温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16 mg/ml protein in 20mM Tris/HCl pH 8.4, 5 mM benzamidine, 0.1 M NaCl, 50 mM CaCl2 mixed 1+1 with 32-35% AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 4000, 0.1 M Bicine-NaOH pH 8.5, 15% glycerol
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器
タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月21日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 102018 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.006 / Net I/av σ(I): 11.164 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 412144
反射 シェル
Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
% possible all
1.75-1.81
2.9
0.988
9979
0.973
95.3
1.81-1.89
3.7
10493
1.076
99.9
1.89-1.97
4.2
0.5
10520
0.942
100
1.97-2.07
4.2
0.413
10545
1.002
100
2.07-2.2
4.2
0.308
10457
1.035
99.8
2.2-2.38
4.3
0.209
10478
1.024
99.4
2.38-2.61
4.3
0.152
10407
0.989
98.9
2.61-2.99
4.3
0.106
10381
1.012
98.3
2.99-3.77
4
0.072
9671
1.029
91.5
3.77-50
4.1
0.047
9087
0.971
84.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
5.2.0019
精密化
PDB_EXTRACT
3.22
データ抽出
XDS
データ削減
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: inhouse model 解像度: 1.7→24.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.288 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: the numbering follows that of the unprocessed precursor ARG A 204 ILE A 213 gap ALA A 375 SER A 380 gap main-chain flexibility K401-G402 ligand entertains three h-bonds, two with D398 and one ...詳細: the numbering follows that of the unprocessed precursor ARG A 204 ILE A 213 gap ALA A 375 SER A 380 gap main-chain flexibility K401-G402 ligand entertains three h-bonds, two with D398 and one with S404. phenyl moiety of ligand is flexible according to weaker density compared to rest of ligand but stacks against H225. very good overlay of benzamidine and 1-amino-isoquinoline over all atoms of benzamidine. an unfavorable interaction between 1-amino-isoquinoline and the carbonyl group of G427 exists.. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2241
2571
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.2
-
-
-
obs
0.2012
48329
84.48 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK