PDB-5omi: Crystal structure of GP2 from Lassa virus in a post fusion confor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5omi

タイトル

Crystal structure of GP2 from Lassa virus in a post fusion conformation

要素

Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

キーワード

VIRAL PROTEIN / Viral glycoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / membrane => GO:0016020 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lassa mammarenavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Shulman, A. / Diskin, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Variations in Core Packing of GP2 from Old World Mammarenaviruses in their Post-Fusion Conformations Affect Membrane-Fusion Efficiencies.
著者: Shulman, A. / Katz, M. / Cohen-Dvashi, H. / Greenblatt, H.M. / Levy, Y. / Diskin, R.

履歴

登録	2017年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5omi.cif.gz	152.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5omi.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5omi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5omi_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5omi_full_validation.pdf.gz	482.4 KB	表示
XML形式データ	5omi_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	5omi_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mkoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4isq-1 5k82-2 1xfg-d 4isr-2 4nhx-d 4isq-3 4isr-3 2dzb-d 6ggo-d 3d0n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

B: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

ヘテロ分子

41.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.318, 103.433, 171.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子量: 13730.491 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: GPC / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A097F3Y1, UniProt: P08669*PLUS

#2: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM BIS-TRS pH-6.5, 500 mM sodium potassium tartrate tetrahydrate, 6.0% PEG10000, 15 mM HCl and 3% diamino-pentane-dihydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→49.52 Å / Num. obs: 17135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	R_pim(I) all: 0.661

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MKO

3mko

解像度: 2.56→49.515 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2865	1713	10.02 %
R_work	0.2313	-	-
obs	0.2368	17098	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→49.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2665	0	45	4	2714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.935	3720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.26	1660
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5601-2.6355	0.3765	147	0.3541	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6355-2.7205	0.427	139	0.3344	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7205-2.8177	0.3759	145	0.3151	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8177-2.9306	0.453	130	0.3139	1280	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9306-3.0639	0.3517	140	0.3083	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0639-3.2254	0.3461	144	0.2971	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2254-3.4275	0.3545	145	0.2716	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4275-3.692	0.312	141	0.2403	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.692-4.0634	0.2739	139	0.1973	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0634-4.651	0.2085	143	0.1775	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.651-5.8583	0.2607	145	0.2146	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8583-49.5247	0.2746	155	0.2259	1363	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1898	-0.2369	-0.0806	0.7371	-0.5671	3.5832	-0.3491	-0.2707	0.1377	0.0677	-0.412	0.1982	-0.4682	-1.5589	0.7424	0.6898	-0.0582	0.0383	0.8865	-0.0549	0.5992	2.8444	18.5373	-1.8675
2	7.095	0.6385	-2.5211	4.3206	0.7645	2.023	1.4812	0.3752	-0.6821	-0.6715	-0.4413	0.5307	2.0518	0.0797	0.0883	1.2053	0.1204	-0.1181	0.7628	-0.0226	0.9638	10.0427	2.4835	-30.4016
3	1.8759	-0.7906	-2.3807	3.9425	0.63	9.8542	0.3212	-0.8682	-0.4043	-0.0467	-0.0545	0.7398	-0.3957	0.2314	0.0119	1	-0.1666	-0.0439	0.6317	0.0369	0.7011	5.6966	7.6762	-18.4735
4	5.325	-2.0822	1.2214	7.5691	-2.0839	2.3059	-1.1282	-0.3197	-0.8531	0.5795	-0.411	0.7774	-0.2264	-3.4938	0.8337	1.5447	-0.1487	-0.2195	1.9045	-0.1015	1.0899	-3.7153	10.1342	19.089
5	1.8139	0.1855	1.9335	0.7255	0.5999	3.8945	-0.3709	-0.295	-0.2212	0.212	-0.2346	0.035	2.1423	0.5965	0.2472	0.9657	0.1016	0.0541	0.6428	0.0912	0.6876	10.3894	11.3136	-1.8846
6	3.8405	1.352	3.8424	4.2036	1.6592	4.2071	0.3178	-0.0703	-1.2358	-0.3601	0.4966	-0.7638	-0.1028	3.0237	0.0424	0.8898	0.071	-0.0083	1.3739	0.0844	0.818	18.2643	21.3916	-37.2136
7	4.6792	-3.8943	0.8866	5.2314	-1.346	8.5329	1.1532	-0.8855	-0.0489	0.806	0.1285	0.437	-1.3028	-1.3589	0.1551	0.8605	0.1165	0.198	1.9622	-0.2932	2.2115	20.3787	31.4616	-21.0501
8	0.9273	1.3226	-1.9837	3.0681	-1.9029	4.2318	-0.2578	-0.158	-0.1168	0.1336	0.0618	-0.6121	0.1536	1.3612	-0.0713	0.6837	0.0663	-0.0591	1.1335	0.1532	0.9215	18.2943	17.1406	-17.5782
9	5.7975	-0.5797	-5.6626	2.5066	1.1228	5.907	0.5988	-0.8449	0.1454	-0.4872	0.8254	-1.8838	0.0192	2.4603	-0.8994	1.3672	0.1402	0.1249	1.6942	-0.2086	1.2257	21.3829	10.2326	17.8938
10	0.8459	0.1695	0.3084	0.6307	0.9766	4.4475	-0.2628	0.0103	0.1878	0.2628	-0.3886	-0.1427	-0.8762	1.177	0.4639	0.6767	-0.1165	-0.0716	0.7897	-0.0067	0.6332	12.8834	21.4722	-1.5824
11	4.2921	-5.2367	-1.5222	7.8008	4.0978	3.7993	-1.1441	-0.6008	-1.0054	1.4387	0.7922	1.3743	0.8805	-0.0086	0.8613	0.9904	0.1779	0.0917	1.1911	0.292	1.0474	-4.9844	22.0204	-29.2307
12	3.5078	-1.1321	3.08	0.4469	-0.8068	3.0518	1.8456	0.8244	-1.7088	1.5241	0.2431	-0.0131	2.3036	-1.6209	-0.428	1.0383	-0.1834	-0.1743	1.0712	0.1975	0.9122	-4.2292	18.707	-27.336
13	7.592	0.3376	5.1548	5.4383	1.878	3.9219	0.4573	0.299	0.412	1.2386	0.1387	0.6282	-0.7806	2.3916	-0.2517	1.0396	-0.0487	0.0447	0.8986	-0.1364	0.8569	7.6767	28.0251	-11.7317
14	3.7639	-0.3083	1.9891	8.4695	2.2956	1.7438	-0.1213	2.459	2.0046	-2.2027	-1.5019	2.6279	0.6301	2.8058	0.1509	1.8768	0.1471	0.0991	1.5176	0.2881	1.4142	8.481	31.3161	17.2429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 304 through 354 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 355 through 372 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 373 through 401 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 418 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 304 through 354 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 355 through 365 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 366 through 376 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 377 through 401 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 402 through 417 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 303 through 354 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 355 through 375 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 376 through 389 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 390 through 401 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 402 through 416 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)