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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qta | ||||||
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タイトル | T. brucei FPPS in complex with CID 2804072 | ||||||
![]() | Farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei / PanDDA / protein-ligand complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Jahnke, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: T. brucei FPPS in complex with CID 2804072 著者: Muenzker, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 747.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 751.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002098 (8エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | X-ray crystallography of TbruFPPS at Novartis, Basel and data collection at SLS beamline X10SA |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PJD / |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 % / Mosaicity: 0.07 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.12 M CsCl 12 % w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.113→56.882 Å / Num. obs: 14308 / % possible obs: 63 % / 冗長度: 17.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.132 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 305761 / Scaling rejects: 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.113→2.368 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 1.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 29797 / Num. unique obs: 2496 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.81 / Rrim(I) all: 2.848 / Rsym value: 1.291 / Net I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 11.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdbid 4ryp 解像度: 2.113→56.882 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.98 Å2 / Biso mean: 58.2199 Å2 / Biso min: 10.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.113→56.882 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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