PDB-5s4u: Tubulin-Z30620520-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s4u

タイトル

Tubulin-Z30620520-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s4u.cif.gz	913.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s4u.ent.gz	751.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s4u_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s4u_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5s4u_validation.xml.gz	83.7 KB	表示
CIF形式データ	5s4u_validation.cif.gz	111.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4u	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y4n-d 5s5n-d 5xaf-d 5s5p-d 6gj4-d 5s4o-d 7jfr-d 5s5f-d 5mf4-d 5s63-d 5s5s-d 6qtn-d 5s5g-d 6fjm-d 5s50-d 5s52-d 5s5y-d 5s56-d 5z4p-d 5s5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.880, 158.880, 178.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 328分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-GX4 / cyclopropyl-[4-(4-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone 分子量: 248.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇FN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.39→62.56 Å / Num. obs: 118423 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.767 % / B_iso Wilson estimate: 68.307 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 10.64 / Num. measured all: 801335 / Scaling rejects: 274

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.39-2.45	6.999	2.422	0.79	60490	8669	8643	0.372	2.617	99.7
2.45-2.52	6.908	1.821	1.07	58335	8475	8445	0.489	1.969	99.6
2.52-2.59	6.792	1.477	1.34	55814	8236	8218	0.587	1.6	99.8
2.59-2.67	6.457	1.175	1.65	51550	8006	7983	0.665	1.277	99.7
2.67-2.76	6.605	0.926	2.13	51382	7792	7779	0.756	1.006	99.8
2.76-2.86	7.019	0.697	2.93	52401	7480	7466	0.871	0.753	99.8
2.86-2.96	7.068	0.53	3.78	51565	7301	7296	0.919	0.572	99.9
2.96-3.09	6.991	0.368	5.31	48867	6998	6990	0.956	0.397	99.9
3.09-3.22	6.948	0.267	7.02	46425	6696	6682	0.974	0.289	99.8
3.22-3.38	6.744	0.195	9.02	43541	6468	6456	0.986	0.212	99.8
3.38-3.56	6.433	0.141	11.52	39156	6093	6087	0.992	0.154	99.9
3.56-3.78	6.602	0.121	13.78	38168	5809	5781	0.994	0.131	99.5
3.78-4.04	7.01	0.085	18.96	38316	5475	5466	0.997	0.092	99.8
4.04-4.36	6.853	0.065	23.19	34971	5111	5103	0.997	0.07	99.8
4.36-4.78	6.644	0.051	27.68	31261	4711	4705	0.998	0.056	99.9
4.78-5.34	6.201	0.05	27.22	26436	4269	4263	0.998	0.055	99.9
5.34-6.17	6.739	0.053	27.69	25722	3819	3817	0.998	0.057	99.9
6.17-7.56	6.796	0.044	32.66	21943	3232	3229	0.999	0.048	99.9
7.56-10.69	6.16	0.031	42.63	15676	2554	2545	0.999	0.034	99.6
10.69-62.56	6.342	0.027	50.45	9316	1485	1469	0.999	0.03	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.39→62.56 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	5848	4.94 %
R_work	0.2106	112562	-
obs	0.2126	118410	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 198.09 Å² / B_iso mean: 80.4942 Å² / B_iso min: 42.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.39→62.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17453	0	207	312	17972
B_iso mean	-	-	73.89	64.93	-
残基数	-	-	-	-	2206

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.39-2.42	0.4109	166	0.3947	3756	3922	100
2.42-2.45	0.4276	193	0.3765	3696	3889	100
2.45-2.48	0.386	187	0.3509	3683	3870	100
2.48-2.51	0.3814	192	0.3588	3718	3910	99
2.51-2.54	0.4006	197	0.3389	3692	3889	100
2.54-2.57	0.3845	195	0.3271	3722	3917	100
2.57-2.61	0.3558	206	0.3133	3704	3910	100
2.61-2.65	0.3405	187	0.3009	3702	3889	100
2.65-2.69	0.2969	197	0.2898	3754	3951	100
2.69-2.74	0.33	208	0.2897	3660	3868	100
2.74-2.78	0.3471	202	0.2855	3740	3942	100
2.78-2.83	0.3063	201	0.2787	3733	3934	100
2.83-2.89	0.3055	209	0.2782	3704	3913	100
2.89-2.95	0.2981	199	0.2765	3703	3902	100
2.95-3.01	0.3084	176	0.2556	3764	3940	100
3.01-3.08	0.342	171	0.2575	3765	3936	100
3.08-3.16	0.2608	171	0.2371	3730	3901	100
3.16-3.24	0.2902	213	0.2422	3757	3970	100
3.24-3.34	0.292	208	0.2412	3707	3915	100
3.34-3.45	0.2933	221	0.227	3728	3949	100
3.45-3.57	0.2563	189	0.2256	3744	3933	100
3.57-3.71	0.2654	221	0.242	3723	3944	99
3.71-3.88	0.2607	169	0.1957	3800	3969	100
3.88-4.09	0.2321	174	0.1887	3788	3962	100
4.09-4.34	0.2187	196	0.1736	3781	3977	100
4.34-4.68	0.1959	186	0.1566	3802	3988	100
4.68-5.15	0.1961	200	0.1602	3801	4001	100
5.15-5.89	0.2328	195	0.1859	3833	4028	100
5.89-7.42	0.2209	217	0.189	3855	4072	100
7.42-62.56	0.1868	202	0.1575	4017	4219	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8958	-0.1033	-0.0985	5.265	0.4897	3.1581	-0.0822	0.1486	0.2271	-0.4683	0.2588	-0.3355	-0.7012	0.172	-0.2004	0.595	-0.0857	0.087	0.6269	-0.1242	0.5537	32.1634	90.2001	50.3155
2	2.5236	-0.5213	-2.0269	5.1394	-0.4189	3.2083	0.1755	-0.4521	-0.0208	0.5654	-0.1859	-0.2239	0.2316	0.2705	0.0418	0.5525	0.065	-0.043	0.6153	-0.1387	0.5757	30.2335	74.7826	58.6227
3	2.6037	0.2574	0.3797	4.2591	0.5582	5.8498	0.0792	-0.0032	0.0815	0.331	0.0154	0.337	-0.1711	-0.2962	-0.0909	0.4785	0.0588	0.0618	0.4335	-0.1071	0.5037	17.2745	85.1223	66.4648
4	0.9203	-0.2438	0.2385	6.2611	1.1142	2.0907	-0.0941	-0.1507	0.1692	0.9846	0.1874	0.2585	-0.0846	-0.0619	-0.1084	0.6149	0.0244	0.1261	0.6522	-0.1014	0.5465	19.2243	83.9408	72.8855
5	2.359	1.022	1.7379	5.4287	3.0394	2.6051	-0.1474	-0.3552	0.0111	0.8089	0.2507	-0.2604	0.6747	0.3417	-0.0752	0.5757	0.1446	-0.056	0.5686	-0.1105	0.65	32.7801	62.8668	61.2652
6	6.4514	-2.2541	-1.4629	9.338	0.913	4.7472	0.2359	0.182	0.6261	-0.5205	-0.2154	0.3449	-0.9783	-0.2167	0.0072	0.627	0.0452	-0.0041	0.5281	-0.0147	0.4956	15.9224	70.3246	18.8374
7	2.2923	-0.088	0.0858	2.5279	1.2647	3.9954	0.0979	-0.0255	0.116	-0.0539	-0.0482	-0.0341	-0.2858	0.0329	-0.0484	0.4024	0.0183	0.012	0.5013	-0.0947	0.4711	20.2683	56.4886	25.1533
8	6.0198	-2.9529	1.6976	5.075	-0.7833	3.6312	-0.1782	-0.0435	0.0251	0.3066	-0.0388	0.6244	-0.2429	-1.1908	0.1963	0.5478	0.0383	0.0973	0.795	-0.1514	0.58	5.8509	60.471	42.2057
9	1.6044	-1.596	-0.785	4.0633	2.6485	5.4911	-0.0261	-0.3372	-0.0648	0.5651	0.1925	0.0014	0.7438	0.3575	-0.1525	0.4674	-0.0595	-0.0205	0.5738	-0.0474	0.5214	21.1021	42.3309	31.3739
10	1.7633	-0.8156	-0.0097	3.3041	-0.003	1.8685	-0.0196	0.2349	0.0682	-0.2175	0.0754	-0.0375	-0.1839	0.0475	-0.0493	0.4809	-0.0892	0.0318	0.6034	-0.0609	0.48	20.3197	33.2346	-12.0266
11	1.9618	-0.9269	0.019	2.1237	0.9398	2.0825	-0.0166	-0.038	0.0602	0.0853	-0.041	0.088	-0.0241	-0.2095	0.0495	0.3674	-0.0737	0.0471	0.4467	-0.039	0.4124	8.0144	26.1779	3.1631
12	5.5222	-2.5412	0.2493	7.8085	-0.6293	2.0377	-0.1286	0.6533	0.1996	-0.6293	0.1556	0.1805	-0.0075	-0.2995	-0.0438	0.6233	-0.1448	0.0341	0.935	-0.0554	0.4712	17.3494	9.8203	-44.0409
13	2.3288	0.0352	-0.4212	1.6715	-0.2409	2.8663	-0.0573	0.4753	-0.2249	-0.254	0.1466	-0.2378	0.2322	0.1218	-0.0758	0.6032	-0.0721	0.0754	0.7836	-0.2235	0.5878	22.8952	-2.1804	-34.2111
14	3.2679	-2.743	-1.38	6.084	0.3007	1.7453	0.2557	0.4279	-0.5678	-0.446	-0.2595	0.7918	0.4877	-0.6094	0.0121	0.6774	-0.1595	-0.0315	0.9813	-0.2157	0.7627	1.4616	-5.9961	-25.2696
15	2.9401	-0.667	0.1339	1.7847	-0.1825	3.2039	-0.2044	0.2023	-0.1135	0.1488	0.1942	0.1933	0.0981	-0.4214	0.0033	0.6438	-0.127	0.0146	0.6652	-0.1307	0.5661	8.7877	-1.5643	-20.8448
16	6.3339	-0.7168	-4.8768	2.3523	0.3641	6.0998	-0.4801	0.104	-0.698	0.1764	0.3711	-0.1827	1.2586	0.3198	-0.0012	0.8151	0.0591	-0.0169	0.744	-0.267	0.8609	30.4976	-17.0334	-24.5459
17	2.777	-0.9555	0.1405	2.362	1.0217	2.5005	-0.0078	-0.3505	0.1247	0.7067	0.2463	-0.3877	-0.0749	0.2708	-0.2633	1.2121	-0.1587	-0.0497	1.0088	-0.1874	0.904	27.9193	93.6321	81.2661
18	-0.0092	-0.3807	-0.6427	5.7726	6.1814	6.6478	-0.1781	-0.0511	-0.0581	0.6762	0.7349	-0.4707	0.7832	1.1316	-0.6328	0.6533	0.0783	0.012	1.0174	-0.2209	0.8364	43.2015	28.3607	3.9051
19	5.1762	1.2021	-1.6682	6.1748	0.2887	6.5185	-0.6073	0.5046	-0.7127	-0.2094	0.3717	-0.2712	1.4147	-0.4542	0.2151	1.0059	-0.1499	0.1881	0.7949	-0.1441	0.7215	6.7097	55.2992	69.3445
20	7.9741	0.3763	4.5384	5.1769	-2.5989	5.3892	0.0259	-0.5718	0.2043	0.3803	-0.2565	-0.919	-0.418	1.7236	0.1888	0.7561	0.0707	-0.0321	1.161	0.0151	0.7359	16.6591	64.8704	102.3244
21	5.0567	0.3039	3.3771	4.084	-0.8292	5.8926	0.0045	-0.3092	-0.4967	0.5736	-0.2257	-0.9259	0.8836	1.6024	0.1832	1.0482	0.3111	0.0876	1.0573	0.1542	0.8681	11.8679	52.7798	105.0897
22	3.126	0.7051	-1.0174	3.4689	-0.3253	3.1685	-0.4911	0.152	-0.6709	0.4745	0.2977	-0.2817	1.212	0.0528	0.1581	1.2254	0.1184	0.2453	0.6459	0.0063	0.8659	-2.1056	50.5573	99.0166
23	3.4967	-0.0884	-2.1225	0.4544	0.3974	6.9948	-0.2851	0.1016	-0.5575	0.0557	0.2189	-0.054	0.9259	-0.0804	0.0683	0.8878	-0.0023	0.0712	0.5488	-0.0016	0.6694	1.2193	58.8655	87.2307
24	3.9246	-2.4207	-2.6612	3.3112	0.5165	2.6115	0.3354	0.9928	0.2131	-0.0162	0.1607	0.4866	-0.5751	-1.2222	-0.5006	0.712	-0.1724	0.1158	1.174	-0.0876	0.7924	-8.0037	63.751	78.9104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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