PDB-5s5a: Tubulin-Z1449748885-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5a

タイトル

Tubulin-Z1449748885-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5a.cif.gz	911.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5a.ent.gz	754.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5a_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5a_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	5s5a_validation.xml.gz	83.8 KB	表示
CIF形式データ	5s5a_validation.cif.gz	111.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5a	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5k-d 5s56-d 5s5l-d 6lsm-d 6brf-d 5kx5-d 5xkg-d 5xi5-d 5m8g-d 6agk-d 5yl2-d 4i4t-d 5s5x-d 5osk-d 5lyj-d 5yz3-d 5ylj-d 4tv8-d 4yj2-d 5s5f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.590, 158.160, 179.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 345分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-WZY / N-(4-methoxyphenyl)glycinamide 分子量: 180.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→63.08 Å / Num. obs: 124084 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.772 % / B_iso Wilson estimate: 67.551 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.041 / Net I/σ(I): 14.44 / Num. measured all: 840243 / Scaling rejects: 467

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.35-2.41	7.027	2.276	0.85	63732	9090	9069	0.398	2.458	99.8
2.41-2.48	6.95	1.764	1.11	61503	8874	8849	0.496	1.907	99.7
2.48-2.55	6.843	1.432	1.35	58990	8639	8621	0.604	1.549	99.8
2.55-2.63	6.664	1.061	1.81	55843	8397	8380	0.708	1.151	99.8
2.63-2.71	6.518	0.875	2.2	52744	8101	8092	0.754	0.951	99.9
2.71-2.81	6.71	0.65	2.94	52902	7895	7884	0.853	0.705	99.9
2.81-2.91	7.073	0.469	4.13	53846	7618	7613	0.925	0.506	99.9
2.91-3.03	7.011	0.338	5.64	51230	7309	7307	0.955	0.365	100
3.03-3.17	6.966	0.235	7.86	49175	7065	7059	0.979	0.254	99.9
3.17-3.32	6.84	0.171	10.52	45939	6724	6716	0.988	0.185	99.9
3.32-3.5	6.423	0.122	13.82	41171	6412	6410	0.993	0.133	100
3.5-3.72	6.535	0.099	17.32	39380	6081	6026	0.995	0.108	99.1
3.72-3.97	7.026	0.068	24.59	40113	5713	5709	0.998	0.073	99.9
3.97-4.29	6.905	0.05	31.9	37012	5360	5360	0.999	0.054	100
4.29-4.7	6.729	0.037	39.3	33105	4923	4920	0.999	0.04	99.9
4.7-5.25	6.241	0.034	40.51	28034	4496	4492	0.999	0.038	99.9
5.25-6.07	6.674	0.037	40.63	26489	3970	3969	0.999	0.04	100
6.07-7.43	6.785	0.032	46.91	23075	3401	3401	0.999	0.034	100
7.43-10.51	6.109	0.02	66.36	16306	2674	2669	1	0.021	99.8
10.51-63.08	6.277	0.016	84.39	9654	1549	1538	1	0.017	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.35→63.08 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2372	6344	5.11 %
R_work	0.2055	117727	-
obs	0.2072	124071	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 222.39 Å² / B_iso mean: 79.0698 Å² / B_iso min: 41.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→63.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17485	0	276	326	18087
B_iso mean	-	-	72.17	63.58	-
残基数	-	-	-	-	2212

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.3918	233	0.3588	3881	4114	100
2.38-2.4	0.3621	200	0.3484	3832	4032	100
2.4-2.43	0.3387	190	0.3308	3940	4130	100
2.43-2.46	0.3379	192	0.319	3877	4069	100
2.46-2.5	0.3623	221	0.3211	3874	4095	100
2.5-2.53	0.3618	200	0.3256	3887	4087	100
2.53-2.57	0.3345	222	0.2994	3848	4070	100
2.57-2.61	0.2858	221	0.2832	3896	4117	100
2.61-2.65	0.3597	200	0.2898	3885	4085	100
2.65-2.69	0.347	191	0.2928	3934	4125	100
2.69-2.74	0.3176	227	0.2879	3859	4086	100
2.74-2.79	0.343	207	0.2797	3897	4104	100
2.79-2.84	0.3334	219	0.2776	3914	4133	100
2.84-2.9	0.3	203	0.2649	3890	4093	100
2.9-2.96	0.3334	199	0.2734	3917	4116	100
2.96-3.03	0.3011	204	0.2526	3924	4128	100
3.03-3.11	0.2662	207	0.2395	3924	4131	100
3.11-3.19	0.2604	191	0.2301	3902	4093	100
3.19-3.28	0.2703	218	0.2272	3944	4162	100
3.28-3.39	0.2444	199	0.2282	3920	4119	100
3.39-3.51	0.2572	205	0.2189	3938	4143	100
3.51-3.65	0.2689	227	0.2283	3885	4112	99
3.65-3.82	0.2482	217	0.215	3887	4104	99
3.82-4.02	0.2221	218	0.1844	3964	4182	100
4.02-4.27	0.2076	237	0.1713	3912	4149	100
4.27-4.6	0.1834	203	0.1549	3997	4200	100
4.6-5.06	0.1716	211	0.1461	3974	4185	100
5.06-5.79	0.2258	204	0.1805	4017	4221	100
5.79-7.3	0.229	240	0.1893	4017	4257	100
7.3-63.08	0.1669	238	0.1546	4191	4429	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3185	-0.3052	-0.089	5.1026	1.0469	3.0255	-0.0518	0.1777	0.232	-0.4857	0.2284	-0.2641	-0.7839	0.2279	-0.1852	0.663	-0.1275	0.1031	0.541	-0.0907	0.437	32.0175	89.8986	50.4732
2	4.6467	0.3796	-3.5864	7.7645	-1.3046	3.2283	0.2599	-0.3548	0.0608	0.503	-0.2479	-0.2152	0.1381	0.2957	0.0211	0.4308	0.0274	-0.0285	0.374	-0.0936	0.3281	30.079	74.4963	58.8284
3	2.8741	0.5703	0.1245	3.9763	0.3483	5.6283	0.1092	0.0432	-0.0053	0.2345	-0.1085	0.4278	-0.206	-0.2793	-0.0083	0.4644	0.0281	0.0705	0.407	-0.116	0.4499	17.0323	84.7863	66.5718
4	1.0888	-1.1499	0.1107	6.6729	1.5431	2.5184	-0.1144	-0.2736	0.0893	0.8786	0.0854	0.4781	-0.0877	-0.1052	0.0002	0.6158	-0.0513	0.1482	0.5523	-0.102	0.5241	18.958	83.5735	72.9725
5	2.6634	1.2672	0.5708	6.0197	3.9378	2.8218	-0.0185	-0.4215	-0.1235	0.8604	0.2636	-0.2879	0.9596	0.8809	-0.2315	0.6027	0.1467	-0.0586	0.5346	-0.0982	0.5845	32.5828	62.5324	61.4965
6	6.8159	-1.9774	-1.644	6.8061	0.7538	6.4042	0.0313	0.2517	0.8932	-0.2055	-0.1745	0.4029	-1.0952	-0.2289	0.1753	0.562	-0.0282	-0.0532	0.4808	0.003	0.5166	16.1715	70.1039	18.8383
7	2.7394	0.3873	0.2802	2.3635	1.2373	3.3367	0.0184	0.0943	0.0693	-0.0781	-0.0457	0.0482	-0.243	-0.0063	0.0456	0.3984	0.0066	0.0044	0.4495	-0.0844	0.3873	20.3097	56.2377	25.1129
8	6.2946	-3.1437	1.634	5.2478	-0.8955	3.5386	-0.1606	-0.1229	-0.1435	0.2177	-0.0628	0.7356	0.0032	-1.1044	0.1946	0.5369	-0.0256	0.087	0.7375	-0.2006	0.5477	5.9214	60.5352	42.1576
9	1.2696	-1.1098	-1.1451	4.9243	3.6534	5.7174	-0.0596	-0.2119	-0.241	0.7781	0.117	0.0597	0.9464	0.3902	-0.0446	0.5269	-0.0209	-0.0201	0.4613	-0.0135	0.4903	21.04	40.6006	32.3467
10	1.9767	-0.5591	0.0711	3.4164	0.5008	2.3639	-0.0573	0.1324	0.0433	-0.2375	0.1275	0.0095	-0.1217	0.1135	-0.0664	0.3824	-0.0901	0.0431	0.4614	-0.0522	0.3801	20.2938	32.9653	-12.1114
11	1.4805	-0.7856	0.0439	2.2614	1.0927	2.0091	-0.007	-0.0313	0.003	0.2155	-0.0809	0.1527	0.1103	-0.1775	0.0944	0.4219	-0.0792	0.063	0.4592	-0.0473	0.4384	7.881	26.0156	3.1155
12	6.4582	-2.4198	0.2641	9.12	-0.3893	2.7038	-0.0424	0.8637	0.1356	-0.7405	0.2148	0.0732	-0.0614	-0.251	-0.189	0.55	-0.1081	0.085	0.892	-0.0419	0.4355	17.3658	9.3774	-44.1867
13	2.5983	-0.1063	-0.3782	1.6975	-0.3479	2.7845	-0.0145	0.4185	-0.1819	-0.1623	0.1697	-0.2746	0.2642	0.1893	-0.1341	0.5595	-0.0202	0.0673	0.6861	-0.2333	0.5515	22.9205	-2.5047	-34.307
14	1.6649	-0.7015	-2.6778	7.0369	4.0869	5.7478	-0.0181	0.7978	-0.5705	-0.3995	-0.3215	0.8176	0.0597	-0.5297	0.1809	0.6412	-0.1842	0.0337	0.8129	-0.2004	0.6819	0.6943	-5.904	-25.996
15	2.6888	-0.2145	0.2153	1.5104	-0.3117	3.0521	-0.097	0.1521	-0.316	0.1097	0.1172	0.2128	0.3205	-0.4322	-0.0341	0.6782	-0.1375	0.0716	0.579	-0.1431	0.6007	8.7623	-1.8047	-20.9267
16	4.937	-0.1315	-2.7323	2.9321	-0.3825	3.0531	-0.3425	0.2074	-0.7307	0.2719	0.0882	-0.1611	0.8956	0.27	0.1487	0.9204	0.1396	0.0088	0.6678	-0.2568	0.8845	30.5299	-17.3188	-24.4684
17	4.9329	-2.958	0.172	5.4709	2.7521	2.5051	0.1201	-0.4374	0.5942	0.8382	-0.0185	-0.6951	0.2663	-0.1043	-0.108	0.8881	-0.1977	0.0035	0.6274	-0.1028	0.6469	27.6812	93.3887	81.3677
18	-0.1945	-0.1896	-0.4226	4.2775	4.3767	4.944	-0.1621	0.0252	-0.0894	0.5095	0.8185	-0.573	0.7968	1.1535	-0.8816	0.68	0.1235	-0.0013	0.9972	-0.3343	0.888	43.169	28.1103	3.8977
19	4.0956	1.2466	-0.7212	5.3187	1.2343	6.0344	-0.6911	0.8844	-0.592	-0.4347	0.6144	-0.094	1.2746	-0.2462	-0.0138	1.2656	-0.3484	0.2139	0.9365	-0.1944	0.7142	6.4953	54.8348	69.6808
20	5.8849	0.3811	4.0556	6.5086	-1.95	3.6719	-0.1978	-0.3654	0.1632	0.6589	-0.0559	-1.1066	-0.3156	1.3874	0.2284	0.9484	0.0389	-0.1242	1.0794	-0.0268	0.7853	16.8662	64.5259	102.5578
21	5.609	0.3386	3.5214	4.307	-1.5405	6.283	0.0267	-0.0942	-0.6442	0.8628	-0.0843	-0.6981	1.044	1.2639	0.0318	1.2729	0.3498	0.0217	0.83	0.0811	0.9217	12.168	52.3558	105.3827
22	2.9578	1.3649	-0.3296	3.6766	-0.9339	3.4991	-0.1681	-0.0662	-0.6519	0.7424	0.2307	-0.082	0.9662	0.0489	-0.0572	1.3058	0.1036	0.1901	0.5616	-0.0046	0.8506	-1.8	50.012	99.5287
23	3.8306	0.3385	-0.6363	1.7249	0.934	6.8765	-0.3391	0.1737	-0.6863	0.004	0.3661	0.0825	0.8777	-0.1655	-0.0947	0.9331	-0.0724	0.0978	0.5213	0.002	0.6964	1.2687	58.3667	87.6738
24	8.4163	-4.8596	-4.2594	3.9692	0.18	8.8703	-0.1706	0.8344	0.2237	0.0331	0.5828	0.8546	0.1297	-0.6182	-0.3449	0.6092	-0.2147	0.033	0.7248	-0.0322	0.8495	-8.21	63.2683	79.4401

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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