PDB-5qdb: Crystal structure of BACE complex with BMC002

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qdb

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC002

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qdb.cif.gz	455.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qdb.ent.gz	388.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qdb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qdb_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qdb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5qdb_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	5qdb_validation.cif.gz	59.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qdb	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	5qd5-2 5qd6-1 4d8c-3 5qcp-2 6lyj-1 3pi5-3 2qzk-d 3i25-3 5clm-d 5qd9-1 5qd6-2 4cdd-1 3skg-4 5qcx-1 2p83-3 5dqc-3 4zpg-d 3qbh-3 5qd4-2 3k5f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.661, 103.353, 99.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817
#2: 化合物	ChemComp-BAV / (3S,14R,16S)-16-[(1R)-1-hydroxy-2-{[3-(1-methylethyl)benzyl]amino}ethyl]-3,4,14-trimethyl-1,4-diazacyclohexadecane-2,5- dione / (3S,14R,16S)-16-[(R)-1-Hydroxy-2-(3-isopropyl-benzylamino)-ethyl]-3,4,14-trimethyl-1,4diaza-cyclohexadecane-2,5-dione 分子量: 487.718 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₉N₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.1 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.1 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4,25MM NACL, WITH A 3.8-FOLD EXCESS OF BMC002 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (1.4% DMSO IN DROP). CRYO-PROTECTANT WAS 20% (V/V) 1,2-PROPANEDIOL, 80% RESERVOIR SOLUTION.

結晶

マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.1 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97933
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.71 Å / Num. obs: 93593 / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.068

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→48.71 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	9359	10 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.17	93593	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8925	0	105	292	9322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	12604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.849	5421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1617

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.2276	276	0.196	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.2309	300	0.1935	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.2356	306	0.188	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.219	291	0.1878	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.2174	309	0.1773	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2622	0.2278	303	0.182	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2945	0.2327	337	0.1912	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.2177	320	0.1883	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.2384	332	0.1883	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2281	316	0.1857	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.21	301	0.1798	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.2295	344	0.1793	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2029	319	0.1746	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2194	311	0.178	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2184	301	0.1897	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7073	0.2189	293	0.1897	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.2313	307	0.1952	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.8501	0.2395	322	0.1949	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.9339	0.2278	330	0.1904	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.0286	0.2221	304	0.1866	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0286-3.1368	0.229	339	0.1891	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1368-3.2624	0.2287	299	0.1917	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2624-3.4108	0.1977	319	0.1856	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4108-3.5906	0.1908	301	0.1714	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5906-3.8155	0.1807	329	0.1574	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8155-4.1099	0.1672	301	0.1379	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1099-4.5233	0.1492	325	0.1356	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5233-5.1772	0.141	324	0.1283	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1772-6.5202	0.1734	290	0.1629	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5202-48.7227	0.1863	310	0.1728	2889	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7096	0.0303	-0.1097	1.4244	-0.4545	0.9231	-0.0688	0.1265	0.1311	0.0534	0.042	-0.0275	-0.1319	0.0884	0	0.3781	0.0091	-0.0247	0.3876	0.0092	0.3211	39.8326	5.0953	16.8612
2	1.262	0.3345	0.001	1.3584	-0.607	0.9128	-0.0345	0.0796	0.1941	0.2883	0.1588	0.3202	-0.1863	-0.0888	0.0012	0.4004	0.0811	0.0677	0.343	0.0233	0.4128	20.1076	-3.6687	27.1951
3	0.7141	-0.1496	0.07	0.9706	-0.5566	0.5486	0.019	0.1304	-0.0602	0.1295	0.0565	0.0157	0.0444	-0.1057	-0.0001	0.379	0.0367	0.0399	0.3652	-0.0336	0.3182	34.3745	-12.9617	24.3199
4	2.2844	0.6887	-0.1383	0.974	0.0541	1.6387	-0.004	-0.1106	-0.2087	0.0031	-0.0553	0.0298	-0.0079	-0.3051	-0.0003	0.3366	-0.0024	-0.0223	0.3689	0.0327	0.3401	16.2632	13.8507	-12.3807
5	1.6829	0.1385	0.4369	0.4781	0.017	1.2876	0.0174	0.1817	-0.6922	-0.2207	-0.0169	-0.3753	0.3172	0.1351	-0.0008	0.4343	0.0365	0.0475	0.2528	-0.081	0.6665	33.9156	-1.5095	-22.3016
6	2.1782	0.8678	0.2502	0.2848	0.0381	1.1706	0.0149	0.1246	-0.5024	-0.0148	-0.0092	-0.1912	0.0582	0.0432	0.0012	0.3919	-0.0065	-0.0067	0.3144	0.0326	0.4794	32.7125	11.6356	-19.6429
7	0.3743	-0.2078	-0.1763	1.0215	-0.2072	0.5993	0.0174	0.1249	-0.0155	0.0351	-0.0454	0.2839	0.0831	-0.3775	0.0001	0.3655	-0.0108	-0.0067	0.5058	-0.0048	0.4831	-0.8602	-50.2688	41.6884
8	1.1827	0.4692	-0.4211	1.4591	-0.1727	1.8058	0.0123	-0.0251	-0.169	0.0361	-0.0414	-0.0177	0.3075	-0.1559	0.0001	0.3753	-0.0074	-0.0269	0.3497	0.0307	0.4018	6.5446	-54.2712	43.9358
9	0.7198	-0.1682	-0.5555	1.3739	-0.3977	1.3272	0.1591	-0.0497	0.0314	0.2526	0.0073	-0.0693	-0.1544	0.0227	0.0003	0.3702	0.0374	0.02	0.3651	0.0041	0.3821	15.7475	-29.4262	40.0313
10	0.5749	0.5969	0.1045	1.3185	-0.5871	0.9145	0.0963	-0.0048	0.0984	0.1423	0.0199	0.2036	-0.0266	-0.1432	0.0013	0.3321	0.0525	0.0328	0.4075	0.0178	0.4022	11.8132	-30.3668	37.9498
11	0.4875	0.5399	-0.5216	0.6304	-0.2142	0.7739	0.0328	0.1384	0.0469	-0.0277	-0.0894	0.0035	-0.1965	0.1262	-0	0.3645	0.0779	-0.0198	0.3603	-0.0004	0.4204	19.6768	-33.7389	30.6229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 317 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 318 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 53 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 54 THROUGH 169 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 170 THROUGH 282 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 283 THROUGH 346 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 347 THROUGH 385 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)