PDB-5oxw: Structure of NeqN from Nanoarchaeum equitans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oxw

タイトル

Structure of NeqN from Nanoarchaeum equitans

要素

ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP
NEQ068

キーワード

SPLICING / Intein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nanoarchaeum equitans (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Aparicio, D. / Perez-Luque, R. / Ribo, M. / Fita, I.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Subunits Assembly and the Oxyester Splicing Mechanism of Neq pol Split Intein.
著者: Gordo, V. / Aparicio, D. / Perez-Luque, R. / Benito, A. / Vilanova, M. / Uson, I. / Fita, I. / Ribo, M.

履歴

登録	2017年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oxw.cif.gz	147.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oxw.ent.gz	118.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5oxw_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oxw_full_validation.pdf.gz	481.4 KB	表示
XML形式データ	5oxw_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5oxw_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/5oxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/5oxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oxxC 5oxzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mx0-d 2g9o-d 4dpb-d 1jxf-d 1xpv-d 1u9m-6 1iuz-d 4iej-d 1m2m-d 1lr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (7) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NEQ068

B: NEQ068

C: NEQ068

D: NEQ068

E: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

F: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

G: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

H: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

50.5 kDa, 8 ポリマー
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1

A: NEQ068

H: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: NEQ068

E: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: NEQ068

F: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: NEQ068

G: ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP

ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.930, 67.720, 77.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	E
2	3	H
1	4	F
2	4	G

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	7 - 77
2	1	1	2	B	7 - 77
1	1	2	2	C	7 - 86
2	1	2	2	D	7 - 86
1	1	3	2	E	194 - 204
2	1	3	2	H	194 - 204
1	1	4	2	F	194 - 204
2	1	4	2	G	194 - 204

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.984878, 0.005128, -0.173172), (-0.00358, 0.999951, 0.009249), (0.173211, -0.008489, 0.984848)	-23.874, 1.54281, 15.7279

#1: タンパク質	NEQ068 分子量: 11492.942 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 遺伝子: NEQ068 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74N74
#2: タンパク質・ペプチド	ALA-SER-GLY-SER-PHE-LYS-VAL-ILE-TYR-GLY-ASP 分子量: 1144.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1M Di-ammonium Tartrate pH7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.1478 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1478 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→51.01 Å / Num. all: 40134 / Num. obs: 13172 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.61→2.68 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3061 / Num. unique obs: 970 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.599 / R_rim(I) all: 0.871 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.61→51.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 30.681 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.859 / ESU R Free: 0.327 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2574	581	4.4 %	RANDOM
R_work	0.20799	-	-	-
obs	0.21013	12591	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.396 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6 Å²	-0 Å²	2.17 Å²
2-	-	-6.88 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.61→51.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2814	0	0	7	2821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.955	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.87	5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.607	24.853	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.112	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.127	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.192	6.188	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.192	6.184	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.803	9.244	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.803	9.248	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.01	6.351	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.008	6.342	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.445	9.432	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.936	65.093	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.935	65.126	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	735	medium positional	0.03	0.5
2	2	B	813	medium positional	0.02	0.5
3	3	C	91	medium positional	0.03	0.5
4	4	D	91	medium positional	0.02	0.5
1	1	A	425	tight thermal	2.64	0.5
2	2	B	478	tight thermal	2.59	0.5
3	3	C	64	tight thermal	6.36	0.5
4	4	D	64	tight thermal	4.25	0.5
1	1	A	735	medium thermal	2.86	2
2	2	B	813	medium thermal	2.52	2
3	3	C	91	medium thermal	6.71	2
4	4	D	91	medium thermal	4.14	2

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.678 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.464	48	-
R_work	0.327	916	-
obs	-	-	98.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4027	-0.0663	1.603	12.077	-0.3925	3.551	0.1713	-0.3867	0.0573	1.3913	-0.2043	0.4939	0.1798	-0.2991	0.0331	0.2259	-0.0801	0.1096	0.1234	-0.0358	0.0712	54.8984	18.7185	38.5654
2	2.8797	-0.3805	1.0696	11.9739	-1.3586	3.723	0.0652	-0.3046	-0.1385	1.1738	-0.0178	0.2772	0.1605	-0.0531	-0.0474	0.1662	-0.0313	0.0526	0.0531	-0.0098	0.0411	81.4724	17.4138	9.0163
3	2.1795	0.438	-0.4055	9.4931	0.5071	5.085	0.1495	0.5019	0.043	-1.1128	-0.1505	0.4923	-0.1061	-0.0649	0.0009	0.1517	0.0709	-0.0441	0.1368	0.0244	0.0799	79.3651	17.2863	-11.3283
4	2.724	0.6023	-0.5848	10.3499	1.8388	4.3396	0.1813	0.3547	0.0586	-1.4201	-0.2707	0.3454	-0.2776	-0.0252	0.0894	0.2258	0.0791	-0.0384	0.0665	0.0074	0.0601	56.5108	18.6028	18.1332
5	1.477	0.3199	0.3068	12.6323	11.2169	12.5643	0.1627	-0.0586	0.1054	0.8393	-0.1842	0.5719	0.3881	-0.1932	0.0215	0.1215	-0.032	0.1081	0.1552	-0.0007	0.2238	71.2681	15.0151	7.5843
6	4.0135	1.3368	2.1432	10.5717	5.5972	9.5847	0.2641	-0.0162	0.0392	-0.4874	-0.2879	0.9109	0.1962	-0.5814	0.0238	0.0805	0.0159	-0.1039	0.1104	-0.0326	0.2238	70.0994	20.245	-9.3746
7	0.6055	2.1248	1.1933	11.4108	3.5297	2.4921	-0.143	0.0833	0.0699	-0.5646	0.0385	0.5752	-0.3104	0.1541	0.1044	0.099	0.041	-0.1037	0.2728	-0.0464	0.2652	46.9905	21.8793	19.1592
8	1.3899	5.0938	5.9161	27.9791	25.3521	26.6522	0.2352	-0.1194	-0.1874	1.2199	0.0508	0.7508	1.1158	-0.3172	-0.2859	0.0853	-0.0192	0.1003	0.2731	-0.0747	0.4995	45.4712	16.0896	35.6577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-11 - -1
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-11 - -1
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-11 - -1
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-11 - -1

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