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- PDB-5ou7: Crystal structure of the Glycoprotein VI loop truncation mutant P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ou7
タイトルCrystal structure of the Glycoprotein VI loop truncation mutant PAVS-PAPYKN
要素Platelet glycoprotein VI
キーワードBLOOD CLOTTING / Platelet / glycoprotein / GPVI / collagen-binding / platelet activation
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet aggregation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / collagen binding ...collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet aggregation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / collagen binding / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / platelet activation / platelet aggregation / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / membrane raft / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / PHOSPHATE ION / Platelet glycoprotein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Feitsma, L.J. / Huizinga, E.G.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organization for Scientific ResearchECHO 700.58.006 オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into collagen-binding by platelet receptor Glycoprotein VI
著者: Feitsma, L.J. / Brondijk, T.H.C. / Jarvis, G. / Hagemans, D. / Bihan, D. / Jerah, N. / Versteeg, M. / Farndale, R.W. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet glycoprotein VI
B: Platelet glycoprotein VI
C: Platelet glycoprotein VI
D: Platelet glycoprotein VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,98126
ポリマ－78,8774
非ポリマー2,10422
水6,197344
1
A: Platelet glycoprotein VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4799
ポリマ－19,7191
非ポリマー7608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Platelet glycoprotein VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4799
ポリマ－19,7191
非ポリマー7608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Platelet glycoprotein VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0114
ポリマ－19,7191
非ポリマー2923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Platelet glycoprotein VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0114
ポリマ－19,7191
非ポリマー2923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.650, 44.050, 117.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12D
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYBB2 - 1744 - 176
21GLYGLYAA2 - 1744 - 176
12ALAALADD2 - 1794 - 181
22ALAALACC2 - 1794 - 181

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999998, 0.000885, -0.001835), (0.000886, 0.999999, -0.000759), (0.001835, -0.000761, -0.999998)-103.05657, -3.93706, -56.82741
3given(1), (1), (1)
4given(-0.999995, -0.001239, 0.002865), (-0.001232, 0.999996, 0.00243), (-0.002868, 0.002427, -0.999993)-103.07332, -3.91525, -56.8208

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Platelet glycoprotein VI / GPVI / Glycoprotein 6


分子量: 19719.215 Da / 分子数: 4 / 変異: -102-105 -131-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-EBNA1-S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCN6
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 362分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M phosphate-citrate buffer pH 4.0 40% (v/v) PEG-300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→113.81 Å / Num. obs: 58873 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3656 / CC1/2: 0.62 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLM1.0.7データ削減
Aimless0.1.30データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GI7

2gi7


解像度: 1.9→113.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.313 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25967 2967 5 %RANDOM
Rwork0.22117 ---
obs0.22309 55826 94.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0 Å20.06 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→113.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5426 0 112 344 5882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.482.0048148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.779313009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0325770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.02522.259239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43515943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7371552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9842.6212876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9822.6212875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3143.9163606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3143.9163607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2012.9783069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2012.9783069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6054.3464507
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.22521.7936279
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.13921.5286182
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1838medium positional0.710.5
22C1678medium positional0.420.5
11A1029tight thermal0.570.5
22C1039tight thermal1.370.5
11A1838medium thermal1.432
22C1678medium thermal1.882
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 190 -
Rwork0.388 3987 -
obs--92.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3153-0.24820.14940.6745-0.10640.0767-0.00290.0255-0.0074-0.044-0.015-0.0431-0.0060.01530.01790.0065-0.0023-0.00640.00380.0110.0883-33.3152-4.2205-8.0809
20.32180.27440.13810.79310.1640.0663-0.0073-0.0408-0.02110.0499-0.00580.0404-0.0007-0.01810.01320.00710.0056-0.0030.0093-0.00940.0912-69.7232-8.1676-48.8131
31.0753-0.094-0.3140.2655-0.1110.1677-0.05560.15450.0569-0.07460.0414-0.03030.0597-0.07620.01420.0289-0.0213-0.00360.044-0.03170.10598.419-16.5085-17.69
41.16810.0835-0.29420.12630.06610.1376-0.0561-0.13990.01190.03770.02360.03810.0440.05740.03250.02320.0177-0.00860.03560.02210.1098-111.5443-20.4611-39.1851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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