PDB-5qdc: Crystal structure of BACE complex with BMC019 hydrolyzed

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qdc

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC019 hydrolyzed

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5qdc.ent.gz	388.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qdc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qdc_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qdc_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5qdc_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	5qdc_validation.cif.gz	59.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qdc	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	3ixj-1 6nw3-3 4k8s-1 4dh6-d 6nv9-3 6nw3-1 4k8s-3 4rcf-d 3duy-1 6dmi-d 4di2-3 4k9h-1 3hw1-1 3ru1-d 6od6-2 3vv6-d 2zjk-3 2zjh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.008, 102.635, 100.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND (RESID -2 THROUGH 7 OR RESID 12 THROUGH 385))
2	1	1	(CHAIN B AND (RESID -2 THROUGH 7 OR RESID 12...
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 7 OR RESID 12...

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-E77 / (4S)-4-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-N,N-dimethyl-2-oxo-11,16-dioxa-3-azatricyclo[15.3.1.1~6,10~]docosa-1(21),6(22),7,9,17,19-hexaene-19-carboxamide 分子量: 442.505 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀N₂O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 7.4MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 7.4MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 6-FOLD EXCESS OF BMC019 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO. CRYO-PROTECTANT WAS 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, 25%(V/V)GLYCEROL, 2.0% DMSO, 1MM BMC019.

結晶

マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XIV 7.4MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999957
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→41.525 Å / Num. obs: 93941 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.052

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→41.53 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	4709	5.01 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.172	93941	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8769	0	114	329	9212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.875	12456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.671	5358
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1598

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5234	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5234	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5234	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.2225	165	0.1964	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.237	165	0.1994	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.2169	149	0.1875	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.2172	172	0.188	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.1925	148	0.1873	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2622	0.229	154	0.1809	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2945	0.2098	169	0.1786	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.2202	156	0.1802	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.2054	132	0.185	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2596	169	0.195	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.2126	174	0.1893	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.2113	147	0.1846	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2201	162	0.1868	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5894	0.2003	159	0.1849	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6457	0.1966	159	0.1875	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7073	0.2007	155	0.1931	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.2132	163	0.1891	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.85	0.2089	164	0.1964	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9338	0.2182	160	0.1884	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9338-3.0285	0.2214	163	0.1878	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0285-3.1367	0.2264	149	0.1868	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1367-3.2622	0.2106	165	0.1983	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2622-3.4106	0.219	151	0.1882	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4106-3.5904	0.201	136	0.172	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5904-3.8152	0.1668	153	0.1661	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8152-4.1095	0.1618	144	0.1449	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1095-4.5226	0.1541	170	0.131	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5226-5.176	0.1428	169	0.131	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
5.176-6.5171	0.1939	154	0.1646	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5171-41.5328	0.2409	133	0.1832	2928	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2704	-0.1433	-0.22	0.4333	-0.135	0.3572	-0.2353	-0.3366	0.4219	0.4487	0.0997	-0.2561	-0.4626	0.1265	-0.0007	0.534	-0.0127	-0.0685	0.3714	-0.022	0.408	42.9756	10.0389	25.6817
2	1.0079	-0.1412	0.27	1.1525	-0.5425	1.4243	-0.1412	0.2572	0.2917	-0.0603	-0.007	-0.1106	-0.3365	0.1204	-0.0008	0.5017	-0.0828	-0.0197	0.3422	0.0613	0.3798	43.074	12.6552	12.2365
3	0.7703	-0.0861	-0.3041	1.6647	-0.2812	0.8671	-0.0052	0.1221	-0.0532	-0.0002	0.0558	0.2029	-0.1348	-0.0881	-0.0001	0.352	0.0262	-0.0125	0.3117	-0.0005	0.2721	31.2512	-8.3833	20.4302
4	1.2188	0.8991	-0.7788	0.9257	-0.3049	0.8167	-0.1737	0.0853	0.2186	0.1709	0.5092	0.6902	-0.758	-0.9026	0.0833	0.6563	0.2888	0.1776	0.5984	0.1337	0.7636	10.4717	2.0783	29.6447
5	0.624	0.3444	0.2235	0.7718	-0.3619	0.7033	-0.0078	0.1646	0.0453	0.1592	0.0016	0.2903	-0.2405	-0.1604	0.0102	0.3772	0.0901	0.0653	0.2648	0.0138	0.3213	23.6867	-6.2703	27.9679
6	0.6111	-0.1693	0.1819	1.0882	-0.5473	0.6192	-0.0994	0.0076	-0.169	-0.0269	0.0952	0.2214	-0.1592	-0.1377	-0.0002	0.3832	0.0345	0.0593	0.3243	-0.0149	0.2826	33.6177	-11.8708	25.1374
7	2.2798	0.5835	-0.0638	1.2684	-0.0061	2.1619	0.0626	-0.1609	-0.2402	0.0407	-0.0055	0.0802	0.006	-0.4542	0.0009	0.2567	0.0116	-0.0424	0.3881	0.0595	0.2997	17.4137	13.803	-12.4447
8	1.3076	-0.0219	0.3093	0.2146	-0.0533	1.7575	0.0736	0.2956	-0.763	-0.3399	-0.0123	-0.4653	0.6683	0.0642	0.1311	0.5273	0.0223	-0.0131	0.1832	-0.0885	0.6863	34.3114	-0.8213	-23.1974
9	1.321	0.7432	0.0831	0.6808	0.2139	0.9018	0.0596	0.0399	-0.4174	-0.1301	-0.0081	-0.105	0.0408	0.1387	-0.0014	0.3099	0.0337	-0.0188	0.2874	0.0432	0.4044	35.9393	14.6248	-18.8164
10	0.2431	-0.0463	-0.2745	0.29	-0.2079	0.4424	0.1483	0.172	-0.2285	-0.0629	-0.0604	0.2248	0.265	-0.7364	-0.0003	0.3153	-0.0408	-0.0244	0.5465	0.0106	0.4108	-2.183	-47.4425	37.4325
11	0.3115	-0.1694	0.0735	0.3879	0.0475	1.0143	0.0093	-0.171	-0.0804	0.2815	-0.0468	0.1146	0.3613	-0.1938	0.0001	0.4577	-0.1026	0.0329	0.3996	0.0833	0.4016	0.691	-55.8374	50.7386
12	1.4102	0.5631	-0.37	1.7769	-0.0369	1.7082	-0.0382	0.0371	-0.2193	-0.0111	-0.019	0.0106	0.3696	-0.2621	-0.0005	0.2979	0.0014	-0.0356	0.3216	0.0317	0.3283	6.8224	-51.1393	38.9815
13	0.7881	-0.5015	-0.3991	0.6748	-0.2094	0.6828	0.1683	-0.417	0.0047	0.238	-0.0692	-0.2469	-0.1304	0.1552	0.0001	0.3335	-0.0227	-0.0123	0.4071	-0.0075	0.3593	21.1944	-31.4108	42.8706
14	0.4577	0.2621	0.0558	0.7579	-0.6753	1.1489	0.1633	0.0381	0.1589	0.1314	0.103	0.0251	-0.4648	-0.2187	0.0201	0.3463	0.1232	0.1181	0.3385	0.0288	0.3593	8.3291	-22.3694	40.595
15	0.2465	0.359	-0.0758	0.7271	-0.0117	0.3602	0.2214	-0.1174	-0.0966	0.2062	-0.004	0.0077	0.0981	-0.1986	0.1453	0.2846	0.0582	0.0413	0.3878	0.0305	0.3235	10.4654	-32.9242	40.5158
16	0.7858	0.6505	-0.6453	0.9244	-0.1621	0.7717	0.1349	-0.0543	0.06	-0.048	-0.0528	-0.1639	-0.1217	0.0037	0.0001	0.2881	0.0593	-0.0011	0.3342	0.0175	0.3765	18.6364	-33.4177	30.8898

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 252 THROUGH 270 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 271 THROUGH 334 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 335 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 334 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 335 THROUGH 385 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 32 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 33 THROUGH 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 75 THROUGH 192 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 193 THROUGH 251 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 252 THROUGH 317 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 318 THROUGH 346 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 347 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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