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- PDB-5oqs: Solution structure of antifungal protein NFAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oqs
タイトルSolution structure of antifungal protein NFAP
要素NFAP
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1 / Solution structure / NFAP
機能・相同性Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / Antifungal protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fischeri NRRL 181 (カビ)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Hajdu, D. / Czajlik, A. / Marx, F. / Galgoczy, L. / Batta, G.
資金援助 ハンガリー, オーストリア, 3件
組織認可番号国
NKFIHANN 110821 ハンガリー
European UnionGINOP-2.3.2-15-2016-00008 ハンガリー
Austrian Science FundM1776-B20 オーストリア
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Solution structure and novel insights into phylogeny and mode of action of the Neosartorya (Aspergillus) fischeri antifungal protein (NFAP).
著者: Hajdu, D. / Huber, A. / Czajlik, A. / Toth, L. / Kele, Z. / Kocsube, S. / Fizil, A. / Marx, F. / Galgoczy, L. / Batta, G.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32021年6月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NFAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6401
ポリマ－6,6401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4600 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #9medoid

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要素

#1: タンパク質 NFAP


分子量: 6639.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Food, canned fruit (apples)
由来: (組換発現) Aspergillus fischeri NRRL 181 (カビ)
遺伝子: NFIA_112130 / プラスミド: pSK275nfappaf_signal / 発現宿主: Penicillium chrysogenum (菌類) / 株 (発現宿主): Wis. Q176 / 参照: UniProt: A1D8H8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H NOESY
121isotropic23D 1H-15N NOESY
232isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
242isotropic12D 1H-15N HSQC
252isotropic12D 1H-13C HSQC
2132isotropic13D 1H-15N TOCSY
2122isotropic13D HNCA
2112isotropic13D HN(CA)CB
2142isotropic13D HNCO
2102isotropic13D HN(CO)CA
292isotropic13D HNHA
282isotropic13D HN(COCA)CB
272isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution120 mM [U-100% 2H] acetic acid, 1.1 mM [U-100% 15N] NFAP, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2Oshigemi sample tube, 275 ul volume15N_sample95% H2O/5% D2O
solution21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NFAP, 20 mM [U-100% 2H] acetic acid, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2Oshigemi sample tube, 275 ul volume13C_15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMacetic acid[U-100% 2H]1
1.1 mMNFAP[U-100% 15N]1
95 %H2Onatural abundance1
5 %D2O[U-2H]1
1 mMNFAP[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMacetic acid[U-100% 2H]2
95 %H2Onatural abundance2
5 %D2O[U-2H]2
試料状態

イオン強度: 0.007 M / Ionic strength err: 0.0007 / pH: 4.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

Conditions-IDLabel
1conditions_1
2conditions_2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.9.0Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Bax精密化
TopSpin3Bruker Biospin解析
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
torsion angle dynamics2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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