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- PDB-5osb: GLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized in complex with THDOC at pH4.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5osb
タイトルGLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized in complex with THDOC at pH4.5
要素Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GABAA-receptor ion channel Ion transport Extracellular ligand gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activation / diazepam binding / GABA receptor complex / organic cyclic compound binding / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex ...GABA receptor activation / diazepam binding / GABA receptor complex / organic cyclic compound binding / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / sodium channel activity / synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / neurotransmitter receptor activity / potassium channel activity / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / transmembrane transporter complex / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...: / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetrahydrodeoxycorticosterone / ACETATE ION / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Laverty, D.C. / Gold, M.G. / Smart, T.G.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K005537/1 英国
Royal Society104194/Z/14/Z 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/J003921/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L000253/1 英国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of a GABAA-receptor chimera reveal new endogenous neurosteroid-binding sites.
著者: Laverty, D. / Thomas, P. / Field, M. / Andersen, O.J. / Gold, M.G. / Biggin, P.C. / Gielen, M. / Smart, T.G.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
B: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
C: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
D: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
E: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,25917
ポリマ－193,2215
非ポリマー2,03912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21590 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area61260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.218, 133.507, 162.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 58 OR RESID 62 THROUGH 415))
211(CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 58 OR RESID 62 THROUGH 415))
311(CHAIN 'C' AND (RESID 3 THROUGH 277 OR (RESID 278...
411(CHAIN 'D' AND (RESID 3 THROUGH 58 OR RESID 62 THROUGH 415))
511(CHAIN 'E' AND (RESID 3 THROUGH 58 OR RESID 62 THROUGH 415))

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要素

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC / GABA(A) receptor subunit alpha-1 / GABA(A) receptor subunit alpha-1


分子量: 38644.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197, Gabra1, Gabra-1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7NDN8, UniProt: P62812
#2: 化合物
ChemComp-A8Z / Tetrahydrodeoxycorticosterone / THDOC


分子量: 334.493 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H34O3 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 12-16% PEG4000, 100mM NaCl, 100 mM Li2SO4, 100mM sodium acetate pH4-4.5
PH範囲: 4-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→95.03 Å / Num. obs: 37899 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 92.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1847 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3.8→3.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OSA

5osa


解像度: 3.8→29.98 Å / SU ML: 0.342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.336 / 位相誤差: 40.341
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 1890 5.126 %
Rwork0.241 --
obs0.244 36869 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 190.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12419 0 142 0 12561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00112893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43217691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1257630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032212
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプ
11AX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13CX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14DX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
15EX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8006-3.89550.45361170.44262450X-RAY DIFFRACTION96
3.8955-4.00060.39721270.36042461X-RAY DIFFRACTION97
4.0006-4.1180.32821280.30892486X-RAY DIFFRACTION97
4.118-4.25060.34181360.27472475X-RAY DIFFRACTION97
4.2506-4.40210.30641480.24132526X-RAY DIFFRACTION97
4.4021-4.57770.23661380.20472443X-RAY DIFFRACTION97
4.5777-4.78530.24721260.16412495X-RAY DIFFRACTION96
4.7853-5.03640.2261380.16312427X-RAY DIFFRACTION96
5.0364-5.35030.22721230.17982449X-RAY DIFFRACTION95
5.3503-5.76070.21461520.17292516X-RAY DIFFRACTION98
5.7607-6.33550.21391420.19212539X-RAY DIFFRACTION98
6.3355-7.2410.29471300.21942532X-RAY DIFFRACTION99
7.241-9.08060.26621280.2392594X-RAY DIFFRACTION100
9.0806-29.97910.33341570.27752586X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0609 Å / Origin y: -19.1505 Å / Origin z: 184.5025 Å
111213212223313233
T2.1504 Å20.1537 Å2-0.5803 Å2-1.4265 Å2-0.0553 Å2--1.3261 Å2
L0.9315 °20.2124 °20.8066 °2-0.5343 °20.1238 °2--1.9005 °2
S0.0417 Å °-0.1891 Å °-0.0056 Å °0.2526 Å °0.0092 Å °-0.1577 Å °0.0435 Å °0.3117 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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