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- PDB-5ooq: Structure of the Mtr4 Nop53 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ooq
タイトルStructure of the Mtr4 Nop53 Complex
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DOB1
  • Ribosome biogenesis protein NOP53
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Helicase / RNA / exosome / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAMP complex / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / RNA fragment catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing ...TRAMP complex / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / RNA fragment catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 3'-5' RNA helicase activity / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / poly(A) binding / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribosomal large subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit assembly / mRNA processing / rRNA processing / 5S rRNA binding / RNA helicase activity / oxidoreductase activity / rRNA binding / RNA helicase / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 ...rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Prismane-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DOB1 / Ribosome biogenesis protein NOP53
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Falk, S. / Basquin, J. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB646 ドイツ
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
German Research FoundationFOR1680 ドイツ
German Research FoundationEXC114 ドイツ
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the interaction of the nuclear exosome helicase Mtr4 with the preribosomal protein Nop53.
著者: Falk, S. / Tants, J.N. / Basquin, J. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sattler, M. / Conti, E.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DOB1
B: ATP-dependent RNA helicase DOB1
C: Ribosome biogenesis protein NOP53
D: Ribosome biogenesis protein NOP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,5259
ポリマ－236,0444
非ポリマー4805
水1,24369
1
A: ATP-dependent RNA helicase DOB1
C: Ribosome biogenesis protein NOP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3105
ポリマ－118,0222
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area43350 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent RNA helicase DOB1
D: Ribosome biogenesis protein NOP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2144
ポリマ－118,0222
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area44700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.231, 151.370, 133.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DOB1 / mRNA transport regulator MTR4


分子量: 113649.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MTR4, DOB1, YJL050W, J1158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47047, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド Ribosome biogenesis protein NOP53 / Nucleolar protein 53


分子量: 4372.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NOP53, YPL146C, LPI2C, P2610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12080
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 6000 200 mM Lithium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→66.5 Å / Num. obs: 55220 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 109.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.0048 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Num. unique obs: 4762 / CC1/2: 0.316 / Rpim(I) all: 0.9083 / % possible all: 94.54

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XGJ

2xgj


解像度: 3.2→66.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 --
Rwork0.211 --
obs-50186 99.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→66.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13955 0 25 69 14049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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