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- PDB-5rpd: PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5rpd
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen F12a
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
L-CANAVANINE / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å
データ登録者Lima, G.M.A. / Talibov, V. / Benz, L.S. / Jagudin, E. / Mueller, U.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-06454 スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: FragMAXapp: crystallographic fragment-screening data-analysis and project-management system.
著者: Lima, G.M.A. / Jagudin, E. / Talibov, V.O. / Benz, L.S. / Marullo, C. / Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M.S. / Mueller, U.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2313
ポリマ－28,9591
非ポリマー2722
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.021, 68.021, 102.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1215-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GGB / L-CANAVANINE / L-2-AMINO-4-(GUANIDINOOXY)BUTYRIC ACID / カナバニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 176.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→56.63 Å / Num. obs: 97029 / % possible obs: 78.7 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 97029
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique obsDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1.02-1.0311054105411.117.6
5.57-56.631887887130.199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.02→48.1 Å / SU ML: 0.0552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.8959
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1644 4671 4.81 %
Rwork0.1549 92351 -
obs0.1554 97022 78.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 9.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.02→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 17 355 2395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00452077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8462823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0828313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5041310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.02-1.030.3037300.3071528X-RAY DIFFRACTION13.76
1.03-1.040.2313530.2431040X-RAY DIFFRACTION27.07
1.04-1.050.1951540.20651238X-RAY DIFFRACTION31.85
1.05-1.070.1856640.17871401X-RAY DIFFRACTION36.12
1.07-1.080.165660.17161566X-RAY DIFFRACTION40.06
1.08-1.090.2032800.15851731X-RAY DIFFRACTION44.94
1.09-1.110.18251030.16181914X-RAY DIFFRACTION49.77
1.11-1.130.15351030.15412153X-RAY DIFFRACTION55.04
1.13-1.140.15791110.15172340X-RAY DIFFRACTION60.61
1.14-1.160.14631230.14142627X-RAY DIFFRACTION67.83
1.16-1.180.14091380.1472952X-RAY DIFFRACTION75.77
1.18-1.20.15241550.14243277X-RAY DIFFRACTION83.93
1.2-1.230.16012160.13763643X-RAY DIFFRACTION94.7
1.23-1.250.15841780.1393770X-RAY DIFFRACTION96.58
1.25-1.280.16761990.13763758X-RAY DIFFRACTION96.51
1.28-1.310.16051870.1383766X-RAY DIFFRACTION96.93
1.31-1.340.1592160.1373723X-RAY DIFFRACTION97.09
1.34-1.380.14022200.14033775X-RAY DIFFRACTION97.3
1.38-1.420.16431820.14263835X-RAY DIFFRACTION97.45
1.42-1.470.14981980.14123787X-RAY DIFFRACTION97.89
1.47-1.520.13912170.13693828X-RAY DIFFRACTION98.08
1.52-1.580.1581900.13813862X-RAY DIFFRACTION98.25
1.58-1.650.15481700.14653883X-RAY DIFFRACTION98.4
1.65-1.740.15011980.14883881X-RAY DIFFRACTION98.72
1.74-1.850.15892040.15673907X-RAY DIFFRACTION99.04
1.85-1.990.15882030.15343900X-RAY DIFFRACTION99.13
1.99-2.190.15682100.15363948X-RAY DIFFRACTION99.35
2.19-2.510.18931920.16484010X-RAY DIFFRACTION99.67
2.51-3.160.17962070.1694038X-RAY DIFFRACTION99.91
3.16-48.10.16942040.1674270X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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