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- PDB-5onh: Quaternary complex of wild type E. coli leucyl-tRNA synthetase wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5onh
タイトルQuaternary complex of wild type E. coli leucyl-tRNA synthetase with tRNA(leu), leucyl-adenylate analogue, and post-transfer editing analogue of norvaline in the aminoacylation conformation
要素
  • L-leucyl-tRNA(Leu)
  • Leucine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / reaction catalysed: ATP + L-leucine + tRNA(Leu) = AMP + diphosphate + L-leucyl-tRNA(Leu) protein translation / aminoacyl-tRNA activity / leucine-tRNA ligase / class Ia / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) ...Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(L-leucylsulfamoyl)adenosine / 2'-(L-NORVALYL)AMINO-2'-DEOXYADENOSINE / : / RNA / RNA (> 10) / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Palencia, A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Kinetic Origin of Substrate Specificity in Post-Transfer Editing by Leucyl-tRNA Synthetase.
著者: Dulic, M. / Cvetesic, N. / Zivkovic, I. / Palencia, A. / Cusack, S. / Bertosa, B. / Gruic-Sovulj, I.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine--tRNA ligase
B: L-leucyl-tRNA(Leu)
D: Leucine--tRNA ligase
E: L-leucyl-tRNA(Leu)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,96612
ポリマ－255,1374
非ポリマー1,8298
水00
1
A: Leucine--tRNA ligase
B: L-leucyl-tRNA(Leu)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,4836
ポリマ－127,5692
非ポリマー9154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area47680 Å2
手法PISA
2
D: Leucine--tRNA ligase
E: L-leucyl-tRNA(Leu)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,4836
ポリマ－127,5692
非ポリマー9154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area48220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.110, 70.380, 229.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Leucine--tRNA ligase / Leucyl-tRNA synthetase / LeuRS


分子量: 99516.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: leuS, b0642, JW0637 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P07813, leucine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 L-leucyl-tRNA(Leu)


分子量: 28052.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1208670917

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-LSS / 5'-O-(L-leucylsulfamoyl)adenosine / 5-O-N-LEUCYL-SULFAMOYLADENOSINE / 5′-O-(L-Leu-アミノスルホニル)アデノシン


分子量: 459.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N7O7S
#5: 化合物 ChemComp-VRT / 2'-(L-NORVALYL)AMINO-2'-DEOXYADENOSINE


分子量: 365.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 23-25% W/V PEG 3350, AND 200 MM AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 44997 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.016 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4316 / CC1/2: 0.4 / Rsym value: 1 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4aq7

4aq7


解像度: 3.1→222.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 29.592 / SU ML: 0.477 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.516 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25725 2177 4.8 %RANDOM
Rwork0.22259 ---
obs0.22427 42820 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.571 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å2-0.45 Å2
2--1.71 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→222.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13670 3514 118 0 17302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01818043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9061.79425289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.896333856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.96351718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48624.551668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.844152382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6931582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.22738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02117664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2188.1036890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2188.1036890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26912.1568602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.26912.1568603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9028.30111153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9028.30111154
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.63812.4516688
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.52688.79220299
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.52688.7920300
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 137 -
Rwork0.355 3000 -
obs--94.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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