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- PDB-5oqn: Crystal structure of the S. cerevisiae condensin Ycg1-Brn1 subcom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oqn
タイトルCrystal structure of the S. cerevisiae condensin Ycg1-Brn1 subcomplex bound to DNA (short kleisin loop)
要素
  • Condensin complex subunit 2
  • Condensin complex subunit 3
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
キーワードCELL CYCLE / kleisin / HEAT repeat / DNA-binding / SMC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / condensed chromosome / mitotic sister chromatid segregation / cell division / chromatin binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear condensin complex subunit 3, C-terminal domain / Condensin complex subunit 3 / Nuclear condensing complex subunits, C-term domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Condensin complex subunit 2 / Condensin complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kschonsak, M. / Hassler, M. / Haering, C.H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation5853/2 ドイツ
European Research CouncilERC-2015-CoG 681365
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for a Safety-Belt Mechanism That Anchors Condensin to Chromosomes.
著者: Kschonsak, M. / Merkel, F. / Bisht, S. / Metz, J. / Rybin, V. / Hassler, M. / Haering, C.H.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年12月27日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Condensin complex subunit 3
B: Condensin complex subunit 2
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,8724
ポリマ－125,8724
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area49120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.149, 116.220, 155.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Condensin complex subunit 3 / CAPG homolog


分子量: 99715.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: loop deletion: 499-555
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: YCG1, YCS5, YDR325W / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q06680
#2: タンパク質 Condensin complex subunit 2 / Barren homolog / CAPH homolog


分子量: 15124.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 384-529 loop deletion: 418-444
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: BRN1, YBL097W, YBL0830 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P38170
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 5515.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 4% (w/v) PEG 4000, 0.05 M Na citrate pH 5.6, 5 mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→48.68 Å / Num. obs: 28612 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4129 / CC1/2: 0.287 / Rpim(I) all: 0.401 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OQP

5oqp


解像度: 3.15→47.343 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2805 1999 6.99 %
Rwork0.2494 --
obs0.2516 28612 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→47.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7380 732 0 0 8112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57111389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9734956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.22880.42291400.38471867X-RAY DIFFRACTION100
3.2288-3.31610.40651410.391882X-RAY DIFFRACTION100
3.3161-3.41360.38821410.35711867X-RAY DIFFRACTION100
3.4136-3.52380.38821400.33091867X-RAY DIFFRACTION100
3.5238-3.64970.371410.33081875X-RAY DIFFRACTION100
3.6497-3.79570.33561410.30671866X-RAY DIFFRACTION100
3.7957-3.96840.36851420.26711896X-RAY DIFFRACTION100
3.9684-4.17750.29551420.2421891X-RAY DIFFRACTION100
4.1775-4.4390.27091430.22431897X-RAY DIFFRACTION100
4.439-4.78150.24981410.22431878X-RAY DIFFRACTION100
4.7815-5.26210.24521440.21841921X-RAY DIFFRACTION100
5.2621-6.02220.29631430.25251910X-RAY DIFFRACTION100
6.0222-7.58230.28681470.25771946X-RAY DIFFRACTION100
7.5823-47.34850.18971530.17722050X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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