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万見
- PDB-5oxs: Crystal structure of human lung surfactant protein D trimeric fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oxs
タイトルCrystal structure of human lung surfactant protein D trimeric fragment with bound ligand Salmonella enterica Minnesota R5 oligosaccharide
要素Pulmonary surfactant-associated protein D
キーワードSURFACTANT PROTEIN / trimeric recombinant collectin fragment / neck+CRD / alpha-helical coiled coil / carbohydrate recognition domain / lectin / sugar binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer ...Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer / surfactant homeostasis / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of interleukin-2 production / lung alveolus development / macrophage chemotaxis / endocytic vesicle / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / regulation of cytokine production / multivesicular body / reactive oxygen species metabolic process / extracellular matrix organization / receptor-mediated endocytosis / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / defense response to bacterium / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Collectin, C-type lectin-like domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain ...Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Collectin, C-type lectin-like domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pulmonary surfactant-associated protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Greenhough, T.J.
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural definition of hSP-D recognition of Salmonella enterica LPS inner core oligosaccharides reveals alternative binding modes for the same LPS.
著者: Littlejohn, J.R. / da Silva, R.F. / Neale, W.A. / Smallcombe, C.C. / Clark, H.W. / Mackay, R.A. / Watson, A.S. / Madsen, J. / Hood, D.W. / Burns, I. / Greenhough, T.J. / Shrive, A.K.
#1: ジャーナル: Infect. Immun. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Complex of Surfactant Protein D (SP-D) and Haemophilus influenzae Lipopolysaccharide Reveals Shielding of Core Structures in SP-D-Resistant Strains.
著者: Clark, H.W. / Mackay, R.M. / Deadman, M.E. / Hood, D.W. / Madsen, J. / Moxon, E.R. / Townsend, J.P. / Reid, K.B.M. / Ahmed, A. / Shaw, A.J. / Greenhough, T.J. / Shrive, A.K.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein D
B: Pulmonary surfactant-associated protein D
C: Pulmonary surfactant-associated protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00511
ポリマ－56,5053
非ポリマー2,5008
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Trimer previously established in literature using a range of methods including gel filtration, EM, crystal structure, homology etc
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.679, 108.510, 56.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein D / SP-D / Collectin-7 / Lung surfactant protein D


分子量: 18834.957 Da / 分子数: 3 / 断片: Trimeric neck + carbohydrate recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFTPD, COLEC7, PSPD, SFTP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35247
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-4,7-anhydro-3-deoxy-D-gluco-oct-2-ulosonic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 766.651 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[AOd2122h_4-7][a11221h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-3/a5-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C8O6>]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 % / Mosaicity: 0.34 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 16% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→56.1 Å / Num. obs: 74199 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.65-1.6830.39736290.6940.2660.4893.2
9.04-56.13.40.0245090.9980.0160.02999.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.12データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1PW9

1pw9


解像度: 1.65→56.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.683 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0789 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1868 3647 4.9 %RANDOM
Rwork0.1647 ---
obs0.1658 70522 92.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.23 Å2 / Biso mean: 23.384 Å2 / Biso min: 11.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å20.05 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→56.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3499 0 161 477 4137
Biso mean--40.23 34.89 -
残基数----458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9915141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91437801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3215467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53826.057175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.95615598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.4011512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02708
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 293 -
Rwork0.256 5182 -
all-5475 -
obs--93.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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