PDB-5q05: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5q05

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)-3-[5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophen-2-yl]sulfonylurea

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / D3R docking / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)-3-[5-(2- ...
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5q05.cif.gz	974.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5q05.ent.gz	815.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5q05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5q05_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5q05_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5q05_validation.xml.gz	95.3 KB	表示
CIF形式データ	5q05_validation.cif.gz	132.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/5q05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/5q05	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

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関連構造データ

類似構造データ	5pzq-d 5q06-d 5q0a-d 5pzy-1 5q09-1 5pzx-1 2fie-d 2fhy-d 5q00-2 2vt5-1 5q08-1 2y5k-d 1fpl-1 2wbd-1 2fix-d 5q07-2 2vt5-2 5q01-2 5zwk-d 2jjk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

E: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

F: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

G: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

H: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

298 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

F: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

G: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

H: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.728, 285.434, 83.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))
2	1	(chain B and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))
3	1	(chain C and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))
4	1	(chain D and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))
5	1	(chain E and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))
6	1	(chain F and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))
7	1	(chain G and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))
8	1	(chain H and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))	A	A	9 - 61	10 - 62
1	2	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))	A	A	72 - 139	73 - 140
1	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))	A	A	141 - 335	142 - 336
2	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain B and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	B	B	9 - 139	10 - 140
2	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain B and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	B	B	141 - 335	142 - 336
3	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain C and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	C	C	9 - 139	10 - 140
3	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	C	C	141 - 335	142 - 336
4	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain D and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	D	D	9 - 139	10 - 140
4	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain D and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	D	D	141 - 335	142 - 336
5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain E and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))	E	E	9 - 61	10 - 62
5	2	LYS	LYS	TYR	TYR	(chain E and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))	E	E	72 - 139	73 - 140
5	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain E and (resid 9 through 61 or resid 72 through 139 or resid 141 through 335))	E	E	141 - 335	142 - 336
6	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain F and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	F	F	9 - 139	10 - 140
6	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain F and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	F	F	141 - 335	142 - 336
7	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain G and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	G	G	9 - 139	10 - 140
7	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain G and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	G	G	141 - 335	142 - 336
8	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain H and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	H	H	9 - 139	10 - 140
8	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain H and (resid 9 through 139 or resid 141 through 335))	H	H	141 - 335	142 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-95S / N-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophene-2-sulfonamide 分子量: 440.356 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄BrN₃O₄S₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 906 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12%-25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.12 Å / Num. obs: 150662 / % possible obs: 96.14 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→29.12 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	7552	5.01 %
R_work	0.1869	143110	-
obs	0.1896	150662	96.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.57 Å² / B_iso mean: 43.7966 Å² / B_iso min: 10.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→29.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19440	0	184	906	20530
B_iso mean	-	-	43.49	43.92	-
残基数	-	-	-	-	2540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	20009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	27033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	3054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.116	12161

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	2	B	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	3	C	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	4	D	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	5	E	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	6	F	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	7	G	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL
1	8	H	12225	X-RAY DIFFRACTION	9.72	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3353	134	0.2985	2885	3019	57
2.225-2.2512	0.3552	197	0.292	3679	3876	75
2.2512-2.2786	0.3531	215	0.2724	4059	4274	81
2.2786-2.3074	0.3349	227	0.2543	4232	4459	86
2.3074-2.3378	0.3119	257	0.2425	4474	4731	91
2.3378-2.3698	0.2903	248	0.2251	4793	5041	97
2.3698-2.4036	0.3012	268	0.213	4958	5226	100
2.4036-2.4395	0.2886	257	0.2112	4944	5201	100
2.4395-2.4776	0.2864	267	0.2201	5010	5277	100
2.4776-2.5182	0.2997	250	0.2095	4905	5155	100
2.5182-2.5616	0.2758	283	0.2077	4980	5263	100
2.5616-2.6081	0.2827	270	0.2137	4906	5176	100
2.6081-2.6583	0.2779	256	0.2145	4971	5227	100
2.6583-2.7125	0.2994	256	0.2147	4955	5211	100
2.7125-2.7714	0.2922	237	0.2052	5006	5243	100
2.7714-2.8358	0.2533	244	0.1909	4919	5163	100
2.8358-2.9067	0.2511	302	0.2007	4989	5291	100
2.9067-2.9852	0.2721	278	0.1977	4904	5182	100
2.9852-3.073	0.2455	251	0.1924	4961	5212	100
3.073-3.172	0.262	240	0.189	5002	5242	100
3.172-3.2853	0.2163	235	0.1877	4953	5188	100
3.2853-3.4166	0.2567	265	0.1905	4930	5195	100
3.4166-3.5718	0.2288	245	0.1825	5005	5250	100
3.5718-3.7598	0.2239	285	0.1751	4959	5244	100
3.7598-3.9948	0.2159	275	0.1659	4963	5238	100
3.9948-4.3023	0.211	257	0.1627	4917	5174	100
4.3023-4.7336	0.1876	282	0.1562	4982	5264	100
4.7336-5.4148	0.1967	240	0.1577	4963	5203	100
5.4148-6.8077	0.2137	266	0.1746	4971	5237	100
6.8077-29.1226	0.1971	265	0.1635	4935	5200	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1793	0.0181	-0.0395	0.1235	-0.1864	0.1783	-0.0311	-0.0131	0.0316	-0.1844	-0.0801	-0.0749	-0.0563	0.0256	0.0002	0.2956	0.0144	0.0204	0.1791	0.0145	0.2084	37.9698	16.1515	-5.3626
2	0.3359	-0.1924	0.043	0.2908	-0.1388	0.2769	-0.0135	0.0156	0.0059	-0.1652	-0.0398	0.1142	-0.0746	0.0553	-0.007	0.3462	0.0258	-0.0521	0.1698	-0.0028	0.2408	20.3579	23.0044	-7.7372
3	0.2364	-0.1298	-0.0876	0.2548	-0.0488	0.0788	0.1076	-0.022	0.1687	-0.2356	0.0661	0.0282	-0.0353	0.0153	0.4746	0.4172	0.1637	-0.1852	-0.077	0.1533	0.1776	18.6803	31.4919	-10.0836
4	0.2515	-0.2258	-0.1667	0.5049	0.0115	0.131	-0.0476	-0.0059	-0.0941	-0.0344	-0.0025	0.1194	0.0418	0.0309	-0.0317	0.1092	0.0077	0.0304	0.2295	0.025	0.2627	12.958	-2.8154	16.0259
5	0.1952	-0.1493	0.0393	0.1908	-0.1033	0.2863	0.0131	-0.051	-0.0482	0.0004	-0.0022	0.0872	-0.0597	0.0749	-0.0016	0.1325	0.0352	0.0256	0.1491	-0.0024	0.1869	9.4579	15.6986	16.3499
6	0.0037	-0.0325	-0.0482	0.0874	0.1187	0.8426	-0.0746	-0.0345	-0.1035	-0.0031	0.1435	0.2272	-0.3361	-0.0066	-0.0095	0.1348	0.0949	0.0424	0.2263	0.0118	0.3609	1.3524	19.1232	17.789
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精密化 TLSグループ

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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 123 through 335 )	D	123 - 335
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 9 through 28 )	E	9 - 28
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 29 through 48 )	E	29 - 48
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 49 through 88 )	E	49 - 88
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 89 through 106 )	E	89 - 106
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 107 through 131 )	E	107 - 131
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 132 through 212 )	E	132 - 212
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 213 through 247 )	E	213 - 247
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 248 through 335 )	E	248 - 335
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 9 through 122 )	F	9 - 122
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 123 through 247 )	F	123 - 247
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 248 through 335 )	F	248 - 335
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 9 through 28 )	G	9 - 28
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 29 through 88 )	G	29 - 88
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 89 through 131 )	G	89 - 131
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 132 through 148 )	G	132 - 148
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 149 through 212 )	G	149 - 212
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 213 through 247 )	G	213 - 247
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 248 through 290 )	G	248 - 290
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 291 through 335 )	G	291 - 335
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 9 through 28 )	H	9 - 28
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 29 through 88 )	H	29 - 88
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 89 through 106 )	H	89 - 106
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 107 through 122 )	H	107 - 122
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 123 through 155 )	H	123 - 155
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 156 through 212 )	H	156 - 212
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 213 through 231 )	H	213 - 231
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 232 through 274 )	H	232 - 274
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 275 through 335 )	H	275 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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