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- PDB-5ow3: Crystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ow3
タイトルCrystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain of the Arabidopsis thaliana gamete fusion protein HAP2
要素Protein HAPLESS 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Gamete fusion protein / class II fold / HAP2 / Membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen sperm cell differentiation / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in double fertilization forming a zygote and endosperm / double fertilization forming a zygote and endosperm / plasma membrane fusion / pollen tube guidance / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Generative cell specific-1/HAP2 domain / Male gamete fusion factor / HAP2/GCS1
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein HAPLESS 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Fedry, J. / Legrand, P. / Rey, F.A. / Krey, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council340371 (CelCelFus) フランス
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolutionary diversification of the HAP2 membrane insertion motifs to drive gamete fusion across eukaryotes.
著者: Fedry, J. / Forcina, J. / Legrand, P. / Pehau-Arnaudet, G. / Haouz, A. / Johnson, M. / Rey, F.A. / Krey, T.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Protein HAPLESS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,98812
ポリマ－57,8301
非ポリマー1,15811
水77543
1
C: Protein HAPLESS 2
ヘテロ分子

C: Protein HAPLESS 2
ヘテロ分子

C: Protein HAPLESS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,96536
ポリマ－173,4913
非ポリマー3,47433
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area23270 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area58680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.255, 77.255, 219.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1132-

HOH

21C-1140-

HOH

31C-1143-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#1: タンパク質 Protein HAPLESS 2 / GENERATIVE CELL SPECIFIC 1


分子量: 57830.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAP2, GCS1, At4g11720, T5C23 / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: F4JP36
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 52分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細Residues MET7 - GLY24 correspond to the signal peptide

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM Sodium Citrate pH 4.5 200 mM zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 21328 / % possible obs: 56.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 63.42 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.83
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 463 / CC1/2: 0.325 / % possible all: 16.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MF1

5mf1


解像度: 2.75→42.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8594 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7845 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.519
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2774 520 4.88 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.2332 10646 55.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6453 Å20 Å20 Å2
2---4.6453 Å20 Å2
3---9.2905 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.506 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→42.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3511 0 65 43 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073651HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.914944HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1268SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes91HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes524HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3651HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion491SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3732SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→3.07 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 58 6.24 %
Rwork0.2552 871 -
all0.2578 929 -
obs--17.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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