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万見
- PDB-5ovx: X-Ray Characterization of Striatal-Enriched Protein Tyrosine Phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovx
タイトルX-Ray Characterization of Striatal-Enriched Protein Tyrosine Phosphatase Inhibitors
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / Alzheimer's disease / Inhibitor / PTPN5
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-37 signaling / phosphotyrosine residue binding / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell junction / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm ...Interleukin-37 signaling / phosphotyrosine residue binding / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell junction / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, receptor type R/non-receptor type 5 / Protein-tyrosine phosphatase, KIM-containing / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Protein-tyrosine phosphatase, receptor type R/non-receptor type 5 / Protein-tyrosine phosphatase, KIM-containing / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AY5 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kack, H. / Wissler, L.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: X-ray Characterization and Structure-Based Optimization of Striatal-Enriched Protein Tyrosine Phosphatase Inhibitors.
著者: Witten, M.R. / Wissler, L. / Snow, M. / Geschwindner, S. / Read, J.A. / Brandon, N.J. / Nairn, A.C. / Lombroso, P.J. / Kack, H. / Ellman, J.A.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6602
ポリマ－35,2211
非ポリマー4391
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.117, 64.124, 100.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5 / Neural-specific protein-tyrosine phosphatase / Striatum-enriched protein-tyrosine phosphatase / STEP


分子量: 35220.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54829, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AY5 / [(~{S})-[4-[3-[(~{S})-(3,4-dichlorophenyl)-oxidanyl-methyl]phenyl]phenyl]-oxidanyl-methyl]phosphonic acid


分子量: 439.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17Cl2O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.2M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100.34 Å / Num. obs: 20322 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 141734 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.1670.51116440.8950.2090.552100
8.91-100.345.60.0263220.9990.0120.02998.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BV5

2bv5


解像度: 2.1→21.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9188 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9015 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.172
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1036 5.12 %RANDOM
Rwork0.1954 ---
obs0.197 20246 99.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 111.27 Å2 / Biso mean: 27.5 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2055 Å20 Å20 Å2
2--1.8349 Å20 Å2
3---0.3706 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.242 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→21.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 28 252 2610
Biso mean--35.26 38.26 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d837SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes354HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2429HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2910SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2429HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3306HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.05
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 164 5.64 %
Rwork0.175 2746 -
all0.1789 2910 -
obs--99.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.688 Å / Origin y: -5.095 Å / Origin z: -15.7047 Å
111213212223313233
T-0.0524 Å20.0143 Å20.0239 Å2--0.1022 Å20.0219 Å2---0.0489 Å2
L1.2618 °2-0.0386 °2-0.7274 °2-1.0996 °2-0.2748 °2--1.9268 °2
S0.0401 Å °0.0093 Å °-0.0138 Å °0.0146 Å °0.0247 Å °0.1581 Å °-0.0824 Å °-0.1573 Å °-0.0648 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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