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万見
- PDB-5osw: Structure of caprine serum albumin in complex with 3,5-diiodosali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5osw
タイトルStructure of caprine serum albumin in complex with 3,5-diiodosalicylic acid
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / caprine serum albumin / goat serum albumin / 3 / 5-diiodosalicylic acid / DIU / orthorhombic crystal system
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin binding / blood microparticle / lipid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL / CITRIC ACID / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / Chem-JEF / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Talaj, J.A. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Centre2013/11/B/ST5/02271 ポーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of serum albumins from domesticated ruminants and their complexes with 3,5-diiodosalicylic acid.
著者: Bujacz, A. / Talaj, J.A. / Zielinski, K. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Neumann, P.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,80910
ポリマ－66,4131
非ポリマー3,3969
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.420, 66.060, 213.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66412.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capra hircus (ヤギ) / Plasmid details: serum plasma / 組織: Blood / 参照: UniProt: B3VHM9

-
非ポリマー , 5種, 497分子

#2: 化合物
ChemComp-DIU / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / 2-HYDROXY-3,5-DIIODOBENZOIC ACID / 3,5-ジヨ-ドサリチル酸


分子量: 389.914 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4I2O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#5: 化合物 ChemComp-AE4 / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘプタデカン-1-オ-ル


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % / 解説: rhomboid prism
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Jeffamine ED2001, Citric buffer pH 5, 0.01M BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: S 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 57982 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.12 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 8312 / CC1/2: 0.634 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ORI

5ori


解像度: 1.78→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.009 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24075 1188 2 %RANDOM
Rwork0.17866 ---
obs0.17995 56794 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0 Å20 Å2
2--1.38 Å2-0 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4643 0 112 488 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9666621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0945588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.07725222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47815880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1651522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3772.2362337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9163.3362921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.662.6632558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.01521.2768383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.38934895
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.3235125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.69555145
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 77 -
Rwork0.326 3860 -
obs--92.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25760.19850.00320.77280.04150.0934-0.06490.14680.1895-0.05290.03110.1781-0.02470.00980.03370.19970.0183-0.06240.13370.09620.25583.263852.853370.3153
21.169-0.6254-0.24270.64920.14240.1031-0.14750.0847-0.0046-0.21080.08610.15380.10240.05810.06150.4297-0.0116-0.08440.14490.10660.10049.742234.223163.6915
31.04170.2013-0.26820.282-0.21280.1910.01990.0736-0.0718-0.1561-0.0660.01320.10020.01630.04610.24540.05680.01570.17860.01560.197516.256930.586471.4409
40.04020.0859-0.05460.2221-0.13890.54440.0093-0.0260.04950.0088-0.07540.02850.00580.01030.06610.16980.0127-0.02220.15540.00980.24468.79941.114292.9262
50.7647-0.4860.59970.8949-0.24840.51730.013-0.02160.0435-0.04880.0133-0.053-0.00370.0085-0.02630.16750.0094-0.01360.14380.01160.248922.563740.800988.0912
60.8485-0.0061-0.54840.0111-0.12151.7956-0.0996-0.03750.09910.0221-0.0045-0.0128-0.13740.12280.10410.20280.039-0.05160.16960.01590.196510.385235.6615111.9358
70.6670.0298-1.10210.29980.15613.0207-0.15480.02230.0944-0.03180.05820.01490.0206-0.14810.09660.15690.066-0.02030.2004-0.0110.17242.14729.9566109.8195
80.2224-0.10040.06461.61022.28253.4491-0.0547-0.1078-0.10450.05490.05870.06620.08430.0029-0.0040.2140.02420.02030.1690.03030.17324.405615.9421102.0717
91.4960.1520.17210.4440.22820.12840.0346-0.01720.1157-0.005-0.0245-0.04920.0311-0.0164-0.01010.20550.01490.01550.18730.00530.1858-5.766612.729482.8838
101.149-0.0140.09240.17090.05130.0259-0.0414-0.02020.0278-0.03110.0225-0.0161-0.0040.00770.01880.19340.0229-0.00460.16950.01720.19581.40821.516984.4796
110.0902-0.142-0.17210.39630.51840.68950.0268-0.02370.04450.0356-0.09170.00880.0503-0.12560.06490.1573-0.014-0.00930.19620.0080.2327-10.896822.325791.6511
120.8915-0.1557-1.74510.40850.56013.7291-0.11820.1506-0.0088-0.1842-0.04590.28010.1138-0.14930.1640.33350.0346-0.06020.1918-0.03990.2551-10.88619.204370.4516
131.02730.9389-0.92351.0424-0.19693.1344-0.07510.0493-0.1217-0.028-0.025-0.11960.2824-0.21330.10010.25430.1310.04040.22880.02510.0782-11.0785-0.882568.8155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3A148 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7A337 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8A367 - 398
9X-RAY DIFFRACTION9A399 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10A418 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11A469 - 497
12X-RAY DIFFRACTION12A498 - 537
13X-RAY DIFFRACTION13A538 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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