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- PDB-5ons: Crystal structure of the minimal DENR-MCTS1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ons
タイトルCrystal structure of the minimal DENR-MCTS1 complex
要素
  • Density-regulated protein
  • Malignant T-cell-amplified sequence 1
キーワードTRANSLATION / translation initiation / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


translation factor activity, non-nucleic acid binding / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / RNA cap binding / formation of translation preinitiation complex / ribosome disassembly / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / mRNA binding / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfate adenylyltransferase - #20 / DENR family, eukaryotes / DENR, C-terminal domain / : / DENR, N-terminal / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / : / Sulfate adenylyltransferase ...Sulfate adenylyltransferase - #20 / DENR family, eukaryotes / DENR, C-terminal domain / : / DENR, N-terminal / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / : / Sulfate adenylyltransferase / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Density-regulated protein / Malignant T-cell-amplified sequence 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: DENR-MCTS1 heterodimerization and tRNA recruitment are required for translation reinitiation.
著者: Ahmed, Y.L. / Schleich, S. / Bohlen, J. / Mandel, N. / Simon, B. / Sinning, I. / Teleman, A.A.
履歴
登録2017年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malignant T-cell-amplified sequence 1
B: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0756
ポリマ－24,7332
非ポリマー3424
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.030, 49.030, 207.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Malignant T-cell-amplified sequence 1 / MCT-1 / Multiple copies T-cell malignancies


分子量: 20585.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCTS1, MCT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULC4
#2: タンパク質・ペプチド Density-regulated protein / DRP / Protein DRP1 / Smooth muscle cell-associated protein 3 / SMAP-3


分子量: 4147.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DENR, DRP1, H14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43583
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 % / 解説: rod shaped
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulphate 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.28226 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28226 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→44.35 Å / Num. obs: 14846 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 50.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.61
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 1.839 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. measured obs: 17005 / Num. unique all: 1430 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 98.96

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→44.348 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 30.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 784 5.28 %
Rwork0.2002 --
obs0.2028 14842 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.21 Å2 / Biso mean: 70.4816 Å2 / Biso min: 30.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→44.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 19 33 1688
Biso mean--88.09 63.58 -
残基数----205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0422280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1461026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.14-2.27410.3521020.28322258236099
2.2741-2.44970.25791420.24822271241399
2.4497-2.69620.37611190.243722962415100
2.6962-3.08620.31641300.236823352465100
3.0862-3.8880.26171470.193723512498100
3.888-44.35740.21261440.17625472691100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.8607 Å / Origin y: 25.8357 Å / Origin z: 15.3027 Å
111213212223313233
T0.3632 Å2-0.0048 Å20.0155 Å2-0.35 Å2-0.012 Å2--0.3725 Å2
L3.2643 °20.7698 °2-0.9906 °2-1.6109 °20.119 °2--5.0311 °2
S-0.0921 Å °-0.1769 Å °-0.0072 Å °0.1693 Å °0.0669 Å °-0.0255 Å °0.2482 Å °-0.2858 Å °-0.0017 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1allB25 - 48
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 3
5X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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