PDB-5s4x: Tubulin-Z2856434917-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s4x

タイトル

Tubulin-Z2856434917-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s4x.cif.gz	912.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s4x.ent.gz	753 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4x	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5w-d 5xiw-d 5s5d-d 5gon-d 6qqn-d 6jcj-d 7dad-d 5s4v-d 5s4y-d 7ce8-d 5s4l-d 5s5u-d 7dae-d 5s67-d 5s4r-d 6bry-d 6knz-d 5ng1-d 4o4i-d 5s5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.110, 159.220, 180.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 173分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-JHD / 1-(3,4-dimethoxyphenyl)methanamine / 3,4-ジメトキシベンジルアミン分子量: 167.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.53→72.84 Å / Num. obs: 100799 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.729 % / B_iso Wilson estimate: 80.676 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 1.042 / Net I/σ(I): 13.52 / Num. measured all: 678312 / Scaling rejects: 281

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.53-2.6	6.772	2.466	0.78	50295	7430	7427	0.32	2.672	100
2.6-2.67	6.434	1.997	0.95	46621	7261	7246	0.387	2.174	99.8
2.67-2.74	6.624	1.574	1.27	46709	7058	7051	0.498	1.709	99.9
2.74-2.83	6.897	1.195	1.73	47231	6853	6848	0.653	1.292	99.9
2.83-2.92	7.059	0.833	2.52	46795	6637	6629	0.795	0.899	99.9
2.92-3.02	7.015	0.591	3.49	45122	6437	6432	0.88	0.638	99.9
3.02-3.14	6.978	0.407	4.9	43244	6202	6197	0.941	0.44	99.9
3.14-3.27	6.904	0.292	6.65	41396	5999	5996	0.968	0.316	99.9
3.27-3.41	6.643	0.21	8.71	38145	5749	5742	0.983	0.228	99.9
3.41-3.58	6.471	0.161	11.24	35418	5477	5473	0.989	0.175	99.9
3.58-3.77	6.61	0.126	13.57	30313	5265	4586	0.993	0.137	87.1
3.77-4	6.787	0.092	18.79	33580	4984	4948	0.996	0.1	99.3
4-4.28	6.931	0.062	25.67	32285	4659	4658	0.998	0.067	100
4.28-4.62	6.798	0.047	31.41	29712	4375	4371	0.999	0.051	99.9
4.62-5.06	6.307	0.042	33.91	25463	4039	4037	0.999	0.046	100
5.06-5.66	6.442	0.043	33.56	23636	3671	3669	0.999	0.047	99.9
5.66-6.53	6.961	0.043	35.98	22727	3265	3265	0.999	0.046	100
6.53-8	6.677	0.034	43.83	18601	2786	2786	0.999	0.037	100
8-11.31	5.968	0.025	54.15	12981	2180	2175	0.999	0.028	99.8
11.31-72.84	6.364	0.023	62.37	8038	1280	1263	1	0.025	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.53→72.84 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	5074	5.03 %
R_work	0.2019	95713	-
obs	0.204	100787	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 285.71 Å² / B_iso mean: 96.4906 Å² / B_iso min: 48.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.53→72.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17335	0	247	155	17737
B_iso mean	-	-	95.01	76.01	-
残基数	-	-	-	-	2191

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.53-2.56	0.4086	168	0.369	3215	3383	100
2.56-2.59	0.3829	167	0.3572	3139	3306	100
2.59-2.62	0.3757	148	0.34	3209	3357	100
2.62-2.65	0.3619	169	0.3327	3171	3340	100
2.65-2.69	0.3395	161	0.3261	3209	3370	100
2.69-2.73	0.3733	175	0.3247	3146	3321	100
2.73-2.76	0.3581	153	0.3092	3203	3356	100
2.76-2.81	0.3383	178	0.3027	3160	3338	100
2.81-2.85	0.3177	165	0.3001	3184	3349	100
2.85-2.9	0.3171	189	0.2971	3172	3361	100
2.9-2.95	0.3614	165	0.3045	3179	3344	100
2.95-3	0.3555	195	0.2888	3164	3359	100
3-3.06	0.3595	191	0.2691	3140	3331	100
3.06-3.12	0.3188	156	0.2559	3231	3387	100
3.12-3.19	0.2906	174	0.2468	3195	3369	100
3.19-3.26	0.256	167	0.2438	3186	3353	100
3.26-3.34	0.2909	162	0.2362	3207	3369	100
3.34-3.43	0.2814	164	0.2344	3189	3353	100
3.43-3.53	0.2501	201	0.2255	3179	3380	100
3.53-3.65	0.265	175	0.2266	3219	3394	100
3.65-3.78	0.2782	146	0.2118	2559	2705	80
3.78-3.93	0.2354	148	0.2028	3183	3331	99
3.93-4.11	0.2267	167	0.1806	3243	3410	100
4.11-4.33	0.1856	181	0.1757	3215	3396	100
4.33-4.6	0.195	166	0.1542	3227	3393	100
4.6-4.95	0.202	153	0.1495	3273	3426	100
4.95-5.45	0.2141	165	0.1701	3270	3435	100
5.45-6.24	0.2393	170	0.1897	3275	3445	100
6.24-7.86	0.2466	188	0.1855	3306	3494	100
7.86-72.84	0.187	167	0.1541	3465	3632	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1607	0.0141	-0.1291	5.1772	0.9439	3.9326	0	0.0627	0.2704	-0.4579	0.313	-0.5041	-0.8771	0.4491	-0.3177	0.8118	-0.1606	0.1887	0.6888	-0.174	0.6902	32.204	90.4734	50.6581
2	2.1709	2.4235	-0.2962	9.1113	2.8898	4.5448	0.3632	-0.3208	-0.1228	0.9031	0.0236	-0.4598	0.494	0.6897	-0.3423	0.6781	0.054	0.0316	0.6636	-0.1331	0.6026	30.079	75.0309	58.8922
3	2.9903	0.3492	0.9882	4.7781	0.9298	6.7845	0.0071	0.0575	0.0439	0.1821	0.0238	0.3207	-0.1836	-0.2567	-0.0643	0.5613	0.041	0.1098	0.4925	-0.1506	0.5832	17.2804	85.4928	66.8896
4	1.3952	-0.9459	0.088	8.038	2.6369	4.075	-0.1686	-0.2254	0.0639	1.2052	0.1621	0.2399	0.3675	0.1205	-0.0065	0.7565	-0.0419	0.1451	0.6618	-0.1014	0.6458	19.2066	84.2381	73.2713
5	2.3024	1.1068	1.7406	6.3038	3.2258	2.5055	-0.2978	-0.3367	-0.2394	0.9845	0.0612	-0.3447	0.8049	0.4674	0.3002	0.8488	0.1902	-0.0756	0.8082	-0.2195	0.8894	32.4756	63.1037	61.4892
6	7.0497	-2.7611	-1.6892	8.7312	1.5395	6.7438	0.014	0.3818	0.8974	-0.4089	0.0663	0.3691	-1.0697	-0.1565	-0.0474	0.7034	-0.0542	0.0059	0.5164	0.0378	0.6465	15.7013	70.6513	18.7625
7	2.5345	-0.0303	0.1789	3.1859	1.8039	4.7336	0.0198	0.1107	0.0838	-0.2039	0.0119	-0.0697	-0.3545	0.1217	-0.0248	0.5031	-0.0038	0.0146	0.5159	-0.0995	0.5546	19.9649	56.918	25.1563
8	6.5248	-3.5349	2.1305	4.6093	-0.4752	6.4064	-0.2214	-0.2732	-0.0563	0.3959	-0.0483	0.6345	0.0213	-1.2565	0.2437	0.6537	-0.0325	0.1044	0.7095	-0.205	0.6802	6.252	61.1097	42.8505
9	1.8482	-2.0533	-2.2092	6.1112	4.5939	6.4268	-0.2761	-0.2715	-0.2396	1.0492	0.2659	0.0072	1.0377	0.3108	-0.0068	0.5756	-0.0492	-0.0398	0.5499	-0.04	0.6333	20.6582	42.664	31.455
10	2.3928	-0.803	-0.3495	4.4633	0.2145	2.5567	-0.074	0.3022	0.1574	-0.2398	0.0767	-0.0038	-0.1367	0.0812	-0.0014	0.4972	-0.1238	0.0295	0.5829	-0.0508	0.5331	20.0098	33.3988	-12.0949
11	1.6914	-0.559	-0.1006	2.1293	1.0456	2.5492	-0.0845	-0.0248	0.0823	0.1861	-0.0338	0.2361	0.05	-0.2373	0.1149	0.5651	-0.1002	0.0624	0.5389	-0.0622	0.6208	7.7223	26.4023	3.1668
12	7.9339	-3.4924	-0.3538	8.7002	-1.2726	2.0127	0.0335	1.0496	0.2988	-0.6601	0.1128	0.2196	-0.0355	-0.5622	-0.1829	0.8842	-0.2031	0.0941	1.2042	-0.0459	0.5928	17.0405	9.3389	-44.3167
13	2.4252	-0.2942	0.0291	2.3235	0.4358	3.2637	-0.0725	0.5925	-0.2935	-0.4151	0.2037	-0.344	0.2813	0.0045	-0.1154	0.7625	-0.1164	0.1303	0.8318	-0.2703	0.7101	22.7927	-2.1464	-34.1464
14	4.8695	-5.0206	-1.0071	8.322	-0.0664	2.9616	0.2066	0.251	-0.2937	-0.36	0.1715	0.5173	0.2845	-0.4842	-0.4394	0.8817	-0.3013	0.0242	1.0492	-0.1957	0.8245	1.1681	-5.9046	-25.52
15	2.4405	-0.5535	-0.1367	2.8904	0.1831	3.7574	-0.2473	0.345	-0.3149	0.0122	0.2019	0.2203	0.3604	-0.615	0.04	0.7579	-0.1671	0.0647	0.6799	-0.1525	0.647	8.7473	-1.5928	-20.7487
16	4.59	0.5888	-2.0115	3.2333	-1.4844	2.2619	-0.5242	0.067	-1.0792	0.1301	0.0114	-0.1592	0.7118	0.3719	0.3074	1.0788	0.0632	0.0634	0.7796	-0.3505	1.0877	30.7222	-16.8105	-24.114
17	2.9035	0.9908	0.1011	4.0071	-0.3677	4.7215	0.0692	-0.3707	0.126	1.4073	0.0217	-0.1837	-0.6165	0.0652	-0.0898	1.219	-0.1969	-0.0773	1.1025	-0.185	0.9482	28.1365	93.7886	81.731
18	0.2651	-0.1089	-0.5419	4.9686	5.0021	5.2309	-0.1252	-0.1493	0.01	0.8776	0.7312	-0.6067	1.0106	1.1398	-0.6724	0.905	0.1646	0.0192	0.9584	-0.2514	0.9917	43.0623	28.6391	4.0542
19	5.7369	0.125	-1.6874	7.8401	0.03	8.7944	-0.4828	0.6343	-0.6369	-0.5756	0.4398	0.1209	1.6188	-0.2762	0.0265	1.1435	-0.1948	0.202	0.8814	-0.1841	0.8187	6.0932	55.7693	69.6217
20	7.718	-0.4015	4.7175	6.425	-2.7756	4.0426	-0.1851	-0.4358	0.1097	0.5086	0.1393	-1.1096	-0.3098	1.3754	0.0182	0.9917	0.1269	-0.0635	1.1497	-0.0391	0.8501	16.7896	65.0973	102.5899
21	3.5551	-0.4623	1.3392	2.989	-1.6882	6.8657	-0.2377	-0.7368	-0.6881	1.0095	-0.0116	-0.4413	0.7888	1.3266	0.3069	1.5597	0.4416	0.0578	1.1127	0.2354	1.1818	11.3609	53.3283	106.0127
22	2.2598	0.6698	-0.1712	3.9305	-0.8998	2.8298	-0.4301	0.0832	-0.7861	0.4307	0.2789	-0.3211	1.3393	0.0893	0.1147	1.6452	0.1792	0.2882	0.761	0.046	1.1815	-2.7896	51.1546	99.1016
23	4.2988	0.3197	-1.2996	1.6349	2.6971	7.9148	-0.3673	0.2625	-0.9066	0.0915	0.363	-0.0411	1.276	-0.1133	-0.0209	1.1348	0.0349	0.1626	0.6169	0.0331	0.843	1.0234	59.2801	87.6614
24	5.304	-0.1175	1.7027	5.7078	-2.37	2.2219	-0.4267	-0.2656	-0.2434	0.9456	0.4125	-0.3813	2.1354	0.1532	-0.0055	1.1897	-0.0091	0.1152	0.8483	-0.1148	0.8735	-5.0767	60.2446	83.0556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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