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- PDB-5p9f: BTK IN COMPLEX WITH GDC-0834 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5p9f
タイトルBTK IN COMPLEX WITH GDC-0834
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / LEAD OPTIMIZATION / PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / mesoderm development / Fc-epsilon receptor signaling pathway / B cell activation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2VL / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Gardberg, A.S.
引用ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2017
タイトル: Ability of Bruton's Tyrosine Kinase Inhibitors to Sequester Y551 and Prevent Phosphorylation Determines Potency for Inhibition of Fc Receptor but not B-Cell Receptor Signaling.
著者: Bender, A.T. / Gardberg, A. / Pereira, A. / Johnson, T. / Wu, Y. / Grenningloh, R. / Head, J. / Morandi, F. / Haselmayer, P. / Liu-Bujalski, L.
履歴
登録2016年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22021年11月17日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_deposit_group / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2637
ポリマ－32,3261
非ポリマー9376
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.911, 103.931, 38.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 32326.068 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-2VL / N-{3-[6-({4-[(2R)-1,4-dimethyl-3-oxopiperazin-2-yl]phenyl}amino)-4-methyl-5-oxo-4,5-dihydropyrazin-2-yl]-2-methylphenyl }-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-2-carboxamide / GDC0834 / GDC-0834


分子量: 596.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N6O3S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, sodium actate, BisTrisPropane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.71→59.66 Å / Num. obs: 32560 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル解像度: 1.71→1.96 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 45.48 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.71→59.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.501 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2939 9.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs-29513 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→59.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 65 286 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9873262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27535010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0545296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1424.167108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82215427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4411513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.21210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0680.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0790.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2260.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 226 -
Rwork0.192 2165 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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