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- PDB-5oqr: Crystal structure of the S. pombe condensin Cnd3-Cnd2 subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oqr
タイトルCrystal structure of the S. pombe condensin Cnd3-Cnd2 subcomplex
要素
  • Condensin complex subunit 2
  • Condensin complex subunit 3
キーワードCELL CYCLE / kleisin / HEAT repeat / DNA-binding / SMC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / CENP-A containing chromatin / DNA topoisomerase binding / condensin complex / rDNA heterochromatin / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic chromosome condensation / heterochromatin / condensed chromosome ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / CENP-A containing chromatin / DNA topoisomerase binding / condensin complex / rDNA heterochromatin / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic chromosome condensation / heterochromatin / condensed chromosome / cell division / DNA repair / chromatin binding / chromatin / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear condensin complex subunit 3, C-terminal domain / Condensin complex subunit 3 / Nuclear condensing complex subunits, C-term domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Condensin complex subunit 3 / Condensin complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Kschonsak, M. / Hassler, M. / Haering, C.H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号
German Research Foundation5853/2 ドイツ
European Research CouncilERC-2015-CoG 681365
引用ジャーナル: Cell / : 2017
タイトル: Structural Basis for a Safety-Belt Mechanism That Anchors Condensin to Chromosomes.
著者: Kschonsak, M. / Merkel, F. / Bisht, S. / Metz, J. / Rybin, V. / Hassler, M. / Haering, C.H.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Condensin complex subunit 3
B: Condensin complex subunit 3
C: Condensin complex subunit 2
D: Condensin complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,8414
ポリマ-212,8414
非ポリマー00
84747
1
A: Condensin complex subunit 3
C: Condensin complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4202
ポリマ-106,4202
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
2
B: Condensin complex subunit 3
D: Condensin complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4202
ポリマ-106,4202
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area38140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.407, 142.113, 176.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Condensin complex subunit 3 / CAPG homolog / p100


分子量: 90813.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: loop deletion: 439-473
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: cnd3, SPCC188.03 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q10429
#2: タンパク質 Condensin complex subunit 2 / Barren homolog / CAPH homolog / p105


分子量: 15606.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 416-544
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: cnd2, SPCC306.03c / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9Y7R3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 3 to 4% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Na citrate pH 5.2 to 5.4, 0.2 M Na acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→49.06 Å / Num. obs: 68083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.61→2.67 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4542 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.425 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→49.059 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 1996 2.93 %
Rwork0.2228 --
obs0.2238 68083 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→49.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12985 0 0 47 13032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56817800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5758095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.67530.38631400.33154570X-RAY DIFFRACTION98
2.6753-2.74760.35981420.3164640X-RAY DIFFRACTION99
2.7476-2.82840.29961380.30354588X-RAY DIFFRACTION99
2.8284-2.91970.31481390.29274640X-RAY DIFFRACTION99
2.9197-3.02410.3131420.29124699X-RAY DIFFRACTION100
3.0241-3.14510.35371420.29054688X-RAY DIFFRACTION100
3.1451-3.28820.28121420.26194714X-RAY DIFFRACTION100
3.2882-3.46150.31091410.2474670X-RAY DIFFRACTION100
3.4615-3.67840.27131430.22874730X-RAY DIFFRACTION100
3.6784-3.96230.26661430.20524728X-RAY DIFFRACTION100
3.9623-4.36080.23731430.18754772X-RAY DIFFRACTION100
4.3608-4.99120.20661430.17684778X-RAY DIFFRACTION100
4.9912-6.28640.22751470.21964841X-RAY DIFFRACTION100
6.2864-49.06790.20781510.18545029X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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