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万見
- PDB-5oqt: Crystal structure of a bacterial cationic amino acid transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oqt
タイトルCrystal structure of a bacterial cationic amino acid transporter (CAT) homologue
要素
  • Amino acid transporter
  • Uncharacterized protein YneM
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC7 / APC / LeuT fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to magnesium starvation / transmembrane transporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ALANINE / CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Small protein MgtS / Amino acid transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Jungnickel, K.E.J. / Newstead, S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/Z 英国
European CommissionNanoMem 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for amino acid transport by the CAT family of SLC7 transporters.
著者: Jungnickel, K.E.J. / Parker, J.L. / Newstead, S.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年2月28日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid transporter
C: Uncharacterized protein YneM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,52419
ポリマ－54,3192
非ポリマー5,20517
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.923, 83.148, 119.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Amino acid transporter


分子量: 50807.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
遺伝子: GK0930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5L1G5
#2: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein YneM


分子量: 3511.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: yneM, b4599, JW1527.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A5A616

-
非ポリマー , 6種, 125分子

#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H7NO2 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4
詳細: 28-34 % PEG 400, 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 0.1 M potassium fluoride, containing 10 mM of the amino acid ligand.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→64.72 Å / Num. obs: 18307 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / CC1/2: 0.86 / Rmerge(I) obs: 0.1523 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.86→2.96 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.789 / Num. unique obs: 1770 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.842 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GIA

3gia


解像度: 2.86→64.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9054 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9229 / SU R Cruickshank DPI: 0.965 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.044 / SU Rfree Blow DPI: 0.366 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.37
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2711 901 4.95 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.2178 18190 99.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.1267 Å20 Å20 Å2
2--7.5751 Å20 Å2
3---9.5516 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.456 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.86→64.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3691 0 329 108 4128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15508HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1461SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes597HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4102HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion526SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4965SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.86→3.03 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3163 138 4.83 %
Rwork0.2641 2717 -
all0.2667 2855 -
obs--99.18 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4873 Å / Origin y: -3.6368 Å / Origin z: 25.1452 Å
111213212223313233
T0.2198 Å2-0.0733 Å2-0.0194 Å2--0.0852 Å20.0711 Å2---0.3603 Å2
L1.2666 °20.0471 °20.26 °2-2.0839 °20.4373 °2--2.3701 °2
S0.1187 Å °0.0227 Å °-0.04 Å °-0.239 Å °-0.0139 Å °0.1435 Å °0.1775 Å °-0.3613 Å °-0.1048 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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