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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oxt | ||||||
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タイトル | DIRECT-EVOLUTIONED UNSPECIFIC PEROXYGENASE FROM AGROCYBE AEGERITA, IN COMPLEX WITH ACETATE | ||||||
![]() | UNSPECIFIC PEROXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / directed evolution / PaDaI / unspecific peroxygenase / UPO / heme-thiolate peroxidase / Agrocybe aegerita / acetate | ||||||
機能・相同性 | ![]() unspecific peroxygenase / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Substrate Promiscuity of a Laboratory-Evolved Peroxygenase. 著者: Ramirez-Escudero, M. / Molina-Espeja, P. / Gomez de Santos, P. / Hofrichter, M. / Sanz-Aparicio, J. / Alcalde, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 239.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 327 / Label seq-ID: 1 - 327
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABC![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 35947.934 Da / 分子数: 3 / 変異: V57A, L67F, V75I, I248V, F311L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 1298分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % / 解説: elongated bars |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月22日 / 詳細: KB mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→45.23 Å / Num. obs: 190184 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 8694 / CC1/2: 0.972 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2YOR 解像度: 1.42→45.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.721 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.42→45.23 Å
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拘束条件 |
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