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- PDB-5ptp: STRUCTURE OF HYDROLASE (SERINE PROTEINASE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ptp
タイトルSTRUCTURE OF HYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
要素BETA TRYPSIN
キーワードSERINE PROTEASE / HYDROLASE / DIGESTION / PANCREAS / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Solvent structure in crystals of trypsin determined by X-ray and neutron diffraction.
著者: Finer-Moore, J.S. / Kossiakoff, A.A. / Hurley, J.H. / Earnest, T. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1979
タイトル: The Accuracy of Refined Protein Structures, Comparison of Two Independently Refined Models of Bovine Trypsin
著者: Chambers, J.L. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1977
タイトル: Difference-Fourier Refinement of the Structure of Dip-Trypsin at 1.5 Angstroms Using a Minicomputer Technique
著者: Chambers, J.L. / Stroud, R.M.
#3: ジャーナル: PROTEASES AND BIOLOGICAL CONTROL / 年: 1975
タイトル: Structure-Function Relationships in the Serine Proteases
著者: Stroud, R.M. / Krieger, M. / Koeppe II, R.E. / Kossiakoff, A.A. / Chambers, J.L.
#4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1974
タイトル: Silver Ion Inhibition of Serine Proteases: Crystallographic Study of Silver-Trypsin
著者: Chambers, J.L. / Christoph, G.G. / Krieger, M. / Kay, L. / Stroud, R.M.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: The Structure of Bovine Trypsin: Electron Density Maps of the Inhibited Enzyme at 5 a and at 2.7 A Resolution
著者: Stroud, R.M. / Kay, L.M. / Dickerson, R.E.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure and Specific Binding of Trypsin: Comparison of Inhibited Derivatives and a Model for Substrate Binding
著者: Krieger, M. / Kay, L.M. / Stroud, R.M.
#7: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Crystal and Molecular Structure of Dip-Inhibited Bovine Trypsin at 2.7 A Resolution
著者: Stroud, R.M. / Kay, L.M. / Dickerson, R.E.
#8: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1997年3月31日処理サイト: BNL
置き換え1997年7月7日ID: 4PTP
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4862
ポリマ－23,4461
非ポリマー401
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.840, 58.610, 67.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA TRYPSIN


分子量: 23446.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
280 %beta-trypsin11
320 %alpha-trypsin11
1ammonium sulfate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.34→7 Å
詳細: THE TRYPSIN IN THE CRYSTAL CONTAINS ABOUT 50 PER-CENT ALPHA-TRYPSIN WHICH IS AUTOLYTICALLY CLEAVED BETWEEN LYS 145 AND SER 146. THE DENSITY IN THE MAP AT THIS POINT IS WEAK BUT APPEARS TO ...詳細: THE TRYPSIN IN THE CRYSTAL CONTAINS ABOUT 50 PER-CENT ALPHA-TRYPSIN WHICH IS AUTOLYTICALLY CLEAVED BETWEEN LYS 145 AND SER 146. THE DENSITY IN THE MAP AT THIS POINT IS WEAK BUT APPEARS TO ARISE FROM THE UNCLEAVED COMPONENT.
Rfactor反射数
Rwork0.152 -
obs-30041
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 8 211 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.052
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.6
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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