151	3.5805	-0.3884	0.0963	-0.6822	0.461	0.2007	-0.2014	1.0083	0.0425	0.1621	1.1634	0.0149	0.1525	0.5856	0.0299	0.8202	-2.2553	51.4045	98.8057
23	3.0892	-0.0514	-2.0673	0.7978	0.3468	4.9187	-0.3984	0.1057	-0.5324	-0.0709	0.2107	-0.1173	0.9199	-0.1208	0.1327	0.9586	-0.0869	0.0365	0.5282	-0.0036	0.6381	1.1207	59.6618	87.015
24	5.6255	-3.0039	-3.6834	3.484	0.7495	6.9167	-0.204	0.8831	0.1381	-0.158	0.446	0.5763	-0.7273	-0.6275	-0.2232	0.8221	-0.1403	-0.0017	0.8685	0.0048	0.8167	-8.0961	64.5813	78.6637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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