PDB-5qaw: OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qaw

タイトル

OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 27

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Oxacillinase / Inhibitor / Complex / OXA / Antibiotic resistance / beta-lactamase / fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Leiros, H.K.S.

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - Oxacillinase-48: Synthesis, structural evaluation and inhibitor design.
著者: Akhter, S. / Lund, B.A. / Ismael, A. / Langer, M. / Isaksson, J. / Christopeit, T. / Leiros, H.S. / Bayer, A.

履歴

登録	2017年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group Item: _pdbx_deposit_group.group_title / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.2	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2021年11月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qaw.cif.gz	588.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qaw.ent.gz	496.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qaw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qaw_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qaw_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	5qaw_validation.xml.gz	45.8 KB	表示
CIF形式データ	5qaw_validation.cif.gz	66.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/5qaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/5qaw	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002027 (37エントリ) 5qa4 5qa5 5qa6 5qa7 5qa8 5qa9 5qaa 5qab 5qac 5qad
タイトル	A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - oxacillinase-48: synthesis, structural evaluation and inhibitor design
タイプ	undefined
解説	A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - oxacillinase-48: synthesis, structural evaluation and inhibitor design

-
関連構造データ

関連構造データ	5dtkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5qb1-4 5qap-3 5qad-1 5qao-4 5qai-1 5qah-2 5qai-3 5qaf-3 5qaa-4 5qa4-3 5qaa-2 6pk0-3 4s2j-4 5qap-1 5qaj-3 5qa9-3 5qa8-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.501, 109.053, 124.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))
2	1	(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))
3	1	(chain C and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))
4	1	(chain D and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TRP	TRP	ALA	ALA	(chain A and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	A	A	25 - 114	3 - 92
1	2	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain A and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	A	A	116 - 265	94 - 243
2	1	TRP	TRP	ALA	ALA	(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	B	B	25 - 114	3 - 92
2	2	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain B and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	B	B	116 - 265	94 - 243
3	1	TRP	TRP	ALA	ALA	(chain C and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	C	C	25 - 114	3 - 92
3	2	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain C and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	C	C	116 - 265	94 - 243
4	1	TRP	TRP	ALA	ALA	(chain D and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	D	D	25 - 114	3 - 92
4	2	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain D and (resid 25 through 114 or resid 116 through 265))	D	D	116 - 265	94 - 243

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28226.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-TVC / 3-naphthalen-2-ylbenzoic acid 分子量: 248.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 8-11% PEG 8000 and 4-8% 1-butanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.7 Å / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.1047 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 9.13
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.6804 / Num. unique obs: 26270 / R_rim(I) all: 0.78 / Net I/σ(I) obs: 2.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 5dtk

5dtk

解像度: 2.2→46.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2364	3114	-
R_work	0.1978	-	-
obs	-	62872	99.36 %

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→46.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7923	0	92	946	8961
B_iso mean	-	-	30.4	39.25	-
残基数	-	-	-	-	967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.576	11088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.991	4838

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6150	X-RAY DIFFRACTION	4.472	TORSIONAL
1	2	B	6150	X-RAY DIFFRACTION	4.472	TORSIONAL
1	3	C	6150	X-RAY DIFFRACTION	4.472	TORSIONAL
1	4	D	6150	X-RAY DIFFRACTION	4.472	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.2344	0.3096	118	0.3223	2692	2810	99
2.2344-2.271	0.3658	148	0.3119	2709	2857	99
2.271-2.3102	0.3351	141	0.2916	2633	2774	99
2.3102-2.3522	0.3249	139	0.2834	2685	2824	100
2.3522-2.3974	0.3003	134	0.2776	2712	2846	100
2.3974-2.4463	0.2831	146	0.2473	2704	2850	100
2.4463-2.4995	0.2792	149	0.2392	2645	2794	99
2.4995-2.5577	0.2963	129	0.2213	2695	2824	99
2.5577-2.6216	0.2769	151	0.2208	2711	2862	100
2.6216-2.6925	0.2597	134	0.2142	2680	2814	99
2.6925-2.7717	0.2839	128	0.2061	2718	2846	99
2.7717-2.8612	0.2487	152	0.1961	2692	2844	99
2.8612-2.9634	0.2389	135	0.2004	2712	2847	100
2.9634-3.0821	0.2581	143	0.2002	2691	2834	99
3.0821-3.2223	0.2495	148	0.1995	2719	2867	100
3.2223-3.3921	0.2405	151	0.1907	2696	2847	99
3.3921-3.6046	0.2287	131	0.1741	2744	2875	100
3.6046-3.8828	0.1889	167	0.1537	2720	2887	100
3.8828-4.2733	0.176	143	0.15	2750	2893	100
4.2733-4.8911	0.1935	145	0.1347	2768	2913	99
4.8911-6.16	0.1944	143	0.1687	2788	2931	99
6.16-46.7151	0.2103	139	0.2096	2893	3032	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7747	0.0156	-0.1982	1.4284	0.201	2.0334	0.0444	0.0396	0.0558	-0.0636	0.0207	-0.0079	-0.0406	0.1779	-0.0545	0.323	0.0255	-0.0003	0.2364	0.0003	0.1982	90.6191	262.5913	2.672
2	0.6123	-0.0288	0.529	1.5601	0.3344	1.747	-0.007	-0.063	-0.0331	0.1959	0.0636	-0.0096	0.0044	-0.0865	-0.0381	0.384	0.0129	0.0171	0.2229	0.0093	0.2131	90.7405	223.0286	-2.6404
3	0.6412	0.1092	0.2262	1.4687	-0.3277	1.6638	0.0288	0.0336	0.1027	-0.0753	0.0683	0.1172	-0.2886	-0.2068	-0.0966	0.4862	0.0295	0.0342	0.314	0.0226	0.2756	86.7346	225.1835	32.123
4	0.9324	-0.0745	0.155	1.22	-0.5488	2.1946	0.0167	0.0449	0.0613	0.0071	0.0453	-0.0333	-0.2296	-0.0602	-0.0331	0.3681	0.0025	0.0227	0.2128	0.0065	0.2183	131.8316	230.1716	31.9139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 24 through 265)	A	24 - 265
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 24 through 265)	B	24 - 265
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 25 through 265)	C	25 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 24 through 265)	D	24 - 265

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関連情報:EMDBヘッダ

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