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- PDB-5onf: The ENTH domain from epsin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5onf
タイトルThe ENTH domain from epsin-1
要素Epsin-1
キーワードENDOCYTOSIS / adaptor protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / clathrin binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding / actin filament organization ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / clathrin binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding / actin filament organization / phospholipid binding / endocytosis / early endosome / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garcia-Alai, M. / GIeras, A. / Meijers, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Epsin and Sla2 form assemblies through phospholipid interfaces.
著者: Garcia-Alai, M.M. / Heidemann, J. / Skruzny, M. / Gieras, A. / Mertens, H.D.T. / Svergun, D.I. / Kaksonen, M. / Uetrecht, C. / Meijers, R.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epsin-1
B: Epsin-1
C: Epsin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1354
ポリマ－54,0163
非ポリマー1181
水00
1
A: Epsin-1
C: Epsin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1293
ポリマ－36,0112
非ポリマー1181
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epsin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0051
ポリマ－18,0051
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.929, 119.363, 129.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYHISHISAA15 - 11015 - 110
21GLYGLYHISHISBB15 - 11015 - 110
31GLYGLYHISHISCC15 - 11015 - 110
12GLNGLNILEILEAA120 - 147120 - 147
22GLNGLNILEILEBB120 - 147120 - 147
32GLNGLNILEILECC120 - 147120 - 147

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.497313, -0.867503, -0.010853), (-0.867536, 0.497367, -0.002759), (0.007791, 0.008043, -0.999937)-51.40252, -29.88401, 0.31751
3given(-0.494268, -0.869305, -0.002808), (0.869304, -0.494252, -0.005022), (0.002978, -0.004924, 0.999983)-86.08505, -29.37409, -0.24016

-
要素

#1: タンパク質 Epsin-1


分子量: 18005.471 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: ENT1, YDL161W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12518
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 25 % PEG 3350 and 0.1 M Tris pH 8.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.322
111/2H-1/2K, -3/2H-1/2K, -L20.285
111/2H+1/2K, 3/2H-1/2K, -L30.393
反射解像度: 2.75→27 Å / Num. obs: 13379 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 11.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→27.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 28.878 / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2847 651 4.9 %RANDOM
Rwork0.27168 ---
obs0.27236 12691 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 126.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-69.83 Å20 Å20 Å2
2--20.66 Å20 Å2
3----90.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→27.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3615 0 8 0 3623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.051.9554924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91438007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2495438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.424.615195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53115729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5711530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.18812.6831761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.18712.6821760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.3219.0082196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.31819.0092197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.13613.2151909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.13513.2171910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.10919.6712729
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.264318
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.2594319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1544medium positional0.790.5
11B1544medium positional0.80.5
11C1544medium positional0.710.5
22A457medium positional0.660.5
22B457medium positional1.020.5
22C457medium positional0.770.5
11A1544medium thermal9.922
11B1544medium thermal8.922
11C1544medium thermal7.172
22A457medium thermal8.482
22B457medium thermal9.742
22C457medium thermal9.422
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 46 -
Rwork0.401 928 -
obs--97.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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