PDB-5rg7: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3.14 in unbound state, 277K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5rg7

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3.14 in unbound state, 277K

要素

Kemp Eliminase HG3

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Broom, A. / Rakotoharisoa, R.V. / Thompson, M.C. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Ensemble-based enzyme design can recapitulate the effects of laboratory directed evolution in silico.
著者: Broom, A. / Rakotoharisoa, R.V. / Thompson, M.C. / Zarifi, N. / Nguyen, E. / Mukhametzhanov, N. / Liu, L. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

履歴

登録	2020年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年5月12日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5rg7.cif.gz	387.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5rg7.ent.gz	326.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5rg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5rg7_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5rg7_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	5rg7_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5rg7_validation.cif.gz	43.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/5rg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/5rg7	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002148 (12エントリ) 5rg4 5rg5 5rg6 5rg7 5rg8 5rg9 5rga 5rgb 5rgc 5rgd
タイトル	Crystal structures of HG-series of Kemp Eliminases at Room-temperature
タイプ	undefined
解説	Crystal structure of Kemp eliminase HG3.14 unbound state, 277K

-
関連構造データ

類似構造データ	5rg9-d 6srw-d 6tu6-1 6tu6-2 4bs0-d 5rg6-d 5rgb-d 5rga-d 1w69-1 4psr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kemp Eliminase HG3

B: Kemp Eliminase HG3

ヘテロ分子

69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.310, 79.830, 99.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Kemp Eliminase HG3 分子量: 34565.922 Da / 分子数: 2 変異: V6I, Q37K, Q42M, T44W, K50Q, R81G, G82A, H83G, M84C, Q90H, T105I, A125T, N130G, T142N, N172M, T208M, A234S, T236L, E237M, W267F, T279S, D300N 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.8-2.4 M Ammonium Sulfate, 4mg/mL Protein Concentration, 100mM Sodium Acetate PH範囲: 4.5-5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1158 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→79.83 Å / Num. obs: 103204 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.311 Å² / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 1908579

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.47-1.5	10.4	1.4	52966	5079	0.372	1.237	99.2
3.99-79.95	17.9	43.7	98467	5508	0.014	0.06	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
xia2		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→79.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.148	5255	-
R_work	0.1319	-	-
obs	-	103204	99.73 %

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→79.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4582	0	15	511	5108
B_iso mean	-	-	88.65	37.57	-
残基数	-	-	-	-	600

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.47-1.4867	0.3081	183	0.2934	3181	3364	99
1.4867-1.5042	0.2826	172	0.2566	3232	3404	99
1.5042-1.5226	0.2665	153	0.2389	3212	3365	100
1.5226-1.5418	0.2506	168	0.221	3210	3378	99
1.5418-1.5621	0.1922	190	0.204	3231	3421	100
1.5621-1.5835	0.224	179	0.1938	3202	3381	100
1.5835-1.6061	0.195	171	0.1874	3207	3378	99
1.6061-1.6301	0.1998	189	0.1805	3243	3432	100
1.6301-1.6556	0.2055	178	0.1764	3230	3408	100
1.6556-1.6827	0.188	165	0.1683	3234	3399	100
1.6827-1.7118	0.187	179	0.1664	3213	3392	100
1.7118-1.7429	0.1753	150	0.1655	3292	3442	100
1.7429-1.7764	0.1898	178	0.1665	3219	3397	100
1.7764-1.8127	0.1764	172	0.1448	3274	3446	100
1.8127-1.8521	0.1554	179	0.1345	3199	3378	100
1.8521-1.8952	0.152	186	0.1187	3247	3433	100
1.8952-1.9426	0.1426	167	0.117	3253	3420	100
1.9426-1.9951	0.1379	178	0.1137	3237	3415	100
1.9951-2.0538	0.1415	167	0.1182	3277	3444	100
2.0538-2.1201	0.1424	186	0.117	3276	3462	100
2.1201-2.1959	0.1322	179	0.1103	3229	3408	100
2.1959-2.2838	0.1272	158	0.1159	3301	3459	100
2.2838-2.3878	0.136	173	0.1131	3276	3449	100
2.3878-2.5136	0.1365	178	0.1176	3269	3447	100
2.5136-2.6711	0.1342	167	0.1241	3302	3469	100
2.6711-2.8774	0.1649	194	0.126	3282	3476	100
2.8774-3.1669	0.1356	174	0.1325	3320	3494	100
3.1669-3.6251	0.1378	186	0.123	3325	3511	100
3.6251-4.5671	0.1008	215	0.0999	3326	3541	100
4.5671-62.2262	0.1571	141	0.1388	3562	3703	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8455	0.4773	1.4188	1.4598	0.3922	1.8627	-0.0722	-0.058	0.0462	0.0676	0.0359	0.0229	-0.003	-0.0334	0.0433	0.1476	0.0155	0.0065	0.0803	0.0131	0.1114	9.0931	11.6293	32.5042
2	1.3386	-1.4025	-0.2058	3.1488	0.947	1.4999	0.1091	0.1315	-0.1655	-0.1359	-0.0922	0.1205	0.1518	0.034	0.0333	0.1551	0.02	-0.0118	0.1142	-0.0153	0.1272	14.595	-0.148	16.0628
3	1.2103	-0.6316	-0.1151	2.7824	0.7859	1.8686	0.0968	0.2393	0.0179	-0.2098	-0.0602	-0.121	0.0691	0.2652	-0.0537	0.1279	0.0284	0.0103	0.1916	-0.0071	0.1097	24.0985	2.0929	14.4954
4	1.0681	-0.2696	0.0672	0.943	0.1708	2.2618	0.0734	0.0374	-0.1175	0.0454	-0.03	-0.0008	0.3156	0.2531	-0.0192	0.1573	0.0489	-0.0166	0.1678	-0.0251	0.1358	27.9217	-4.5369	25.5599
5	7.2863	3.1838	-4.406	3.7056	-2.699	4.5143	0.0754	-0.2537	-0.2104	0.1846	-0.0164	-0.1301	0.1836	0.4656	-0.0151	0.1629	0.0643	-0.0384	0.2286	-0.0316	0.1548	34.6439	-5.2629	32.6855
6	1.8118	-0.0931	-0.0838	0.3165	-0.0728	0.7256	-0.0373	-0.1036	-0.029	0.0835	0.0561	-0.019	0.0331	0.0723	-0.0274	0.1741	0.0238	-0.0078	0.1411	-0.0035	0.1375	19.4862	2.1036	38.8183
7	2.5616	0.1555	1.0626	1.3714	0.4083	2.0497	0.0249	-0.1984	-0.0934	0.1142	-0.0145	0.0458	0.0739	-0.1016	-0.0006	0.1708	0.0285	0.0108	0.1469	0.0196	0.1182	3.8192	4.2359	41.47
8	3.0555	0.4506	1.0159	1.5368	-0.0243	1.8137	0.0082	0.0059	-0.1019	0.0115	0.0328	0.0497	0.0019	-0.0197	-0.0434	0.138	0.0108	0.0132	0.0848	-0.0085	0.1502	-11.2501	-10.6553	21.6505
9	1.2118	0.1336	-0.7969	1.3287	-0.3569	1.5024	0.1348	0.1246	0.1397	-0.0319	-0.0232	0.0521	-0.2327	-0.0487	-0.0669	0.157	0.0159	0.0055	0.12	0.014	0.1314	-1.3312	0.2979	8.3869
10	1.5577	0.1413	-0.8679	0.5475	-0.0947	1.3122	0.2019	0.4069	0.2307	-0.0895	-0.0483	0.0559	-0.3369	-0.2674	-0.0844	0.2331	0.0713	0.0175	0.2567	0.0409	0.154	-8.2789	3.9678	-0.5986
11	1.4341	0.1234	-0.0587	0.9964	-0.6254	2.2675	0.1697	0.5492	0.09	-0.0191	-0.1918	0.1515	-0.2475	-0.5007	-0.0781	0.1917	0.0571	-0.005	0.3064	0.0162	0.1619	-16.5715	0.7593	1.9654
12	0.578	1.0413	0.47	2.0732	0.3561	4.369	0.1586	0.5517	0.3279	0.0683	0.135	0.3956	-0.3612	-0.4661	-0.0431	0.2627	0.1684	-0.0434	0.5632	0.0584	0.2274	-26.257	4.5854	0.0292
13	1.7598	-0.2273	0.2822	0.5182	-0.0773	1.6482	0.0036	0.0697	0.0074	-0.0223	-0.0124	0.1015	-0.0429	-0.1965	0.0132	0.1113	0.018	0.0098	0.1178	0.0068	0.1555	-20.6327	-2.0473	20.7371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 45 )	A	4 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 100 )	A	46 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 130 )	A	101 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 181 )	A	131 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )	A	182 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 270 )	A	197 - 270
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 271 through 303 )	A	271 - 303
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 45 )	B	4 - 45
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 46 through 100 )	B	46 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 101 through 149 )	B	101 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 150 through 181 )	B	150 - 181
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 182 through 196 )	B	182 - 196
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 197 through 303 )	B	197 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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